其次，蒋经国严厉申饬各部门主管擦干净“屁股”。据熟悉台湾政界行情的人说：“蒋经国先生用人，固然考虑才德兼备，但在道德方面，他并不斤斤计较部属的私德，只要不贪污枉法，至于‘寡人有疾’，他倒很开明。政坛要人中，不少有‘红粉知己’，似乎对他们的仕途并无大碍。倒是‘金钱’的方面，蒋经国是很在意的……许多高层人士突然倒台，不少是因为在金钱上‘不明不白’，报告上去后，政治生命就结束了。”[28]
基于这样的用人原则，许多生活简朴、勤奋上进的才俊得到提拔重用。如孙运璇因乘坐裕隆旧车、不打高尔夫球而出任“经济部长”；俞国华因其刚正不阿、俭以养廉的个性而执掌阁揆。与此相反，“司法行政部长”王任远的突然去职，某教育厅长英年隐退，都是犯了“蒋先生的大忌”。据说，有一次蒋经国挑选“陆军总司令”，先到第一人选家走访，见他家布置得过分奢华，心中不快；又到第二人选家，女主人打着毛衣来开门，家中陈设亦很简单，蒋经国回去后立即任命了第二人选。
再次，蒋经国重振当年在上海滩“打虎”的雄风，立了几个大案要案，起到了“杀鸡儆猴”的效果。在这一点上，蒋经国和蒋介石有较大的区别。蒋介石虽然也宣称要严惩贪污腐败，但总的来说，做的多是官样文章。他身边的亲随，很多都是大贪巨蠹，许多人到死也不曾受到来自“上峰”的半句申斥。相对而言，蒋经国就显得有些六亲不认，他奉行的是中国儒家“赏贵小，杀贵大”的政治箴言，即便是自己的心腹，在“赏”时也不破格，而一旦要“杀”，则不论亲疏，概不留情。
早在大陆时期，蒋经国就因“上海打虎”得罪过孔、宋豪门。及至“全面革新”，他以接班人的姿态，手握杀伐大权，威风自然远胜当年。而蒋介石在垂暮之际，也乐得让儿子在奖廉肃贪方面一显身手，以裨其树威养望。从20世纪60年代末起，伴随着蒋经国的步步高升，台湾政坛整顿官场纪律和打击贪污的风声日紧。1968年11月，台湾当局“行政院”颁布《禁止所属公务人员冶游、赌博办法》。12月，国民党中央又发出《简发贺年片及简化拜年实施办法》，要求各级官员尽量“不招待别人，也不接受别人招待”。
1969年3月，蒋经国逮住了第一只“大老虎”。当时，高雄青果社理事主席吴振瑞及高级职员多人，集体舞弊，对蕉农野蛮盘剥，并利用各种非法手段牟取暴利，事被治安部门发现，立即将吴某等25人逮捕判刑。该社的其他骨干四出活动，借立社20周年纪念之机，向有关方面赠送真金果盘，希望减轻对入狱者的处罚。接受贿赂的官员中，包括台湾“外贸会主任委员”、“行政院政务委员”、“中央银行总裁”徐柏园。蒋经国对此大为震怒，奏明蒋介石将其免职。徐氏乃宋美龄心腹，主持台湾金融近20年，是对台湾经济发展立过功的“部长”级大员，一旦被“太子”打入水沟，立即成了死狗，从此一蹶不振。
1969年6月，蒋经国升任“行政院副院长”。7月，“行政院”颁布命令，从严考核所属各部门公务员的品德生活，规定凡公务人员贪污被判刑者，刑满后不得再任公职。8月23日，台湾省政府为响应“行政院”号召，开始实施《奖廉惩贪办法》。9月23日，“行政院”再颁严令，实行“连坐法”，规定部门主管须对本部门公务员的失职违法负责。12月4日，“行政院”又颁布《所属公务人员赠受财物及接受招待办法》，对官员收礼吃请作出严格规定。1970年3月，国民党十届二中全会通过决议，把“严惩不法人员贪污行为，根绝司法人员收受贿赂玩法舞弊，对民事诉讼案件速审速决”作为司法革新的首要之途。蒋经国随即以“行政院副院长”身份，下令“法务部调查局”把贪污案列入侦察重点。在各类群众集会上，蒋经国都要慷慨激昂地痛骂贪污，他公开指责台湾盛行的“红包”为“臭包”，并发动一切宣传机器，试图创造出一种对贪污者“人人喊打”的社会风气。1972年1月，台湾当局“行政院”发出指示，“要求各部门把加强检肃贪污列为各机关首要工作”。