恰在这时，爆发了王正谊案。王正谊是蒋介石的娘家亲戚，做过“行政院人事行政局局长”，深得“总裁”信任。蒋介石卧病后，蒋经国曾想让他的亲信接替王正谊的职务。王以为有“总裁”撑腰，所以没理“太子”的茬，依旧恋栈不退。不久，有人告发王正谊以“中央公务人员购置住宅辅助委员会主任委员”的身份，贪污美元13.75万元。6月1日，蒋经国从“行政院副院长”升为“院长”。当天，即下令免去王正谊本兼各职，将其逮捕法办。经三次审讯后，证据确凿，判处王正谊无期徒刑。许多年后，王正谊假释出狱，已卧床不起的蒋经国仍不依不饶，亲自过问经办人员：“是谁把他放出来的？”[29]
1973年2月，蒋经国再出重拳，以“卖官鬻爵贪污罪”，判处“高雄市长”杨金虎五年徒刑。杨妻穿针引线，是此案主角，判处十年徒刑。“海关副税务司兼稽查主任”白庆国，贪污受贿情节严重，被判死刑。
此后，“反贪污”的声浪，在台湾一直此起彼伏。以蒋经国为首的执政当局，也不断采取新的措施来打击贪污分子。如1979年8月，设立了“贪污及经济犯罪防治中心”，将该中心的电话号码公布于众，号召民众通过电话检举贪污受贿者。12月，又颁布《保护、奖励检举贪污者条例》，以鼓励民众检举贪污犯。1980年12月，台湾当局又在各地设立了52个“肃贪法庭”，专门审理贪污案件。
客观地说，蒋经国对贪污的严厉打击，同他所奉行的亲民作风及所推动的其他革新措施一起，确实在一定程度上改善了国民党在民众心目中的形象，对国民党巩固其对台湾的统治发生不可低估的影响。蒋经国本人也因此得到不少好评，并在各阶层获得很多人的拥戴。
当然，我们也应该看到，在“人治”社会中，仅凭领导者个人的意志或“杀一儆百”式的抓几个大案要案，是不足以遏阻官员的腐化和贪污之风的。对此，蒋氏父子心里清楚得很。蒋经国就曾发表讲话说：
奢侈浪费的社会风气依然未改，须有正本清源之道。社会风气糜烂，对人心的腐蚀最大，少数人酒肉征逐，一席万金，甚至订包整座观光旅馆之餐厅举行喜庆宴会，不仅是过分的浪费，也会使人心境尚浮华虚荣，因而丧失了勤朴和战斗的精神，这是极堪警惕的社会问题。
人事革新与管理阶层的年轻化
革新的意义不外乎引进新人、新思想、新观念、新作风，以达到巩固根本、发展壮大的目的。
撤退台湾后，蒋介石为刺激国民党的生命活力，比较注意人才的引进和党内干部的新陈代谢。从20世纪50年代开始，国民党在台湾逐渐建立起了一套退休制度。自60年代中期起，又开始推动公务员职位分类和公务员分类考试任用法，以便让确有才华的人从较高的起点得到优先录用。但是，在沿袭了上千年的“官本位”心理笼罩下，在“人治”的政治架构中，掌权者恋栈不退，连带封阻了新生人才的仕进管道，使有关制度成为空文。
在国民党中，最愿意看到退休制度落实的自然是属于“小字辈”的蒋经国。但正因为他本人及其亲信均属“小字辈”，如果由他出面敦促“老大当退者”下台，容易使后者产生逆反心理，反而把事情搞僵，弄得不好，甚至还会招来“逼宫”的议论。于是，蒋介石亲自出马，利用其个人权威，三令五申，硬性贯彻退休制度。
1967年11月，蒋介石在第九届中央委员会第五次全体会议上提出解决退休问题的三项办法：（1）凡年满六十五岁（如有必要，最多不得超过七十岁）之事务官，应勒令退休。（2）退休金应为预算中之重要部分。（3）如退休金预算过大，不足支应时，可仿效军队假退役办法（或国防部进修军官办法），听其留薪停职。[30]会后，他又三番五次严厉申饬有关方面立即实行。1968年8月，“行政院”根据他的指示，正式发布退休条例，凡拒不退休者一律停薪除职。
该条例一出，国民党军政界风声鹤唳、草木皆兵，大家都惧怕失了饭碗。元老宿将们更是气得牙根痒痒，说：“兔死狗烹，鸟尽弓藏，老头子自毁长城。”
为了彻底解决纷争，蒋介石决定重演“杯酒释兵权”的老戏。1969年6月9日，他突然邀请国民党中央评议委员会——这是党内的“元老院”——的委员们聚餐。在餐会上，他发表了长达数小时的讲话，称：“虽然目前人才奖进问题，职位分类问题，待遇生活问题……都在不断的研究改进之中，但由于退休制度至今未能彻底实施，乃成为了整个人事组织问题窒碍的主因。本来退休制度的作用，在使为党国竭尽其心力忠荩者，退而可以终其老，年富力强者，进而可以尽其才，这就是礼运篇所悬的‘老有所终，壮有所用’的目的。我们的退休制度，其所以尚不能全程贯彻者，就是一般老大而当退者不愿依例退休，乃使新才当进者，而亦不得如期升用。直接影响的，就是人事管道雍塞，无从发挥新陈代谢的功能；间接影响的，就更是不能吸收新才新血，因之亦就不能吸收新学新知；有用之才不得其用，固为人才的浪费；而一事数人，迂缓颟顸，也同样是人才的浪费；至于一人数职，更是造成人事管道畸形雍塞与行政效率普遍低落的根本原因。”接下去，蒋介石为在座的元老们飞去一顶高帽，说：“自然党政军同志，没有一个不是以毕生的精神、智慧、学识、血汗、与其青春岁月，贡献于国家社会、贡献于革命大业的，大家不惟艰苦备尝，抑且身经百战，特别是在此二十年间，茹苦饮痛，安危相仗，有不可胜言者！眼前我们政治、经济、教育、社会……一切建设，与乎建军规模，战争准备，以及对匪战斗之坚持与扩大，可以说，乃无一不是大家革命精神之体现，骈手胝足的成就。所以政府不仅有责任，使大家养身瞻家，无匮乏之虞，更有责任，带同大家，反攻复国，重建家园。大家对国家社会的贡献愈多，则关切国家社会发展的前途愈深！大家所愿竭尽其心力血汗，以求国家社会中兴再造者亦愈切！”抚慰一番之后，话锋转入正题：“同时也不得不承认，每一届将届退休年限的干部同志，精神体力，业已因其对国家社会的长期贡献，而不得不渐进于衰老之境，而应予以休养，以此，大家再进一步的报国之道，乃就是以自己的职责岗位，转而交付于年青的一代，以自己的经验智慧，转而传递于年青的一代。使往日自己之所苦于不能、以为不足以有为者，在年青一代的手中，成为可能，且愈益发为光芒功烈。这就是大家对国家、对社会、对个人、对革命历史，尽其更大的责任、致其永久的光荣之一着。”接着，蒋介石严厉批评有些高级干部没有养成以退休为尽责的新观念：“一个人将届退休年限，就是对国家、对社会以尽其劳瘁的光荣记录，也就是对国家、对社会有了责任的交代。大家常说美国将领一届退休年龄，即毫无依恋的以退为荣，以退为乐，而且也都觉得这种观念和精神，是难能可贵，我们应该加以效法的。可是我们一般高级干部同志，对此虽发生其无涯的羡慕，然终不能养成这种现代公务人员为国家政治、为个人责任、应有的和自然的新观念，因之对革命前途，造成了绝路，国家命运，亦要由我们这一辈自己来断送了。”最后，蒋介石说：“今天我要特别盼望高级干部同志，从现在起，就能树之风声，发为运动，由上而下，‘依例自退’，换句话说，亦就是希望大家，一届退休退役年龄，即主动请退，以退为荣，以退为乐，而毋须人事部门被动催促。因为一个人，如其到了退休退役的限龄而不肯主动致仕，妨贤害能，阻碍国家进步，那你自己走在前面，背后就会有人指摘嘲弄，所谓‘少时共嗤诮，晚岁多因循’，要成为年轻一代嗤诮愤懑的对象了。”[31]