退台之后，阎锡山、何应钦、白崇禧等元老重臣被排挤出局；吴国桢、孙立人、雷震等自由分子被放逐下狱；陈氏兄弟和陈诚虽得保“晚节”，但原本围绕在他们周围的私人群体也随着核心的淡出或去世而纷纷作鸟兽散。与此同时，蒋经国在其父亲的刻意扶植下，权势日益膨胀。1950年3月，国民党成立“国防部政治部”，蒋经国出任主任，组建了以他为核心的“政工系”；同年，蒋经国担任“总统府资料组组长”，以替“总统”搜集情报为名，掌握了“情治”大权；1952年10月，国民党召开“七大”，蒋经国入围“中央委员”之列；同年，“救国团”成立，蒋经国通过李焕控制了团务工作。
当然，蒋介石对长子的“扶植”也经历了一个不小的波折。1957年，蒋经国因“涉嫌”鼓动“五·二四”反美风潮，开罪了山姆大叔，蒋介石不得不让他退居幕后，以“退除役官兵辅导委员会主任”的身份领导“荣民”修理地球去了。而“太子”也果然是一员“干才”，在“辅导委员会主任”的位子上照样干得有声有色，负责修建了全长348公里的横贯台湾东西的公路。蒋介石对长子的“业绩”很是满意，再次策划让他重回权力中枢。1958年7月，陈诚第二次“组阁”，蒋经国果然卷土重来，出任“政务委员”。经过这一“劫难”，他锋芒毕露的个性明显有所改变，不仅在“内阁”开会时往往只听不说，而且在公开场合也很少发表意见，并有意躲避记者的采访。他还经常在日记中写下诸如“必须有自制之力”、“耐心地去等待”、“要小心翼翼地埋头工作”等词句警醒自己。他还曾对人说自己做事有三个原则：（1）不居名；（2）做没有地位的事；（3）担当不易做和别人不肯做的事。
外界舆论对“太子”韬光养晦的态度多有嘉言，殊不知“复出”后的蒋经国就拥有了已经有的与未曾有的权力。首先，他利用“国防会议副秘书长”的权力，不断巩固政工系统、特务系统、“救国团”系统等老阵营。其次，他又在党、政、军各部门内，采用“重人不重职，争权不争位”的策略，大量安插亲信担任副职，从而打下了雄厚的下层基础。
做好岛内的铺垫工作后，蒋经国又向素有旧怨的美国人频送秋波。1963年9月，陈诚健康每况愈下，蒋经国却接到了华盛顿的邀请。尽管这次访问对美国现行政策没有任何改变，但间接地透露出一丝“信息”：山姆大叔已有了一旦陈诚病故立即扶“太子”上马的打算。
12月4日，陈诚病情恶化，辞去“行政院长”职。蒋介石左看右看，最终选择严家淦来填补这个缺额。严家淦出生在江苏吴县的一个知识分子家庭，毕业于上海圣约翰大学化学专业，后来走上仕途，抗战时期担任过福建省财政厅长。他从政的最初愿望是当一个大使，以发挥英文好的优势。撤退台湾后，严家淦出任“财政部长”，竟使“中华民国政府”长达14年的财政赤字消减为零，轰动不小。不久，他又担任“台湾省主席”职，开始步入台湾政治核心。客观地说，严家淦只是个技术型官僚，并不具备政治才干。在省主席的位子上，他非但统御不了大场面，甚至在处理一般政事时也显得过分拘谨，缺乏裁断能力。据说，有一次“台西文化协会”要举行西班牙戈耶画展，有关机关均拨助少许经费。负责举办画展的范君以私人关系面见严家淦，请他拨款两三千元襄助。严家淦满口答应：“好的，好的。”并批示：“交教育、财政两厅核议。”公文往来多日，经两厅核议结果：“似应照准，惟因经费短绌，如何支出，呈请钧裁。”范君只得再见严，严又是满口“好的、好的”，批示两厅再度核议。待经费到位，画展早已结束了。
这样一个“好好先生”为何能得到蒋介石的青睐呢？原因有二：（1）蒋介石经历了国民政府分崩离析、学生故旧倒戈反击之惨痛“变局”，愈发认定“中兴以人心为本”的道理。而严家淦无论在“财政部长”还是在“台湾省主席”任上，都能事必躬亲，定期向蒋介石汇报工作，这一点甚得蒋的赞许。（2）严家淦出身科班，汇报工作时思路清晰，用词简洁，这一点也给蒋留下了深刻的印象。（3）最为重要的是，严家淦没有野心，没有班底、党羽，不会对下一梯队的蒋经国形成任何威胁。