对于党员重新登记的做法，国民党中央的很多大员都心存疑虑，因为一旦把上百名享有终身制的CC派“中央民意代表”推出党去，对国民党简直是无法弥补的损失。蒋介石也说：“预料这次登记，其不愿意登记，不参加编组的人，当不在少数。”但他仍执意坚持，并以孙中山在《澳洲国民党恳亲大会纪念词》中关于“革命党员贵精不贵多”的话训勉全党。但就在此时，党外的“自由分子”发出“组织反对党”的呼声，并准备吸收国民党内的“自由民主人士”参加。蒋介石不想为渊驱鱼，加上金、马局势再度紧张，只得将“登记”一事搁起，CC派终于逃过一劫。
1958年，陈诚“内阁”提出“电力加价案”，请“立法院”批准将电费加价54%。CC派“立委”认为此项涨价是为筹集电力设备扩充资金，应从其他渠道另辟财源，不能把负担转嫁到平民百姓身上。为此再度在“立法院”内掀起争论，企图阻止“加价案”通过。实际上，电力加价是为了用经济杠杆刺激电业发展，为台湾工业发展打好能源基础，本无可厚非。CC派“立委”之所以出面为难，一则是怕电费加价导致物价全面上涨；二则也是为了报“主流派”强行通过《出版法修正案》的一箭之仇。结果，“行政院”被迫同意把电价上涨幅度从原定的54%降为32%。
1960年，陈诚“内阁”再次提出“电力加价案”，要求将电费再上浮36%，CC派“立委”再次提出反对。对于CC派此次行动，蒋介石决定“杀一儆百”，领头闹事的CC派“立委”齐世英首当其冲。此前，齐世英曾在“立法院”会议上，提出“裁减军队”，“开放言路”，“从速召开反共救国会议”，“至少在台湾、澎湖非临战地区，先解除戒严令”等项要求，并陈述民间说法，称台湾有五害，即党部、特务、司法、税务、警察。国民党中央委员会遂秉承蒋介石的旨意将他开除出党，并严令国民党籍“立委”必须对《加价案》投赞成票。
齐世英被开除党籍后，索性加入了雷震等人的组党活动。齐世英的这些举动，得到一部分CC派成员的暗中同情和支持。当时雷震等人计划由国民党内的开明派，党外知识分子，民、青两党成员和台湾地方势力的代表人物共同组党。新党内定的中央秘书长雷震代表党外知识分子，五名常委中的李万居、高玉树代表台湾地方势力，杨金虎代表民社党，杨统滋代表青年党，而齐世英其实就是国民党内开明派的代表。这当然引起蒋介石的警觉。为此，国民党于1960年9月4日悍然逮捕雷震以后，旋即于9月28日召开八届三中全会，对党内“不良分子”加以整肃。蒋介石在会上作《党的基本工作和发展方向》的长篇报告，讲了六个问题，即我们的信心与警惕、党的新生之启导、党的基本工作、对全会中心议题的指示、对从政党员工作的指示和我们在世界反共战争中的关键地位。他说：“时至今日，本党的现象，可以说是党德败坏，党纪废弛，已到了极点。有的党员有意的毁法乱行，蔑视组织，原因是他们加入本党之始，本来就不是为的要在我们主义之下，共同致力于革命大业，而是为的要寄生在本党以内，亦如总理所讲的‘挂党的招牌，而企图其私人的权利’……惟独在党被敌人打败，或党势衰落的时候，特别是在大敌当前，革命创痛惨烈，正图同仇敌忾，自力更生而不遑发时候……而我们自己的党员，却仍然继续对党、对同志、对政府，攻击侮辱，不遗余力，仿佛党一日不倒，他就一日不快，这些人在精神上，早已脱离了党，背叛了党，但他却还要留在党内，来搅乱革命，破坏主义，这就无异于渗透了我们革命阵营里的敌人，较之公开脱党叛党的，还要来得危险！”他要求全党：“对这些不良分子，能够随时随地作有效的‘共绝共弃’的抨击，而党的中央，更能以‘毒蛇螫腕，壮士断臂’的精神，断然对不法的党员加以纪律制裁。”他还说：“宽容这些败类，即无异于间接的鼓励了违纪毁党。今天要从失败中复兴，从衰颓中重振，从腐朽中新生，乃非自整肃党的纪律入手不可了。”[161]根据蒋介石讲话的精神，会议通过决议，对曾在《自由中国》撰文的CC派“监委”曹德宣，曾在“立法院”内为雷震抱不平的CC派“立委”费希平、胡秋原，以及出任雷震律师，竟敢“同党打官司”的梁肃戎等分别处以党内警告、停止党权三个月、停止党权三年等处分。接着，蒋介石又使用软的一手，对CC派的某些人“示恩”：让老将陆京士出任“中央党部政策委员会副秘书长”，并在“立法院”、“监察院”和“国大”中为CC派留出席位。他还指使会议通过了《促进海内外反共爱国人士团结合作案》，强调“从加强党内的团结来加强海内外反共人士的团结”。