事发之后，美国政府表示震惊。驻台“大使”蓝钦立即向“外交部长”叶公超提出严重抗议，并要求调查幕后主持人，严惩肇事者，赔偿一切损失。当天，美国国防部发言人宣布“绝不重新审理雷诺案件”。从5月25日起，美国各报连续数天在显要位置报道台北“暴动”的消息，齐声指责台湾当局“忘恩负义”，要求重新考虑对台关系。许多国会议员也威胁说要重新考虑对台援助“是否明智”。甚至连一向支持蒋介石的右翼参议员诺兰，也在他主办的《奥克兰论坛报》上发表社论，称“有充分的证据，证明这次对台北美国大使馆和美国新闻处的攻击是由拥有很高权力的某人策划的”。有些美国官员则公开指出：诺兰所谓的“某人”就是蒋经国。
美国人指责此次事件是台湾当局的杰作，当是事实。此事本身很有可能是台湾当局想搞一场抗议活动，包括一定限度的“骚乱”，结果事态失去控制，最后不得不出动警察进行镇压。事发当日，蒋介石不在台北，因此蒋经国也确实有摆脱不了的干系。根据有关资料，至少可以从七个方面证实台湾当局“涉嫌”此事：（1）在事变之前，已有一些住在台北的美国人从中国朋友那儿得到了“呆在家里”的警告。（2）领头的闹事者都是英文相当好的知识分子，很多人佩戴着蒋经国领导的“青年救国团”的团徽。（3）成功中学亦有50余名学生在军训教官的带领下前往声援。这所学校的学生多为国民党的高干子弟，包括蒋经国的儿子蒋孝文、蒋孝武。该校校长潘振球是蒋经国的心腹，也是“青年救国团”的主要负责干部。（4）示威者带有“中华民国国旗”，后来参加示威的学生更是成群结队地举着标语和旗帜，说明事先已有准备。（5）警察明显地持放任态度，“和平”观望骚乱竟达四五个小时之久。（6）官方控制的“中国广播公司”广播奥特华的哭诉，极尽煽动之能事。（7）“使馆”内的保险柜被砸开，大量机密文件神秘失窃。
5月25日凌晨，蒋介石返回台北，立即召集陈诚、于右任、叶公超、俞鸿钧、张道藩等人商议善后事宜。蒋经国主张不能对美作太大让步，并要求取消驻台美军的“治外法权”，至少要达到重审雷诺的目的。但多数与会者持稳健姿态，认为不应该和美国闹得太僵。当天，“行政院长”俞鸿钧发表声明，对事变“深感遗憾”，并保证要“惩办不法分子”；驻美“大使”董显光也奉“外交部长”叶公超之命，向美国国务院提交了正式道歉照会；26日，蒋介石接见蓝钦，声明“这次事件的起因，主要是由于（中）国人不了解美国的司法制度”，并表示愿赔偿美方的一切损失。[187]随后蒋介石宣布撤免台北“卫戍司令”黄珍吾、“代宪兵司令”吴志勋、“代警务处长”陈有钦的职务，并任命“陆军总司令”黄杰兼任“台北卫戍司令”。警察、宪兵和特工人员也开始四处出动，拘捕“暴乱分子”。
27日，叶公超在记者招待会上发表声明，再次对“反美事件”表示遗憾和歉意，并反驳了此次事件系由官方组织的说法，声称“台北不存在普遍反美情绪”。当天，董显光也在华盛顿向美国解释此次事件只是“孤立事件”，绝无官方背景，并重申愿赔偿美国的一切损失。28日，蒋经国接见美国合众社记者，宣称“反美事件”只是因为人们对审讯不满而导致的“情绪激动”，“这里（指台湾）并没有任何反美情绪”。他还为自己“辟谣”说：“我认为，只有和美国人合作，我们才能指望完成消灭共产党人的大业，因此只有两个理由我会是反美的——我疯了或者我是个叛徒。”对于外界有关他的种种指责，小蒋“表示吃惊”。
既然台湾当局已作出一系列让步，美国方面也就见好就收了，山姆大叔毕竟舍不得丢失台湾这条“不沉的航空母舰”。29日，杜勒斯宣称台北事件不会使美国改变对台政策。6月1日，蒋介石发表文告，称：“自上月二十四日台北市发生损毁美国大使馆的不幸事件以来，我感觉到这是我参加国民革命五十年中一次很大的刺激，也是我平生一件莫大的遗憾。现在姑且不论此一事件使我们当前反共抗俄的大业受到如何的影响，使我们复国救民的工作遭遇到如何的损害，对于中美两国百年来传统的友谊招致了如何重大的创伤，我最痛心的是使我们整个国家的信誉和民族的尊严，蒙受了不易洗清的污点。”[188]