9月20日，党中央在哈达铺召开了全军团以上干部会议。毛泽东在会上的报告中提出：红军“要到陕北去，那里有刘志丹的红军”。
据杨成武在《长征记》中回忆，毛泽东还风趣地说：
感谢国民党的报纸，为我们提供了陕北红军的比较详细的消息，那里不但有刘志丹的红军，还有徐海东的红军，还有根据地。
既有红军，并且还是两支红军，又有根据地，这对于苦苦寻找落脚点的党中央来说，真是天大的喜讯。会后，立即组建了由毛泽东任政委、彭德怀任司令员的中国工农红军陕甘支队，向陕北挺进。9月27日，陕甘支队到达甘肃省通渭县榜罗镇；10月19日，胜利到达陕北吴起镇（今吴起县城）。10月21日，中央红军在吴起镇以西一举将尾随而来的马鸿逵部及国民党军一个骑兵团全歼，并乘胜将后续的三个团击溃，痛快淋漓地割掉了“尾巴”，胜利完成了党中央和中央红军的长征。
在“切尾巴”战斗的前一天，10月20日，毛泽东和党中央其他领导同志就在吴起镇先后听取了当地游击队负责人张明科和红二十六军骑兵团政委龚逢春的汇报，了解到了西北苏区错误“肃反”的严重形势，并立即派白区工作部部长贾拓夫以及中央组织部部长李维汉等人携带电台，作为先遣队去寻找陕北红军和刘志丹。
与贾拓夫同行的李维汉回忆说：
我们在甘泉下寺湾遇到了郭洪涛，得知陕北苏区正在对红二十六军和原陕甘边党组织进行“肃反”，刘志丹等主要领导干部已被拘捕。在吴起镇时，曾有同志向党中央反映陕北“肃反”和刘志丹被捕的事，现在得到了证实。我们当即电告党中央毛泽东等同志。
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错误严重，形势危急，不容迟疑。接贾拓夫和李维汉电报后，毛泽东立即下令：
“刀下留人，停止捕人”，“所逮捕的干部交给中央处理”。(7)
然后，派中央红军保卫局局长王首道携带电台，代表党中央前往瓦窑堡，接管“左”倾分子控制的西北保卫局，防止事态恶化。
党中央和毛泽东对于西北错误“肃反”问题的处理是及时、果断的，也是慎重、严肃的。11月2日，毛泽东来到下寺湾，3日，在下寺湾召开了中共中央政治局常委会议。会议听取了中共陕甘晋省委副书记郭洪涛、西北军委主席聂洪钧关于西北苏区、西北红军、“肃反”及劳山、榆林桥战役情况的汇报。会议决定成立以董必武为主任，李维汉、张云逸、王首道、郭洪涛为委员的党务委员会，审查西北错误“肃反”事件。
同日，党中央又召开政治局会议，决定建立西北革命军事委员会，主席毛泽东，副主席周恩来、彭德怀，成员有王稼祥、林彪、程子华、徐海东、聂洪钧、郭洪涛等；成立中共西北中央局，书记张闻天；成立中华苏维埃共和国临时中央政府西北办事处，主席秦邦宪。会议还决定中央领导人分两部分行动，毛泽东、周恩来和彭德怀率红一方面军南下同红十五军团会合，迎战第三次“围剿”苏区的敌人；张闻天等率领中央机关北上瓦窑堡。
党中央对西北根据地的领导机构组建后，11月5日，中共中央又召开常委会议，决定撤销中共陕甘晋省委，建立陕甘、陕北两个省委和关中、神府、三边三个特区。中共陕甘省委书记朱理治、副书记李富春，省苏维埃政府主席王生玉，机关驻地下寺湾；中共陕北省委书记郭洪涛，省苏维埃政府主席马明方，机关驻地瓦窑堡；中共关中特委书记贾拓夫，苏维埃政府主席秦善秀；中共神府特委书记杨和亭，苏维埃政府主席乔钟灵；中共三边特委书记谢维俊（后因谢维俊被叛匪杀害，特委未建立）。两个省委和三个特区统归中共西北中央局和西北办事处领导。
11月7日，张闻天率领中共中央机关到达瓦窑堡，受到了当地机关干部、部队和群众的热烈欢迎。下午，中央党务委员会即下令释放了刘志丹、高岗、习仲勋等因西北错误“肃反”而被关押的100多人。
11月18日，毛泽东同周恩来、彭德怀致电张闻天、秦邦宪，请他们详细考察陕北苏区“肃反”中的问题，指出：
错捕有一批人，定系事实。
按照党中央和毛泽东的指示，中央党务委员会进行了认真的调查研究。11月底，中央组织部召开平反大会，公布了《西北中央局审查肃反工作的决定》。王首道在会上代表党务委员会宣布了刘志丹、高岗等受冤屈的同志是无罪的。