《祝寿专号》的出版标志着“自由分子”开始将批判锋芒从特务践踏人权的具体案例和军队政工、“青年反共救国团”、言论自由等具体问题转移到蒋介石的“领袖”地位、国民党政体等更为要害的问题。从1957年8月至1958年2月，《自由中国》又连续发表15篇以《今日的问题》为总标题的社论，广泛议论台湾的政治、经济、军事、司法、教育、言论自由、党禁等问题，实际上是连载了一部要求全面改革的政治宣言书。15篇社论中，后14篇是重申过去的一贯主张。如反对军队政工，反对“青年反共救国团”，要求言论自由，要求司法独立等。但它们第一次以“集束炸弹”的形式发行，显得气势磅礴，颇具“杀伤力”。如1958年1月发表的《青年反共救国团问题》，辛辣地点出“青年反共救国团”“不过是国民党内新兴的所谓某一派，利用国民党的招牌，所公开做的培植私人政治资本的工作而已”，并痛骂该团“盗用若干美丽的名词和动听的口号，欺骗青年，愚弄青年，麻醉青年，进而牺牲青年，使自己的权位，建筑在青年人的鲜血头颅上”。特别是这15篇社论中由殷海光著的首篇《反攻大陆问题》，冲破了一贯的言论禁区，顿时吸引了广泛的关注。《反攻大陆问题》首先申明其大前提是“渴望反攻大陆”，与国民党当局并无歧见。但接下来，该文便指出“人不能总是生活在愿望之中”，而应正视现实，从国际形势和现代战争的必要条件等方面分析“反攻大陆的可能性在相当时期内并不太大”。因此，“政府”应“培养持久的心理基础”和“停止制造精神紧张”，而采取“实事求是持久渐进，实质反共”的基本原则。
此论一出，连胡适都感到莫名的紧张。他说：“我觉得《自由中国》社尽管争取言论自由方面很有成绩，但在技术上还要学习。比如就‘反攻大陆’的问题讲，‘反攻大陆’是个招牌，也是个最重要的希望和象征……我们不可以去碰的。”他又强调说：“凡是有希望象征的招牌，都不应该去碰的。”这实际上是批评雷震、殷海光们在争言论自由方面很不讲策略，容易招来麻烦。
果不其然，国民党方面立即反击。8月7日，《中央日报》发表批判文章，骂《自由中国》散布“反攻无望论”，是要“扯垮中华民国”，替“两个中国”说话。8月16日《中央日报》又发表《要注意一个国际阴谋》的社论，指出《自由中国》散布“反攻无望论”是为彻底解除台湾武装，为国际上某些人搞“两个中国”开路。
雷震本人确实多次公开表明“两个中国”的立场，这是同他一贯亲美的立场相一致的。所以国民党罗列的这几条罪状，并不冤枉。但这次雷震等人发动的舆论攻势，却主要是批判国民党制造“马上就要回大陆”的假象，利用人们“暂时忍受”和“暂时迁就”的心态，实行各种践踏人权自由的措施，结果是“反攻大陆”尚无端倪，而台湾人民已失去了许多民主权利。殷海光论证“反攻无望”，其实是要求台湾当局废除戒严体制，“停止制造精神紧张”，把“非常时期”变为“正常时期”，早日实施“宪政”。而后面的那14篇社论，则更为“清白”，仅仅是具体论述实施“宪政”的各项措施。对于国民党而言，政权体制问题是禁区中的禁区，本不容许他人置喙。但为了扭转人们的注意力，他们紧紧抓住雷震搞“两个中国”的辫子大作文章，而对《今日的问题》所着重论述的戒严体制根本不予理会。
“金马危机”结束后，蒋介石认为，既然共产党已经放松了军事压力，美国又已半正式地承诺了协防金马，再无必要保留像《自由中国》之类的“民主橱窗”，应全力扑灭岛内反对派，清除内部威胁。
于是，国民党当局指使特务对《自由中国》竭尽捣乱之能事。该刊的稿子一送到印刷厂，“警备总部”、“宪兵司令部”、“台北警察局”等各方面的人员就川流不息地跑来索稿，横挑鼻子竖挑眼地找麻烦。有时一拨刚走，另一拨又来，印刷厂不胜其扰，只得拒绝接受《自由中国》的续印合同。该刊创办十年，竟被迫换了七个印刷厂。该刊的编委们，也在特务们的威胁恐吓下发生动摇，如曾一度担任过《自由中国》主编的毛子水，就因恐惧国民党的高压而辞去了在《自由中国》的一切职务。但是，《自由中国》在雷震的主持下逆流而上，言论越来越尖锐，影响也越来越大。