4月至5月，双方争斗趋于白热化。“修宪派”组成“国民大会代表联谊会”，把要求“修宪”或修改《临时条款》以使蒋介石连任的主张印成传单，满街乱撒。“护宪派”则在暗中散发几种政治小册子，其中一本名为《‘反共’必须‘护宪’》开篇第一章的题目就是“拥护蒋‘总统’反对修改‘宪法’词言”；一本名为《自由中国需要一个华盛顿》，劝蒋介石学习华盛顿两任让贤的事迹；还有一本是把“自由分子”赞美胡适的多篇文章辑录成册，并附加一份读者来信，说蒋介石曾于1947年推荐胡适竞选第一任总统，现在不妨再推荐一次。
眼见得实在不成样子了，蒋介石终于出面来发表讲话。1959年5月18日，蒋介石在国民党八届二中全会的总理纪念周上讲话：“我一向不为自己的出处考虑，但目前应顾虑的有三点，即（1）不要使敌人感到称心；（2）不要使大陆亿万同胞感到失望；（3）不要使海内外军民感到惶恐。”此论一出，明眼人立即看出蒋介石又要出演“俯顺舆情，勉担大任”的老戏路了。香港的《天文台》、《工商日报》，台湾的《中央日报》立即提高了修改《临时条款》使蒋介石不“修宪”而连任的调门。7月4日，国民党《中央日报》在头版表示，“修改《临时条款》并不是修改‘宪法’本身，明年的国民大会第三次大会有权这样做”。这实际上是代蒋介石表明了将通过修改《临时条款》谋求连任的态度。
至此，“自由分子”知道蒋介石必定连选连任，但他们依然心有不甘，一定要给蒋介石气呕。于是，论争的焦点便从“是否连任”转向“修改《临时条款》是不是修改‘宪法’”。青年党的左舜生、李磺、夏涛声、朱文伯，民社党的张君劢、杨金虎，《自由中国》的雷震、傅正，以及张发奎等人，都纷纷披挂上阵。但文人造事，照例翻不起什么风浪，蒋介石连管都懒得管。
1960年2月17日，国民党中央常务委员会通过《修正动员戡乱时期临时条款以巩固国家领导中心案》。2月20日，台湾当局召开的一届三次“国大”如期开幕，莫德惠任主席。他在大会致辞中称：“中华民国国民大会，受全体国民之付托，依据孙中山先生创立中华民国之遗教，为巩固国权，保障民权，奠定社会安宁，增进人民福利而努力。”他强调代表们必须团结一切力量，集中一切力量，“向三民主义救中国之目标，永往迈进，才能达到共赴国难之初衷，也才不辜负全体国民的付托”。[127]
接着，会议转入各项议程。最主要的是修订《动员戡乱时期临时条款》。3月11日，“国民大会”通过了由莫德惠等966名“国代”所提出的“修宪”提案，决定在《临时条款》中增多一条“动员戡乱时期，‘总统’、‘副总统’得连选连任，不受‘宪法’第四十七条连任一次之限制”。这表明，蒋介石已像“洪宪”复辟前的袁世凯，从宪政“总统”过渡到了“终身总统”。在表决此案时，胡适、雷震退席抗议，王世杰投了反对票。
次日，国民党八届中央委员会召集临时全会，推荐蒋介石、陈诚为“总统”、“副总统”候选人。民、青两党不愿再干“陪选”的苦差事儿，拒绝推出候选人。从此台湾的“总统”选举完全由国民党包揽。
3月21日，“国大”举行第一次选举大会。雷震拒不出席以表抗议。胡适出席而未投蒋介石的票，以致被雷震讥为“有点投机取巧”。[128]这一天，出席大会的代表1509人，选举结果蒋介石以1481票的高票“当选”为第三届“总统”，从此连选连任，一直至死，使“总统”成为事实上的“皇帝”。3月22日，“国大”举行第二次选举大会，出席代表1505人，投票选举结果，陈诚得1381票，“当选”为“副总统”。
3月25日，会议闭幕。蒋介石致闭幕词，称此次会议取得了三项胜利：其一，都能“遵循民主规范”；其二，都是“根据法理来进行”；其三，是“代表诸君皆能竭忠尽智”。[129]
《自由中国》事件和雷震入狱
1960年9月4日，蒋介石第三次重登大宝尚不满四个月，就下令严厉镇压“自由分子”。首当其冲的就是号称自由主义中坚的雷震以及他主持的《自由中国》杂志。雷震的入狱并不仅仅是因为在“修宪”、“护宪”之争中忤逆了蒋介石。要说明他们之间的恩怨，还得从20世纪40年代末50年代初开始。