在政治上，他重视东盟国家的合作与团结。认为若不能团结合作，东盟各国就会分别被瓦解，一旦发生革命和纷争，稳定局面就会被破坏，发展和繁荣将化为乌有。他还指出：“东盟之所以成立是由于共产主义的威胁，而东盟的团结也正是由于1978年12月越南入侵柬埔寨所促成。”因此他担心一旦柬埔寨问题解决后，“东盟可能会失去在过去对共同敌人和共产党扩张主义时所建立起来的团结与合作精神”。他主张“在20世纪结束之前，东盟团结合作的重点应集中在通过加强发展国家的贸易关系与增加投资来改善人民生活水平”，“当前的任务就是各成员国都要在经济上取得进展，这就意味着东盟有必要同美国、欧洲经济共同体和日本等工业强国进行对话，加强谈判，抵制贸易保护主义，反对倾销指控和取消关税普遍优惠制度等”。
对于1971年11月东盟外交部长会议通过的《东南亚中立宣言》中阐述了关于和平、自由和中立区的构想，李光耀表示支持，但是他认为“东盟所表明的和平区必须受到中国、苏联和美国的承认和保障，而这三个强国中没有一个作出保证”，那是70年代初的事。当时柬埔寨问题尚未解决，要实现这个构想更不可能。对前几年印尼和马来西亚提出的建立东南亚无核区的建议，他表示不能赞同，他认为把东南亚划为无核区，若去除了美国在这一地区的影响力，大量囤积核武器的苏联便有机可乘，东南亚地区的安全会令人担忧。他也不赞成东盟无选择地扩大其组织，更不同意吸收印支三国。他认为“东盟未来的前途光明与否，并不取决于越来越多的国家加入这个组织，而是取决于本身集中资源发展经济和工业的发展”。他主张“东盟在吸收新成员时应选择那些至少有潜能促使现有成员国经济迅速发展的国家”，他认为“缅甸与东盟国家差异小，加入东盟有利无弊，缅甸制度很容易与东盟的制度共容，因为它实行的是社会主义而不是共产主义”。
总之，李光耀认为“东盟在过去二十年内所取得的成就虽然没有惊人的突破，但通过不断协商，各成员国之间对所有重大问题都达成一致意见，做出正确决定”，他希望新一代领袖必须“懂得珍惜和维护相互信任、亲善友好的关系”。至于今后二十年东盟能否保持现在这种状况，他认为“决定的因素是：1．下一代领袖的气质。2．目前的领袖是否能够成功地建立起为人民带来稳定、经济发展和成长的价值观、习惯和合作态度”。
柬埔寨问题一直是东盟最关心的问题，也是李光耀一直关注的问题。在70年代，美国军事力量从印支地区撤出时，他就主张东盟国家应当同越南、柬埔寨、老挝三国在“富有建设性和富有成果的基础上”建立双边关系，并保证决不干预它们的内政。1978年11月越南和苏联签订《苏越友好合作条约》，12月越南侵入柬埔寨，翌年1月占领了柬埔寨首都金边，扶植了伪政权，对此李光耀迅速作出反应，表示新加坡反对越南的侵略行为和他扶植的傀儡政权，并指出如果让越南的侵略行径继续得逞，势必给太平洋地区和整个东盟带来危险。同时他率先联络其他四个成员国，共商对策，主张东盟国家团结一致，乃至结成军事同盟，以防止越南南侵。他支持联合国通过的有关政治解决柬埔寨问题的决议，支持成立以西哈努克为首的由西哈努克、宋双和红色高棉三方组成的民主柬埔寨联合政府及解决柬埔寨问题的八点和平建议。积极争取保留民主柬埔寨联合政府在联合国及其他国际组织中的席位。
近年来随着国际形势的缓和，李光耀认为“通过谈判解决越南侵略柬埔寨问题的可能性增大了”。理由是“苏联和越南都对有关情况作出新的估计，它们都把振兴经济作为自己当务之急”。他指出：“越南侵略柬埔寨是严重的错误。”“越南想把柬埔寨和老挝据为已有的企图，导致国内经济停滞不前，它得不到西方的投资，与西方的贸易微不足道；在柬埔寨的游击战中泥足深陷，加之与比它大许多倍的邻国发生冲突，使它大伤元气。”“越南不离开柬埔寨就不能使其经济走上正轨，它既摆脱不了目前孤立的境地，也无法缓和它在柬埔寨和中越边境所受的压力。”因此他再三强调：“在联合国参与下解决柬埔寨问题是个最好办法。”并同意西哈努克提出的必须由国际和平监督部队监督越南撤军的主张，对越南反对这个主张表示遗憾。他支持1989年8月召开的有关解决柬埔寨问题的巴黎会议，指出该会议应该有两个目标：1．确保柬埔寨政府及选举机构不被某一派所垄断。2．在联合国监督下成立一支强大的国际维和部队确保柬埔寨各派系不会发生内战。同年10月他在英联邦国家首脑会议上表示他坚持柬埔寨问题解决方案中应该包括红色高棉，如果不包括红色高棉，流血事件将继续发生。他还指出：“柬埔寨问题可能有两种结果，要么越南人胜利，要么越南在政治上和经济上进一步孤立，为了打破目前的僵局，东盟仍应致力于四方解决方案。”他批评美国“重蹈十四年前的覆辙（指1975年让越南乘解放南方之机，侵占了柬埔寨的威岛和不断侵犯柬边境），再次进行错误的舆论导向，反对红色高棉在过渡政府中占有一席之地而陷入越南的圈套”。他主张：“红色高棉在任何政治解决方案中都必须占有一席之位，让它有机会参加选举。”他认为：“越南在战场上打了十一年都未能消灭红色高棉，对红色高棉的最佳方案是将它引入自由公正的选举程序。”他认为在金边政权控制下，不可能举行公正的选举，只有在联合国的监督下进行选举才会是公正的。1989年6月26日当越南宣布越军已全部撤出柬埔寨后，他立即指出这是无效的。