蒋介石致辞后，大会进入各项议程。首先，大会迎合蒋介石的意思，罢免李宗仁，以报当年被逼下野的“一箭之仇”。接着，大会对《动员戡乱时期临时条款》的存废进行辩论。《临时条款》第四条规定：“总统”必须在1950年12月25日前召集“国大”临时会议，决定是否延长或废止条例的效力。然而，蒋介石并未如期召开会议，许多“国代”担心长此以往，条例会为蒋介石独裁打开方便之门。大会执行主席王云五见会场上一片喧哗，争执不下，遂宣称对此案处理不外“废止”、“修改加强”、“延长”三种办法。但是这三种办法都无法实现，因为按规定，须经三分之二的“国代”同意，才能对此进行变更。于是，全场在短暂的沉寂后，又骂声连天，“放屁”、“好得很”等词不绝于耳。无党派人士莫德惠见这样不是办法，于是率87人提出动议：《临时条款》在未经正式废止前“继续有效”。总算把这个麻烦的“瓢”硬是摁了下去，至于什么时候又会浮将起来，就管不了那么多了。
最后，大会开始正、副“总统”选举。蒋介石为了表示西式的民主，令国社党也提出候选人。3月17日，“国民大会”公布了本届“总统”候选人名单：蒋介石、莫德惠（无党派）、徐傅霖（国社党员，前“司法部长”）。两天后公布了“副总统”候选人名单：陈诚、王云五、石志泉（国社党，前“司法院长”）。时隔不久，王云五和莫德惠识趣地宣布弃选。
3月17日，“国大”选举投票。蒋介石得1387票，徐傅霖得172票，都未过半数。22日，进行第二轮投票，蒋介石总算以1507票当选“总统”。
5月20日，蒋介石、陈诚宣誓就职正、副“总统”职。蒋介石在誓词中称：“中正本于毕生革命的志节，把个人的生命和自由，早已献给于国家，今后更当根据宪法所给予我是职责，来勉任吊民伐罪、救国复国的公仆，竭其忠贞，前驱效命！”陈诚在誓词中称：“余谨以至诚，向全国人民宣誓。余必遵守‘宪法’，效忠国家，如违誓言，愿受国家严厉之制裁。”[121]同日，蒋介石发表《宣誓就第二任总统致辞》：“中正今日宣誓就职，谨当恪守‘遵守宪法，尽忠职守，增进人民福利，保卫国家，无负国民付托’的誓词，举凡人民的疾苦，自当不断咨访；各方善意的批评，自当竭诚接纳；任使或有失宜，措施如有失当，自必立即省察，彻底检讨，积极改正。”[122]
至此，蒋介石如愿以偿地连任了“中华民国总统”。但这次选举，只解决了“国大”代表的资格及人数问题，对于《中华民国宪法》第四十七条“总统任期六年，连选得连任一次”的规定却没有作任何“预防”。蒋介石的做法颇有点像外科医生对病入膏肓者动手术，不敢一刀将妨碍独裁的“病灶”彻底切除，而是看看大致过得去，就把肚子缝了起来，拖到什么时候就是什么时候。但如果有“病灶”存在，就必定有发作的一天。稍微对国民党政体有些了解的人都能准确预测到1960年的3月，“痼疾”必将复发。到时，蒋介石又将全副披挂，对“宪政”破膛开刀。
事实上自1958年冬始，蒋介石的御用法学家就开始对《中华民国宪法》第47条这个“恶疾”进行“会诊”，决定“修宪”，以确保蒋介石能再次当选为第三任总统。蒋介石的反对者们看到：如果蒋介石遵照“宪法”规定到任下台，则按照国民党内的排名，第三届“总统”候选人非陈诚莫属。出于“两害相权取其轻”的考虑，他们宁肯在蒋、陈二人之间选择陈诚，并寄希望于推出胡适竞选第三任“总统”，因此坚决反对修改“宪法”。
1958年11月29日，香港《自然日报》发表文章，吹捧胡适“虽然不是个军事专家，但他最近在台发表的一连串演说中，对军事、政治、外交以及国际形势，有很精警的发挥。这点，正是证明这位‘今之圣人’，不但是个名学者，还是个在政治上为一般人的导师”。文章还呼吁：“我们一直等待到了今天，才出现了一个白了头的老书生胡适博士……胡适博士之‘出山’以‘甘地’与基督精神来拯救中国青年的伤惶与无知，这事无论在胡适本人与国家任何方面，都应该表示赞成与欢呼的。”[123]