赴台后，何应钦为了避嫌，在蒋介石尚未下手之前就急忙表明自己的心迹。1950年1月6日，美国《新闻观察》记者斯瑞就当前台湾军事、政治形势访问何应钦。不料何应钦答非所问：“我是国民一分子，在国民应尽义务方面，当然不能后人，所以就我内心的衷愿说，从政时冀不负国家公仆，现在只希望无忝为一个自由中国的公民。”
正因为何应钦见机得早，蒋介石倒一下子不便为难他了。不久，蒋氏复职，在他的“内阁”名单中，何应钦被委以“总统府战略顾问委员会”主任一职。听起来，这个职务相当重要，需负战略策划与设计之责，但在实际上它只是个“咨询”机关，大权还在蒋介石手中，加之朝鲜战争爆发后，台湾当局的一举一动都要听命于美国，“战略顾问委员会”主任便成了闲职，何应钦也就成了天字第一号的闲人。不得已，只能替蒋介石不时打打“杂工”了。
何应钦
一是参与“世界道德重整运动”活动。所谓“世界道德重整运动”，是在第二次世界大战后，西方国家为遏制共产主义势力在全世界的发展所采取的一项措施，他们认为第二次世界大战后反共已成为世界问题，以道德来武装人类，使之不受共产主义思想“污染”是当务之急，故发起该项运动。何应钦认为这一简称MRA的运动所标榜的“四大目标”，即“绝对诚实、绝对纯洁、绝对无私、绝对仁爱”，“与我们中国固有的道德，可以说是完全一致的……也与我们中国孔子所说‘修身、齐家、治国、平天下’的道理，是极其相似的，也正是中国共产党所企图彻底推翻的东西”。
1956年5月2日，“世界道德重整运动”的创使人卜克曼博士抵台访问，何应钦给予热情接待。同年7月下旬，何应钦率领台湾当局出席“世界道德重整运动”大会代表团赴瑞士柯峰。会后，何应钦遍游欧洲大陆。1960年夏，何应钦选派50名青年前往瑞士柯峰接受“道德重整”的训练。尽管何应钦特别热衷于“世界道德重整运动”，但由于这一运动受“反攻无望论”的影响，60年代中期之后便销声匿迹了。
二是主导对日“国民外交”。何应钦是留日生，对日本有着一种特殊的感情，在他离开权力中枢之后，用相当的精力从事对日“外交”。1950年1月4日，何应钦偕夫人王文湘女士赴日医治癌症，并宣称“以私人资格访问”日本朝野。在日本，何应钦首先受到日本战友会的欢迎，前日本侵华军总司令、战友会副会长冈村宁次致欢迎词称：“何将军在我国被称为对日本了解最深的友人，多年的亲日态度，早为日本国民所周知”，“蒋介石总统阁下，在战争结束的那一天，发表‘对于日本人，应以德报怨’的著名声明，使日本全国国民感激，而事实上担任接收及遣返200万日本军民的处置者实在是当时任总司令的何应钦将军”。何应钦也发表了《中日合作与远东之集体安全保障》的演说，公开其访台的目的是为了远东局势，说：“远东的焦点，一是对日和约，一是台湾中国政府的地位，一是韩战战略的争执。”他建议日本政府尽快与台湾签订和平条约，承认台湾的“中华民国政府”，并在美国的支持下拼凑“远东公约”，把朝鲜战争变成一场持久的有限战争，拖垮新中国。
三是参与“国民大会”的领导工作。何应钦在世时，“国民大会”在台湾共召开六次大会，一次临时会议。何应钦每次均应蒋介石之召出席会议并出任主席团主席，为维护蒋家小朝廷利益效尽犬马之劳。1954年2月19日，“国民大会”一届二次会议除了投票罢免李宗仁之外，还连署提案支持通过《动员戡乱时期条款在未经废止前继续有效》案。1960年2月，“国大”一届三次会议召开时，何应钦会同莫德惠等966人，提案修订《动员戡乱时期临时条款》，规定“在动员戡乱时期，总统、副总统得连选连任，不受宪法第47条连任一次之限制”。经此修订，蒋介石再度连任“总统”一职。1966年2月，“国大”一届四次会议召开之际，何应钦与张知本领衔连署提案修订《动员戡乱时期临时条款》，主要是无限扩大“总统”权力，以适应反共形势。
四是主持“三民主义统一中国大同盟”工作。那是蒋介石死后的事情。1979年元旦，全国人大常委会发表《告台湾同胞书》，提出和平解决祖国统一的新方针。此方针提出后，立即受到海内外有识之士的赞同。但台湾当局从其自身利益与立场出发，攻击中共在玩弄“统战阴谋”，是30年前和谈的“故伎重演”，同时抛出了“三民主义统一中国”的口号。1981年召开的国民党“十二大”还通过《贯彻三民主义统一中国案》。会后，何应钦为紧跟蒋经国，积极贯彻国民党“十二大”精神，于同年11月21日主持“三民主义统一中国”研讨会。同时决定设立专案组，会同有关单位，策划建立“三民主义统一中国大同盟”。1982年8月28日，何应钦等人发起“三民主义统一中国大同盟”筹备会议，并向当局办理申请登记手续。10月22日，“三民主义统一中国大同盟”在台正式成立。何应钦致开幕词：“本大同盟的奋斗目标，是要发挥民族主义伦理的力量，争取十亿同胞生活方式的自由；发挥民权主义民主的力量，争取十亿同胞政治上的民主；发挥民主主义科学的力量，争取十亿同胞经济上的平等；以真正的自由、民主、平等与繁荣，来统一我们的国家，使共产主义的祸患，永远根绝于中国的土地，全中国同胞后世子孙，永享三民主义的福祉。”