第三，他一到重庆，就部署在西南作最后的挣扎。蒋经国在其《危急存亡之秋》中对此有如下记录：
1949年11月14日，蒋介石抵达重庆。“国军已自贵阳撤退，秀山失守，共军已迫彭水也”，“父亲独自研究战局，拟调胡宗南部增援重庆。彭水已于夜间失守。第二军部队在芙蓉江东岸地亦被共军包围”。
同月18日，蒋介石找张岳军、顾墨三商讨“滇事与渝东作战部署”。蒋经国说他“自十五日奉命，赴前线视察战地实况于当日下午四时，在重庆海棠溪过渡，车至綦江，天色昏黑，即在驻军军部过夜。翌晨三时卅分起身，四时出发，经过南川，越过长江水坝、白马大山，于傍晚始达江口。在沿途所见自前方败退的部队，情况非常混乱，伤心之至！在江口遇见宋希濂和陈克非两人，曾将父亲希望他们固守乌江的来意相告。昨夜住宿南川。今晨五时起床，六时动身，九时到达綦江。在该地遇见罗广文军长，详谈二小时之久。下午四时返抵重庆，向父复命”。
同月25日，蒋介石在24日“曾电罗广文：‘望严责所部有进无退，死中求生。’不料该部已完全放弃南川，不留一兵一卒，致共军长驱直入，进迫綦江”。
同时，贵阳失守。
同月28日，“自前日午夜共军攻占綦江，罗广文只身脱逃来渝后，重庆外围危急。父亲今日对放弃重庆问题研讨甚久。如果撤退太早，则共军必可于半月内到达成都，而我之唯一主力陕南胡宗南部，本已撤至汉中以南，将无法转移于成都以西地区。如此，西南大陆将整个为共军所控制。故决定缓撤重庆守军，并在沿江设防，以确保成都。不料共军业已攻抵南温泉，重庆危在旦夕矣。午后随父巡视重庆市区，沿途车辆拥塞，交通阻梗，宪警皆表现无法维持现状之神态，一般人民更焦急徨，愁容满面。部队亦怪象百出，无奇不有，言之痛心！”
同月29日，“我政府行政院迁至成都办公”，“万县有两艘军舰叛变，向长江下游下驶。重庆近郊，我军已与共军激战。正午黄桷桠方面亦已发生战斗，重庆市内，秩序异常混乱。父亲乃决心于明晚撤守沿江北岸之指挥部署。午间召开军事会议，决定新的作战计划，对第一军之后撤准备，亦有详细指示。但前方已传共军在江津上游二十里之处渡江矣。前方战况猛烈，情势危急，重庆已受包围。而父亲迟迟不肯离渝，其对革命的责任心与决心，感人之深，实难以笔墨形容。下午十时，林园后面已枪声大作，我只好向父亲报告实情，希望早离此危险地区。同时罗广文自前线回来报告，知其军力已被共军击散。而周围各兵工厂爆炸之声又四起，连续不绝。此时山洞林园前，汽车拥挤，路不通行，混乱嘈杂，前所未有。故不能再事稽延，乃决定赴机场宿营。途中为车辆阻塞者三次，无法前进。父亲不得已，乃下车步行，通过后改乘吉普车前进，午夜始达机场，即登中美号专机夜宿。在此兵荒马乱之时，父亲指挥若定，其安详镇静有如此者”。
同月30日，“凌晨六时，随父由白市驿机场起飞，七时到达新津，换机转飞成都，入驻中央军官学校。当父亲自白市驿起飞时，据报：‘在江口过江之共军，已迫近距重庆白市驿机场之前方二十华里。’白市驿机场旋即自动炸毁，免为共军利用。时尚有驱逐机四架及高级教练机六架，以气候恶劣，不能飞行，亦一并炸毁，殊可痛惜。广西之南宁亦于今日失守。”
12月1日，“重庆本日失守，对我保卫西南，确是一种极大的打击；不过，父亲个人确已做到了‘为革命而尽其在我’的责任。父亲下午约见邓锡侯、刘文辉、熊克武、向传义、王方舟等谈话。胡宗南长官亦自绵阳来见，详商军事部署，以汽油缺乏，运兵滞缓为难。父亲仍望其速派有力部队进驻遂宁并防守内江。此时璧山已陷，铜梁县县长闻风弃职潜逃，仅剩电话局局员对外答话；永川县长与驻军亦同伙投共。内江以东汽车停开，道路阻塞，等待过渡者形成长阵，达十余公里，拥挤不堪。此地约有六百辆汽车，等于无用，甚至将以资共，殊为可虑。地方政府无能，成都社会风气比重庆更为复杂。街头巷尾构筑无用之木栅，真是自欺欺人。”
同月4日，“下午，城内秩序渐恶，到处汽车拥挤，冷枪时发，成乐公路之夹江、峨眉附近，盗贼如毛，四出行劫，南路亦复如此。致使胡宗南部队作战调动，均发生极大困难。”