虽然没有直接的证据，但斯大林一直坚信，国内各种阴谋无所不在，无孔不入。无独有偶，列宁和托洛茨基也随随便便地将阴谋归于党的敌人中有组织的联系。如果布尔什维克党的活动家们属于红军内部不服从命令的那部分人，那么，托洛茨基甚至决心将他们当作叛徒来对待。因此，他的这种想法是臭名远扬的。在这点上，斯大林本人与托洛茨基如出一辙。1918年9月，察里津的军需品供应不充足，他向列宁吼道：“这是军队内部的漫不经心和背信弃义。”[27]按照斯大林的思维方式，做错了事情，总有一个蓄意破坏的机构在起作用。因此，即使处于人民委员会的领导之下，莫斯科也一定存在叛徒。
相对于布尔什维克党中央委员会其他赞成暴力统治的领导人而言，斯大林更大规模地使用了暴力和恐怖手段。托洛茨基要求，如果在未批准的情况下撤退的话，政治委员和军事长官应当被一起枪毙。因此，在嗜杀成性这件事情上，只有托洛茨基和斯大林非常接近。托洛茨基也运用罗马的政策，大批杀害对高层命令缺乏执行力的那部分人。同时，斯大林和托洛茨基总是忽视被契卡逮捕的那些人的请求。列宁反对加米涅夫和布哈林对契卡严加控制，即便如此，有时他在这种情况下也起一定作用。[28]斯大林几乎不分青红皂白地使用暴力的热情，甚至使托洛茨基看起来都相形见绌。20世纪30年代，他的同僚们都忘掉了他的这个特点，最后独吞苦果。
在对布尔什维主义的基本态度上，斯大林和托洛茨基有所不同。在其职业生涯中，托洛茨基加入布尔什维克晚，因此，他对布尔什维克党不重视。斯大林对党在苏维埃国家中的地位思考得比较多，在内战期间，他随身携带着一本再版的列宁的《国家与革命》。这本书中，对向社会主义过渡时期的共产党只字未提。斯大林意识到了这种疏漏，在书的空白处作了注释：“违反无产阶级的意志，党能够夺取政权吗？不！不能！一定不能！”[29]他接着写道：“如果没有一个先锋队，没有一个唯一的政党，无产阶级是不能实现专政的。”[30]列宁在《国家与革命》一书中对此没有只言片语，但是斯大林，像列宁一样，从1917年十月革命，就已经开始修正和发展他的观点了。在斯大林看来，布尔什维克党变成了国家的最高机构。许多布尔什维克党员试图将党的这种地位纳入共产主义的学说中去，斯大林也是其中的一员。这样，这个理论就成为“无产阶级管理自己的社会主义国家”。在他的评论中，即“共产党不能仅仅取代无产阶级的专政”[31]，斯大林表现出了不安。
内战期间，斯大林没有闲余时间来写书，他写给《真理报》的文章中，所表达的思想与列宁、托洛茨基、季诺维也夫和布哈林的观点大同小异。不过，斯大林仍在继续思考宏大的课题，其中，党在民族问题上的政策是最突出的，另一个突出问题是苏维埃国家的制度框架。1919年1月，他和捷尔任斯基一起写的关于彼尔姆（Perm）军事事变的报告探讨了军事力量、政党和政府之间错综复杂的关系。他们两人所提出的建议，无论对将共产党建成国家最高机构决定的出台，还是对正确厘定从党的机关到所有公共机构的命令方针的决定的出台，都产生了一定的影响。[32]只是斯大林后来的宣传者们做了言过其实的宣传，诱导历史学家们忽视了它的重要性。实际上，斯大林是一位善于反思而又果敢的政治家，这点得到了列宁的赏识。
正是在这次旅途中，斯大林与捷尔任斯基的私人助理斯坦尼斯瓦夫·瑞顿斯（StanishlawRedens）成了好朋友。娜佳陪同斯大林前往彼尔姆，很快，瑞顿斯就爱上了她的姐姐安娜，并与之结婚。此后，瑞顿斯成为契卡的重要成员。[33]在内战中，布尔什维克党人的个人生活、政治生活和军事生活相互交织在一起，斯大林也不例外。斯大林的新婚对他的公共活动没有任何影响，在内战中，他对保卫前线呕心沥血。1918年10月被召回莫斯科时，斯大林继续在党的中央委员会和人民委员会工作。但到12月，他又离开了莫斯科。海军上将高尔察克（Kolchak）领导的白卫军入侵彼尔姆边疆区的乌拉尔城，重创了红军部队。斯大林和捷尔任斯基被派往那里调查军事事变发生的原因，他们于1919年1月底回到莫斯科并写了一份报告。这样，斯大林又住在了莫斯科，直到5月份被派往彼得格勒和西方战线，抵抗爱沙尼亚的尤登尼奇（Yudenich）将军的进犯。7月份，斯大林转移到西方战线上的斯摩棱斯克（Smolensk）地段。9月份，他又转移到南方战线，一直待到1920年。