1957年12月10日，“监察院”召开第508次院会，成立“行政院长俞鸿钧违法失职事件处理小组”。蒋介石闻讯，派陈诚说情，无效。他又以国民党中央名义举行两次宴会，希望摆平此事，谁知CC派的强项竟拒绝出席。12月23日，“监察院”正式通过弹劾案。“行政院长”受弹劾，这在国民党历史上是第一次，具有“倒阁”的性质，外电认为“实际上是对国民党的一种反叛”。对此，蒋介石气塞胸膛。1958年1月16日，蒋介石将国民党高层人士招到中山堂训话。他先数落“行政院”对“监察院”逾期答复不当，接着话锋一转，痛骂“监察院”“对于被调查的人，往往视同罪犯，俞院长是国家行政首长，如何可受这样情形的调查”，“现在中外舆论大哗，处理上实系不对”。不料，当即有几名“监察委员”站起来表示反对。
“监察院”风波尚未平息，“立法院”又乱作一团。3月，“行政院”中蒋经国的小兄弟们向“立法院”提交《出版法修正案》，要求以秘密方式完成“立法”手续。《修正案》规定“政府”有权根据出版物内容对其进行警告，三次警告后即须停业整顿，停刊三次后即须注销发行资格。CC派的“立法委员”、“监察委员”和民、青两党的“立委”全面“戒备”。4月22日，CC派“立委”提出取消报纸登记限制和《出版法施行细则》中“违宪”各点。5月1日，CC派“立委”要求对《修正案》进行审议，被追随蒋介石的“主流派”否决。青年党“立委”李公权说“立法院”不应成为猪仔议会，“主流派立委”侯庭督立即表示要“文功武卫”，以拳脚捍卫“立法院”的尊严。
蒋介石召开数次会议，企图说服CC派“立委”让步，但这些“开明分子”就是不给面子。蒋介石黔驴技穷，曾想开除100名CC派“立委”党籍，终还是下不得手去。5月21日，国民党中央常委会作出决议，要求本党的“立法委员”必须对《出版法修正案》投赞成票，并以开除党籍相威胁。重压之下，CC派被迫放弃反对意见。6月20日，《出版法修正案》在“黑天暗地的秘密审议下，由三个委员会以不足五小时的时间完成二读，最后以半小时完成三读，为中华民国的出版自由，敲下了最后的丧钟”。[157]
对于CC派左也捣乱右也捣乱的做法，蒋介石极为愤怒，决定进行整肃。1958年7月，蒋介石在“中央评议委员”会议上讲话，怒斥：“若是每一个党员只知其个人的地位与权利，而不愿尽其党员对党的义务和责任，而其反党的一言一动，不仅无补于反共大业，而且有意无意地将变为‘共匪’的斗争工具。试问最近两三年来，在政治的哪一件摇惑社会的事件，哪一次影响政局的纷争，不是本党党员在议会与舆论上发动起来，推演出来的呢？这样的一个党，根本就够不上是一个普通民主的政党，更说不上是一个革命民主的政党。本党第七次和第八次全国代表大会两度修订‘宪法’，都用明文规定本党为‘革命民主政党’。我常常听到一些同志说：‘革命民主政党这一名称含义不很清楚，不易解释’。党外人士更是不断地批评，甚至猛烈反对攻讦，说在民主宪政时期，本党不应该说革命，又说本党革命就是反民主。因为党外是这样的批评，党内又怀疑革命民主的含义不明，在实际的政治和党务上，就发生一些无谓的纷扰。甚至那些‘民主人士’指责我们的政府‘不民主’，本党的党员也就自认其为不够民主而仍随声附合，加以攻击。他们批评本党‘不自由’，本党的党员也就以反党的言行来表现他自己的独立和自由。”[158]他又说：“我亦知道有些在‘中央’级民意代表同志以为其今日对党已无所望，更无所求，故其再做党员只有负担，并无利益，所以我在今日决不怪大家对党失望或失态，亦不怪大家对主义和领袖失了信心。因此我个人对他们的心境及其蕴藏的隐情，乃是十分谅解的。所以我总是不断为他们研究出路，使他们如何得到一个解脱机会，可使其言论行动能够充分发挥其自由意志，以免其留在党内徒受拘束和牵累。最后研究结果，只有提出这党员重新登记的办法。凡是其有不满反共革命现状，或已失去其对党与领袖信心的，都可在此登记时期，不再登记，就算是脱离本党，还他自由。”[159]为此，国民党中央决定对党员重新进行登记。首先是要制定党的“规约”，凡愿登记者必须宣誓遵守“规约”，尊重组织，服从党魁。登记后，党员重新编组并整顿纪律。蒋介石称登记的目的是：（1）“实践革命民主政党的精神，信守其入党誓约，而不能违反”。（2）“贯彻反共抗俄的国策，拥护反攻复国的措施，而不得破坏”。（3）“执行中央党部的决议，集中全党革命力量，而不再分歧”。（4）“笃信革命的领导中心，泯除个人过去恩怨，而不分派系”。[160]同时，蒋介石劝谕全党：“今日我们在台湾实已到了最后的地步，如果再退一步，只有一齐跳海，同归于尽了……因之，大家必须不分彼此，不计恩怨，只有共同砥砺，相互规勉，开诚布公，相忍为国。至少亦要互助互谅一致御侮，万不可发生摩擦，自相矛盾，反为仇者所快，甚至被其乘虚抵隙，重蹈民元以来，本党革命历次失败的覆辙。”