为了彻底毁灭这一刊物，国民党设下了一个圈套。1958年11月底，《自由中国》接到两篇来稿：《军人也赞成反对党》、《革命军人为何要以狗自居》。作者署名陈怀琪，自称是“陆军工兵基地勤务处制造厂中校行政科长”，曾经在军内三民主义讲习班受训。班上的训导主任给他们讲戴笠的故事，说戴笠很荣幸地以“总裁的狗”自居。现在我们革命军人也要以领袖的狗自居，如果有人攻击我们的领袖，我们就毫不客气地咬他一口。陈称他对这种说法甚为反感，故投书《自由中国》予以揭露、抨击。《自由中国》接到稿后，只顾欣赏该文骂特务骂得痛快这一面，而没有认真调查核实作者的真伪，更忽略了这可能是特务的“欲擒故纵”，于是在1959年1月16日的第二十卷第二期上登出此文。
两星期后，又是一个陈怀琪向《自由中国》投寄一封近万字的长函，声称《革命军人为何要以狗自居》一文是别人盗用他的姓名、军籍、经历与学历，“诬蔑革命军人”，要求全文刊载其否认书。《自由中国》因原函近万字，没有全文发表，只在2月16日出版的第二十卷第四期上登了更正启事。谁料才过两天，国民党的《中央日报》、“台湾省政府”的机关报《新生报》、国民党军报《青年战士报》以及《联合报》等官方或半官方报纸全部出动，以广告方式同时登出陈怀琪的长函与《陈怀琪警告〈自由中国〉杂志启事》。登这批广告需花费数万元新台币，陈怀琪自称是为捍卫名誉“借贷而来”，但明眼人皆知是另有人为他掏腰包。广告之外，台湾官办的广播电台也把陈怀琪的“启事”大播特播，一时间闹得满城风雨。
国民党方面见雷震已经上套，决定收紧绞索。2月23日，“台湾省新闻处”来函通知《自由中国》，应在发行人一栏中填写自然人姓名。3月1日，第二十卷第五期《自由中国》将发行人一栏由“《自由中国》编委”改填为“雷震”。这样，雷震就成了对《自由中国》一切言论负责的法人代表。3月2日，国民党迫不及待地让台湾地方法院向雷震发出传票，称陈怀琪已向法院控诉雷震犯有“伪造文书”、“诽谤名誉”和“替叛徒宣传”三罪，法院已经受理。3日，雷震在夏涛声、《自立报》社长李玉阶、著名诗人周弃子等人陪同下出庭应讯。《自由中国》发表社论，介绍事件始末，指出官方报刊借机围攻的证据“脆弱”，并明确表示：“我们希望这件事不致再被扩大，不致逼我们将一切直接、间接有关文件制版公布才好。”25日，雷震再次出庭应讯。
雷震被控，舆论哗然。国民党内王世杰、胡秋原和党外的成舍我等都认为这场官司没有名堂，尽管雷震可因诉而坐牢，但台湾当局一定名誉扫地。3月12日，胡适写就《容忍与自由》一文，称：（1）“容忍比自由还更重要”，“容忍是一切自由的根本，没有容忍，就没有自由”。（2）“容忍异己是最难得，最不容易养成的雅量”。（3）“一切对异端的迫害，一切对异己的摧残，一切宗教自由的禁止，一切言论自由的被压迫，都由于相信这一点自己不会错的心理”。[136]国民党当局将胡适的“容忍”呼吁，当作是“自由分子”的示弱，愈加无意收兵，大有痛打落水狗之势。胡适无奈，只得请出“行政院副院长”的王云五为雷震说情。不久，胡适又在4月1日出版的第二十卷第七期《自由中国》刊出他的一封信，信中承认《自由中国》编辑部没有调查陈怀琪是真名假名就登出其来信，“这是我们的大错误”，并建议三点：（1）“以后最好不发表不署真姓名的文字”；（2）“以后最好能不用不记名的‘社论’”；（3）以后停止“短评”，坚持“用负责任的态度，说平实的话”的办刊原则。在这种情况下，陈怀琪背后的指使者也恐有曝光的危险，遂暗暗收兵。结果，控告没有撤销，雷震没有再受传讯，法院也没有作出判决，此事竟不了了之。
此次事件后，雷震仍不断出击，很有些蛮干、狠干的劲头。他不仅卷入“修宪”、“立宪”之争，而且着手筹建在政治上与国民党公开对抗的中国民主党。这样做，当然没有好果子吃。
1960年9月4日上午，台湾“警备司令部”突然以“涉嫌叛乱条例第十条规定”逮捕雷震和《自由中国》编辑傅正、《自由中国》职员马子骕，以及原任《自由中国》会计、时任“国史馆”职员的刘子英。当天下午，国民党的宣传大员陶希圣、曹圣芬和司法主管谷凤翔等召集台北各报的社长和总编辑，散发事先印好的《〈自由中国〉半月刊违法言论摘要》的小册子，要求各报于次日摘要发表。这本小册子，对《自由中国》40余篇文章断章取义，罗织了六大罪状：（1）倡导“反攻无望”，影响民心士气；（2）主张美国干涉中国内政；（3）煽动军人情绪，企图颠覆“政府”；（4）为共产党作舆论宣传；（5）挑拨大陆人与台湾人的感情；（6）鼓励人民反抗“政府”流血革命。