1962年11月，国民党召开了八届五中全会，决定分三批进行党员总登记。第一批登记对象为中央从政党员，包括各部会首脑和“立法委员”、“监察委员”、“国大代表”等，共约1800余人。登记期限为12月21日至年底。第二批登记对象是省级从政党员和“省议员”。第三批是一般党员。预计分别于1963年1月和2月登记完毕。会议规定，凡愿登记者必须在“实践规约”上签名。若有党员认为他对政治方向的看法与党的路线不符合，可不登记，即为脱党。如逾期不办理登记亦以脱党论。原来蒋介石所设想的“总登记”，除要求每个登记者签署“实践规约”外，还要当众宣誓，后因很多党员反对，才算作罢。登记结果：中央从政党员登记率达99.9%，只有0.1%没有登记；一般党员登记率达99.36%，只有0.64%没有登记。这出人意料的“惊喜”使蒋介石“自知过去对一般同志估计错误的发现，所以乃得转郁结为轩豁，转悲观为乐观”。[168]
登记之后，蒋介石又指示：（1）要做好党的编组工作，使党结成一个整然的战斗体。（2）要加强小组的组织活动。对于小组长的人选，以后要特别注重甄选与辅导；对于小组长的工作，也要研究加强其权责，务使其能在小组中先有研究发展、自动自发的能力办事，再进一步，使之有务实求精，独断专行的魄力，表现其成绩。（3）要改进对干部考核和监察的工作。[169]他还提出要把各个党员自己签署的“实践规约”附在党证后面，在小组会议上经常进行自我检查和相互检讨。同时，国民党中央组织部门也采取了一些措施，加强对干部的考核和监察。
经过这一通“折腾”，CC派在“立法院”内的势力基本解体。但在“监察院”内，CC派仍有一定能量。这是因为“宪法”规定，只要有一名“监委”提议，九名以上“监委”审察及决定，便可提出对“中央”及地方公务人员的弹劾案，因此CC派“监委”的人数虽少，却可以呼风唤雨。在1960年底至1961年初，CC派的曹德宣等五名“监委”对雷案进行复查，使国民党中央颇为不快。此后，在蒋介石连吓带骗之下，CC派的“监委”才噤若寒蝉。“监察院”内的国民党党团，也随即加强了对本党籍“监委”的控制与监督。
1965年3月26日，国民党中央委员会以在《自立晚报》上撰文，鼓吹“两个中国”，“有违基本国策迎合分歧分子”的罪名，开除了“监察委员”曹德宣党籍。10月，国民党中央提名张维翰为“监察院副院长”候选人。但仍有CC派的于镇洲跳将出来，公然抗拒党令，出头竞选。10月16日，举行第一轮投票，张维翰以一票之差落选，于镇洲也未得到法定多数的赞成票。蒋介石闻讯大怒，下令原投于镇洲票的党内“监委”必须改选张维翰，否则一律开除出党。10月29日举行第二轮投票，张维翰终于在“党纪”的威吓声中当选。11月17日，国民党中央下令开除于镇洲党籍。次年2月，又开除帮于镇洲竞选的CC派“监委”曹启文党籍。1966年8月，于镇洲等发起大规模“破袭”，20天内，相继弹劾“财政部长”陈庆瑜、“经济部长”李国鼎、台湾银行董事长陈勉修（陈诚弟）和总经理毛松年，造成轰动全岛的巨大影响。但这些“监委”老爷们的手脚也不干净。不久，台湾警方破获一起大量盗窃黄豆案。国民党当局如获至宝，严令追查，又发现在降低黄豆进口税率的问题上，有若干“中央民意代表”曾受不法油商的贿赂而滥用职权，包括“国大代表”周烈，“立法委员”徐君佩、刘景健、姚廷芳，“监察委员”于镇洲、孙玉琳、郝遇林等人。9月底，上述人等均被一索子捆入狱中，次年判刑。此案之后，“监察院”年度纠弹数目直线下跌，所纠弹官员的职级也明显降低，派系之间的纷争也随之淡化。
晚年陈立夫
10月，蒋介石要过八十大寿，派萧铮赴美劝陈立夫回台祝寿。10月26日，陈立夫回到台湾，将其所著《四书道贯》第一册作为献给蒋介石的寿礼。蒋介石读后，召陈立夫长谈多次，并主动为其题写“四书一贯之道”六字，印于首页。此时，蒋经国地位已经巩固，而陈立夫也已经迟暮之年，蒋介石顺水送人情，希望陈留台定居。但由于陈立夫在美国的欠债没有还清，《四书道贯》一书后几部的出版事宜也未办妥，再加上连日应酬演讲，劳累过度患了肝炎，需回美治病，所以祝寿活动结束后又飞回美国。虽然陈立夫来而复去，但他与蒋家的嫌隙已经消失。1967年6月，台湾当局成立了“中华文化复兴运动推行委员会”，蒋介石自兼会长，并提名陈立夫任副会长。当时已任“国防部长”的蒋经国，为表示对“立夫哥哥”的心意，亲自出马为陈宅选址。对此，陈立夫深为感动。1969年4月26日，国民党开完“十大”后，陈立夫举家迁回台湾。陈立夫回台定居，本身已说明CC派作为一个政治派别已不存在，他再也不必为“避嫌”而流浪异乡了。