1952年11月，胡适回到台湾。11月28日，他在《自由中国》成立三周年纪念会上专门就“言论自由”发表讲话：“自由民主的国家，最重要的就是言论自由。我个人的看法，言论自由，只在‘宪法’上有那么一条提到是不够的，言论自由同别的自由一样，还是要靠我们自己去争取的；法律的赋予与‘宪法’的保障是不够的。人人应该把言论自由看作最宝贵的东西，随时随地的努力争取，随时随地的努力维持。”他还说，我们今日抵抗共产党的“极权政治”，实行“民主宪政”而“不能学共产党的方式来反共产党”。胡适说的所谓“学共产党的方式来反共产党”，主要是指台湾当局搞的军队政工和“青年救国团”。认为国民党恢复军队政工、在军中设立党组织，是仿效苏俄，直接违反“宪法”第一百一十八条“全国陆海空军，须超出于个人、地域及党派关系，效忠国家，爱护人民”和第一百三十九条“任何党派和个人不得以武装力量为政事之工具”的规定。其实，这两样都是“太子”的杰作。胡适的讲话，理所当然地引起了蒋经国的愤怒，而这愤怒又理所当然地算到了《自由中国》社长雷震的身上。
雷震对于蒋经国的愤怒不是不知道，只是以为既然能躲过《政府不可诱民入罪》这一劫，以后也总无大碍，于是兴之所至，连连写文章拔老蒋、小蒋的“虎须”。
1953年4月，《自由中国》编辑部出版了由雷震撰写的《监察院之将来》，指责国民党“以党歌为国歌就是一件极不聪明的做法，因为其他党派人士，当然不愿唱‘吾党所宗’一语。这个‘吾党’明明是国民党，偏偏要让他党党人在唱国歌时改换党籍，该是一件多么伤害情感的事情，每逢唱国歌的时候，常见他党人士总是缩在鼻子里哼，有人连嘴唇也不稍动而呆立如木鸡一般”。该文还大骂国民党“对于他人的言论和行动，每每不加详察，妄即戴上一顶强人入罪的帽子，不管是不是合适，不问是不是合理，如‘封建’、‘反动’、‘反革命’、‘土豪劣绅’和‘搞小组织’之类，近来又有一顶最时髦的最新出品，所谓‘第三’、‘第四’或‘第几势力’的帽子，到处乱飞”。该文认为“国民党之一度联俄容共，不论在思想方式上或行动样态上，均感染了‘共型’那一套恶习”，如国民党所使用的政治词汇，很多都同共产党一模一样。结论是：“反共抗俄必须铲除‘共型’的思想毒素。”
1954年12月，《自由中国》又发表了余燕人等所撰《抢救教育危机》一文，目标直指国民党的党化教育和蒋经国的“青年反共救国团”，指出：学生的课业并不繁重，但“三民主义、总理遗教、总裁训辞、青年救国团发下来的必读小册子……”等“政治大课”太繁重。另外，“青年反共救国团”成立以来，举行分队会议、小组讨论、干部会议、爱国课程、练习大合唱、开战斗晚会、劳军、募捐、游行等，种种课外活动有增无减，是耽搁学生时间，浪费学生精力，增加学生负担的一大原因。该文呼吁“教育当局和救国团不可以假教育之名而行党化之实”，并喊出“抢救教育危机”的口号。[133]此文登出后，不仅小蒋愤怒，老蒋更是暴怒，他再次下令开除雷震党籍。负责党务的唐纵惴惴不安地报告：雷震在党“改造”时并未登记，已自动放弃党籍。蒋介石在盛怒之下，不假思索地说：“没有党籍也要开除。”唐纵啼笑皆非，只得不管三七二十一，将雷震重新拖入国民党，又以闪电般的速度将其开除出党，时间是1954年12月28日。这也是世界政党史上的一则黑色幽默，或许只有在蒋介石统治下的台湾才能看得到。
一波未平，一波又起。半年之后，台北发生“孙元锦自杀案”。孙系台湾毛绒厂一业务部经理兼厂的代经理，因不堪忍受“保安司令部”台北经济组组长李基光以“通共”罪长期恐吓敲诈，含恨自杀。事发之后，台湾工商界议论纷纷，各种关于其死因的流言不胫而走，“保安司令部”则千方百计掩盖真相。1955年9月16日，《自由中国》第十卷第六期上，登出孙元锦的遗书影印件，使孙的死因大白于天下。同时，此期《自由中国》还登出了王大钧写的《从孙元锦之死想到的几个问题》和《自由中国》编委会写的社论。这两篇文章向台湾当局要求：（1）对大陆或海外来的资金，只要现在不为“通共者”所有和运用，过去的关系，应一律不予追究；（2）严格限制军法机关职权；（3）取消保安机关和税收机关的奖金制度，以防有关人员利用职权作恶；（4）提高保安机关官员的合理收入，以防其被生活所迫而知法犯法。该刊公开上市仅几个小时，“保安司令部”即派警察通知台北市所有书摊不得售卖。当天，特务们又请出CC派元老，与雷震在“国大”共事多年的洪兰友，来劝雷震撤掉这几篇文章，遭到拒绝。次日，授中将衔的“保安司令部政治部主任”王超凡亲自到《自由中国》编辑部恳求改版，并表示愿支付一切费用。雷震不允。王超凡告以如这几篇文章登出，今后保安机构再没脸工作。雷震还是不允。最后，王超凡在情急之下，竟跪地苦苦哀求。雷震一时被弄得手足无措，被迫同意撤回已发出的本期《自由中国》，待抽掉这几篇文章后，再重新发行。虽然此期《自由中国》上市后又撤回改版，但影响毕竟已经传出，“立法院”、“监察院”均出面过问孙案。蒋介石气急败坏，下手令扣押李基光，以平民愤。为此，“保安司令部”一帮人对雷震和《自由中国》更是恨之入骨。