7月10日，在朱可夫等人激励之后，斯大林成为最高统帅。即使这样，他依然十分警惕，接连几周他都刻意对媒体隐瞒这一消息。这样做的原因没人知晓，他也不会和亲近的人讨论这一问题。但是人们难免会得出这样的结论，斯大林不希望公众过分地将他与前线的灾难相联系。如果遭受持续的失败，他恐怕要寻找替罪羊。他花了很长的时间才正式接掌大本营。直到8月8日，他才成为最高统帅部主席。这是另一个迹象吗？即他从罗马帝国皇帝奥古斯丁的传记中了解到实权比头衔更重要。不管这是否体现了斯大林对于自身形象的态度，但充分证明了他认为苏联红军在抗击德国的过程中已经从灾难中复苏，并开始组织一些高效的防御，秩序和效率代替了原有的混乱局面。斯大林最后可以冒险担任最高统帅这一职位了，如果他不这样做势必会导致外界质疑其致力于战争的决心。
即使是没有目睹斯大林在别墅的失落情绪的人也可能惹恼他，并为此付出惨重的代价，这个人就是西线指挥官德米特里·巴浦洛夫（DmitriPowlov）。尽管斯大林在1941年6月22日及此前的错误部署给苏联造成了困境，但是最终却是巴浦洛夫成为德国军事胜利的替罪羊。人类生来都会犯错，斯大林的失误严重至极。斯大林宽恕了自己却没有原谅他人，他犯错但是要他人代他受过。巴浦洛夫被逮捕了，进而交由军事法庭审判，他被判死刑，其他人无法理解斯大林这样做能够得到什么。这一审判并未公开，这种行为很可能是其一贯的做法，并且以此维持其他将领对斯大林的畏惧。他意识到必须竭力避免全体士官信心崩盘的灾难，因此他倾向于妥协。他逮捕了这些无辜者，但没有像先前那样拷打、公开审判和强迫他们认罪。这并非为了安慰不幸的巴浦洛夫，但这些是最初的细微标志，即显示出斯大林认识到在战争熔炉中需要改变他固执态度的必要性。
纳粹军队继续疯狂地进攻苏联。德国的战略计划是穿越苏联西部边界的平原与沼泽，几周内占领欧洲大部。他们看似即将实现元首的每一个计划。在大规模行进过程中德军坦克编队遭到了苏联红军勇猛但无效的防御行动。6月29日，白俄罗斯首都明斯克陷落，7月16日斯摩棱斯克陷落，在斯摩棱斯克与莫斯科之间没有大型的城市。由于对西线现存军事力量的失望，斯大林命令铁木辛哥与朱可夫重新进行作战部署以加强抵抗。红军对希特勒的中央集团军的抵抗使德军放缓了进攻，但是德军的坦克群同时铲平了通往北部的列宁格勒和南部的基辅的道路，致使整个波兰、立陶宛、白俄罗斯均受命于希特勒指定的中央政府的统治，似乎没有任何力量可以挽救苏联了。一支无往不胜的军队执行着“巴巴罗萨”计划，进攻苏联的德军超过了300万人，超过3000辆坦克以及2000架飞机听命于希特勒的指挥。德军后续的安全部队在沿途继续巩固战争的胜利果实，盖世太保消灭了所有不利于新秩序的敌对思想。显而易见，所有的一切对于德国称霸世界来说都是万无一失的。
恐慌笼罩着莫斯科与列宁格勒，数以千计的居民试图在德军占领之前逃离，难民包括党政干部和政府工作人员。斯大林对此表现得十分冷酷。斯大林授权国防委员会中负责全面监督安全事务的贝利亚，在莫斯科市郊建立障碍性隔离设施，并简易审判试图逃跑的人。随着国防委员会设立了西北线、西线和西南线三个高级指挥部，开始实施新的战略。斯大林并不完全信任专业的军事人才，他任命铁木辛哥控制西线，命令伏罗希洛夫控制西北前线，而布琼尼控制西南前线。[21]后两者是斯大林的革命同志，他们纵使没有在苏芬战争中获得荣誉，但仍然得到了斯大林的支持。而且他要求各省的党委和政府委员会直接听命于国防委员会，并强化抵抗精神。苏联红军进行了大规模的征兵工作，军备生产增加，同时严明军队管理纪律，并且征得乡村食物补给。至于如何达到这样的目的斯大林并不关心，他只看重结果。
大量的红军落入德军之手，明斯克一役，40多万红军被俘。德军在开战的头两天就摧毁了苏联空军（大部分飞机还在地面上），同时相互联结的运输线、交通线已被毁坏。在斯摩棱斯克被占领时，党的领导甚至没有时间烧毁机密文件。在乌克兰、白俄罗斯、立陶宛、拉脱维亚和爱沙尼亚纷纷陷入德军统治之时，苏维埃就已经失去了它的西部的加盟共和国。苏联已经丧失了一半工农产业生产能力以及同等比重的工农业人口，尚未被占领的地区士气低落，国内政局一片混乱。德国轰炸机持续不断地轰炸国防军先遣部队之外的数英里范围内的居民区。莫斯科弥漫着恐怖气息，许多政府官员都试图逃跑。不论是莫洛托夫在6月22日的演讲，还是斯大林在11天之后的讲话，都无法使多数人相信苏联的抵抗可以成功。