1963年，台湾当局财经部门全面修订“奖励投资条例”，将设立加工出口区的条文列入条例中，报“行政院”审批。“行政院”认为事关重大，遂责成“美援会”拟订专门的“加工出口区条例”。1965年1月，“立法院”三读通过该条例，公布实施。2月，“国际经济合作发展委员会”组成“筹设加工出口区临时工作小组”，由“经合会”参事谢贯一担任小组召集人。
小组成员在选址问题上颇费了一番周折。最后，他们发现临近高雄港口的新生地，呈半岛形，易与外界隔离。而且该地区气候温和，工业环境良好，劳动力资源充沛，实是首选之地。
1966年，高雄加工工业出口区正式成立，但台湾当局又说财政困难，无钱可拨。好在山姆大叔出于对自身利益的考虑，对蒋氏父子的经济革新还是相当关照的。从1965年7月至1968年6月间，“‘中美’经济文化发展基金”以赠款形式支付了高雄加工工业出口区的一切日常开支，并援建了管理处办公大楼、警卫宿舍。以后，这个机构又以年息6厘的低息贷款，帮助高雄加工出口区建起了各类公共设施及仓库。
经过努力，建成后的高雄加工工业出口区占地66.3038公顷，其中部为行政区，北侧为标准厂房区，南侧为自建厂房区。行政局内有管理处、海关、银行、邮局、税捐稽征所、加油站、仓储运输、卫生保健、供应等管理服务单位，面积约占全区1.1%。标准厂房区自1965年11月起，分五期兴建，至1969年11月全部完工。全部厂房共计21幢，分甲、乙两种，约占总面积26%。自建厂房区，供投资者承租，自行兴建厂房，约占总面积的52%。台湾当局为加工区订立经济指标：建立120家以上工厂，吸引1800万美元投资，达到每年7200万美元的外销总值，创造15000个就业机会。为严防走私，加工出口区周围特设有2.5米高的围墙，上加约1米的刺丝网，四周有望台十座。全区仅在行政区范围内设立一个车辆入口处，以便稽查管理。
有了高雄加工工业出口区这个样板，台湾当局又选址另增新区。因为考虑到加工出口的都是轻工业产品，所需原料和成品吨位有限，一般都利用空运的方式出货，所以选址也就不再拘泥于靠近港口的地区。基于以上认识，台湾当局决定在距高雄15公里的楠梓兴建第二个加工出口区。楠梓加工出口区从1969年1月开始动工，1971年4月建成，总面积90公顷。经费来源也仍靠“‘中美’经济文化发展基金”布施解决。
与此同时，台湾当局考虑到工业发展的地区平衡，又在台中建立了一处加工出口区。台中加工工业出口区位于潭子乡，距台中市9公里，离台中港30公里，纵贯铁路、公路旁区而过。全区占地23.5公顷，是三个加工出口区中最小的一个，当然，耗资也是最小的一个。
总而言之，设立加工出口区，是台湾当局发展经济的大手笔，目的是为了依靠这些“工业飞地”扩大对外贸易，引进先进技术，增加就业机会，尽快确立起外向型的经济结构。为了加强管理，台湾当局在楠梓、台中加工出口区建成之后就撤销了“高雄加工出口区管理处”，成立了“经济部加工出口区管理处”。
当然，除了建立加工出口区外，台湾当局也采取了其他一系列措施促进工业发展：（1）减少税收、奖励投资。1960年，台湾当局颁布了《奖励投资条例规定》，将赢利企业所得税的最高税率从31.5%减到18%。1965年，台湾当局又对《奖励投资条例规定》进行修订，对合乎奖励标准的生产企业，减征10%的所得税。（2）增加对民营企业的贷款。自60年代以来，台湾当局一直采取措施扶持私人企业。提供给私人企业贷款的比重从1960年的47%增至1970年的77.6%，1975年更是高达78%。（3）实行外销低利贷款。1957年，台湾银行接受“贸易局”的委托，制定了外销低利贷款办法，以比一般银行贷款利息低10.44%的低息贷款作为对出口商的奖励。60年代中期以后，台湾当局继续了这一做法，贷款额度有了很大的提高。（4）颁布《工业辅导法则》，以避免盲目重复投资建设。应该说，这些措施对台湾经济的发展起了良好的作用。
随着工业的迅速发展，台湾农业就显得有些力不从心了。它不仅不能为工业的发展提供可靠的原料和市场保障，甚至其自身的发展都面临着缓滞的危险。1969年，台湾当局出台《新农业政策纲领》，并成立“中央策划小组”，以“经济部长”为召集人，“财政部长”、“中央银行总裁”、“行政院主计长”、“农复会主任委员”和“台湾省主席”为委员，监督农业新政策的实施。这个农业新政策包括扩大农场经营规模以推行农业机械化、充裕农业生产资料以稳定农产品价格、加强农民组织以优化服务职能、开发农产品加工以拓展国际贸易、革新农产运销制度以降低生产成本、革新农业金融制度以充裕长期低利资金、采用先进技术以提高生产效率等数项内容。[43]