德军的残暴行径完全没有影响到斯大林，他也没有预见到纳粹残暴的程度，但当此类的报告从德军后方传至他手中时，他仍然选择了保持缄默，仅仅笼统地提及德军行为残暴（而罗斯福和丘吉尔则反复强调战争中的这种大规模残暴行为违反了国际法）。斯大林政治作风残忍，在指导战争时也是如此。内务人民委员部在爱沙尼亚、拉脱维亚、立陶宛这些地区肆意杀害、逮捕无辜平民。希特勒德军启动了“巴巴罗萨”军事计划，斯大林才自内战以来第一次可以对无辜的非战斗人员实施恐怖的打击。
斯大林很少考虑战争的残酷性[3]，他没有兴趣关注德国国防军那令人震惊的力量和残暴的行为，他一心要做的就是号召他的同胞们不惜代价来打赢这场艰苦的战争。斯大林和最高指挥部一直在规划、组织和监督战争行动，不管以何种标准来衡量，他们都是冷酷无情的人。像布哈林、加米涅夫、托姆斯基和梁赞诺夫那样温情的共产党领导人，都在大清洗运动中被杀害了，因此，不管是在最高指挥部，还是在国家国防委员会中都再不存在那种温情的成分了。即使这些机构中的一部分人质疑斯大林对待军队的严苛态度，他们也会选择保持沉默。苏德战争的双方都未执行《日内瓦公约》，战俘遭到了极为粗暴的对待，所采用的战略和战术根本不会顾及战士和平民的性命。德军在对抗西方国家战争中所表现出的克制，在德国与苏联的战争中却看不到丝毫的影子。这场战争极其残酷，在此之前，欧洲的最后一次如此骇人的残酷行径恐怕要追溯到17世纪的宗教战争时期。斯大林就属于残酷对敌类型。
苏联能在1941年2月的严冬中幸存下来的确是个奇迹。1941年美国参战，而西方联盟的虚张声势也没有给苏联抗击德国增加什么胜算。尽管华盛顿方面通过了《租借法案》承诺给苏联武器及其他方面的援助，但是直至1942年末只有很少的一部分物资送达苏联。所以当德国从意大利、匈牙利、罗马尼亚和斯洛文尼亚获得供给时，苏联基本上是依靠自己的力量对抗纳粹德国。
如果对形势进行冷静的评估，斯大林未必处于不利地位。柏林和莫斯科的战前分析都显示德国若想占领整个苏联，就必须在初夏发动进攻，实战时的军事行动也印证了这一分析。德军在对苏联的西部边境展开大规模的进攻之后，却被抵挡在列宁格勒和莫斯科城外，他们也未能占据俄罗斯腹地、盛产石油的巴库和伏尔加河航运枢纽，而苏联则储备了充足的人力和物资资源。德军所处的恶劣条件比希特勒预期的更糟糕。1941年冬天的酷寒前所未有，德国的运输和供给路线都超负荷运转，各方面的供应也仅能勉强维持，希特勒距离战争的胜利依然遥远，似是此时也已无法将军事力量的补给维持在较为充分的条件之下，而且德国的军事装备也很难适应俄罗斯的严冬。尽管斯大林对于“巴巴罗萨”军事行动的错误估计给苏联带来了长期的消极影响，但是这种对德军而言的不利条件开始使战事有利于苏联。
尽管眼前情况很不乐观，但是斯大林却已恢复元气。德国国防军如同黑豹一样蛰伏在莫斯科和列宁格勒的周围。德国控制了乌克兰，这使得苏联的粮食供应减少了一半，顿巴斯也被德军控制了，这就意味着煤、铁、钢减少了3/4，其他一些有铜、锰、铝等金属矿藏的地区也都落入德军之手。随着德国国防军的层层推进，苏方的潜在应征入伍者数量急剧减少。即使在苏联控制的领土上也是骚乱不断，成千上万的难民涌入俄罗斯的中心地区，从苏联西部地区到达莫斯科的火车车厢里更是堆满了转移出来的工厂的机器。
斯大林仍顽固地命令已疲惫不堪的将军继续进攻，并认为进攻优于防守。尽管他意识到在莫斯科和列宁格勒显然不具备进攻条件。他认为军事地图显示德军在顿巴斯的军力防守是很薄弱的，所以主张出兵夺取此地，将军和人民委员们提醒他那里的后勤供应和地理位置都对苏军非常不利，但是斯大林置若罔闻。他也从不理睬反对的声音，而坚持认为主动行动总比被动挨打好。1942年4月，冻雪融化为泥潭，斯大林就推翻了最高指挥部的决议，让最高指挥部的军事专家在乌克兰组织一场进攻，目标就是夺取哈尔科夫（Kharkov），这是苏联的第一次反击，但它的作战计划制定得极为草率，而且早已为德国情报部门所知晓。德国国防军做好了一切战争准备张开网等待苏军往里钻，他们甚至提前知道了斯大林重新攻占克里米亚的作战计划。就这样，一个极具灵活性的战略陷阱挖好了，而斯大林不顾他的军事顾问们的一致反对，红军开着坦克直接驶向失败的深渊。