斯大林是如何被愚弄的呢？几周以来，德国从欧洲各个地区调遣了数十个师的兵力聚集在布格河西岸，同时德国空军派遣侦察机分遣队盘旋于苏联的城市上空，军事情报部门向斯大林汇报了发生的一切。5—6月份，斯大林连续接到铁木辛哥和朱可夫的采取措施以防止德国空中打击的要求。身在德国的苏联情报工作人员理查德·佐尔格和苏联驻日本大使均已提出了警告，温斯顿·丘吉尔也致电警告斯大林，在德国的苏联间谍汇报了德国为军事打击苏联所作的战略部署，甚至中国共产党也提醒莫斯科要警惕德国的军事意图。[8]
然而斯大林一意孤行，对于这些警告置之不理，他只相信自己，这样酿成大错也在情理之中。即使存在可以缓和苏德关系的条件，但斯大林相信同德国的战争终究会发生。同各地的军事评论家一样，斯大林也为希特勒如此轻易地攻占了法国而感到震惊。纳粹在西线取得的胜利很可能导致希特勒开始谋划下一步对东部地区，特别是对苏联的作战计划，但是斯大林有理由相信德国不会在1941年冒险进攻苏联。虽然法国因迅速战败而蒙羞，但德国并没有给予英国致命一击。同时巴尔干、南斯拉夫等地对入侵的德军的反抗也消耗了本该被派遣执行“巴巴罗萨”计划的德国武装力量。基于以上种种原因，斯大林固执地认为至多到夏初，德国才会对苏联展开大规模进攻。拿破仑在1812年的命运显示出如果要击败俄国，就要尽可能避免冬季作战。甚至到1941年6月中旬时，他认为德军入侵的威胁似乎消失了。
一些情报部门否认德国入侵是迫在眉睫的威胁，这些报告也误导了斯大林的判断。[9]纷繁杂乱的情报混淆了斯大林的视听，而正常处理情报的渠道在苏联已不复存在。[10]而他坚持他是情报是否真实的唯一仲裁者，这使得事情更糟糕，斯大林仅仅靠个人直觉与个人经验来处理情报。不但他的政治同僚，甚至像铁木辛哥、朱可夫这样的高层将领都无从获悉来自大使馆与情报部门的情报。[11]德国利用了这一形势并且散布虚假情报，进而使斯大林相信军事进攻并非是箭在弦上。因此在1941年上半年，斯大林制定并实施两手准备：一方面，谨慎地审视与德国所签条约的各个条款；另一方面告诉苏联的政治与军事精英，一旦德国开始进攻，苏联将会以惊人的速度予以还击。他是在拿他的国家进行豪赌。即使出现了多处征兆，他仍然不与任何人商讨，相信自己有能力参透希特勒的战略意图。
“巴巴罗萨”军事行动震动了斯大林，但是一贯维护斯大林声誉的莫洛托夫声称斯大林并没有被压力击垮：
这不能说明他完全崩溃了，他只是隐忍不发。斯大林的确在承受压力，但他没有一丝的表露。斯大林确确实实遇到了极为严峻的困难，如果说他没有煎熬的感觉，那是极端愚蠢的。但是将斯大林描述为身负重重悔意的罪人，却严重地歪曲了事实，而且是极其荒谬的。他总是夜以继日地持续工作；他甚至没时间去崩溃，没时间丟掉演讲的天分。[12]
斯大林的来宾留言簿也证明斯大林并没有在逆境中沉沦。[13]朱可夫也证实了斯大林迅速地从低谷中得以恢复，次日他就恢复了原有的状态。几天后，他跟以往一样精神抖擞，斯大林坚强的意志帮助他挺过了这一关，他别无选择。无论是对共产党还是对苏联而言，如果不能有力地击退德军的进攻，结果将是致命的。十月革命的成果也许就此灰飞烟灭，而苏联将会遭受到德国的奴役。
6月23日，斯大林在克里姆林宫办公室不停地工作。从凌晨3点20分开始的15个小时内，他不断地与最高统帅部的成员进行磋商。至关重要的是制定核心军事计划，这次他同意和下属分工合作，当然他依然自以为是。下午6点25分，他要求主要官员和指挥官向他口头报告相关计划的进展状况，莫洛托夫一直陪在他的身边。斯大林正在为发出进一步指令而收集尽可能多的信息。据记载，直至次日凌晨1点25分来访者一直络绎不绝。[14]
最高统帅部或称大本营——这是尼古拉二世在“一战”中所使用的术语——于6月23日成立。斯大林最初拒绝成为它的领导。尽管战争形势极端严峻，而他并不急于承认自己是指挥作战的首脑。因此由铁木辛哥作为大本营的主席来领导由斯大林、莫洛托夫、伏罗希洛夫、布琼尼、朱可夫和库兹涅佐夫所组成的统帅部大本营。其他成员试图劝说斯大林担任最高统帅，尽管实质上他的行为似乎证明他已接受了这一领导位置，但他还是拒绝了。斯大林敲定了大本营的人选。[15]值得注意的是，他坚持认为政治要员必须加入大本营。实际上，莫洛托夫甚至伏罗希洛夫和布琼尼，这些要人都缺乏操控当代战争部队的专业知识。