印尼外交部研究及发展署署长哈欣·惹拉曾在一篇文章中说过，“苏哈托总统和李光耀总理之间能建立起融洽的关系和充分的相互谅解是基于两国拥有大体上相同的非共思想体系和民主政治制度，以及两国的多元文化和社会背景。”“两国对于东南亚地区的潜在危险和中国在本地区所扮演的角色取得共识，所以在政治方面两国有较密切的合作。印尼对于新加坡在印尼与中国关系解冻前不与中国建交的决定感到欣慰。”哈欣的这一评介说明李苏二人在政治观点，思想意识方面是一致的。当然关于东南亚的潜在危险问题，李光耀和苏哈托的看法不尽相同，后者认为中国是东南亚的潜在危险，而前者认为至少是在相当一段时间内中国不会成为东南亚的潜在危险。有人认为李光耀与苏哈托都是务实的政治家，且主张以务实的方法解决问题，因此会谈总是在融洽的气氛中进行。即使有意见分歧，也能通过坦诚的交谈取得谅解和信任。例如关于新加坡建议美国使用新加坡的军事设施问题，印尼与新加坡经过两次会谈，误解消除了，印尼不再对此提出异议。
第二次世界大战后，美国在东南亚地区拥有两个军事基地：一个在印支半岛；另一个在菲律宾。美国侵略越南战争失败后，撤出在泰国的军事人员和设施。维持大国均势，确保东南亚地区的安全和稳定，这是李光耀的一贯看法。因此他不希望美国撤走在泰国的军事力量，更担心美国失去在菲律宾苏比克湾的海军基地和克拉克的空军基地。在菲律宾前总统马科斯执政期间，李光耀不止一次劝说他不要收回美国的军事基地，理由是一旦美军撤走，苏联等大国势力将会进入，大国均势就要被打破，东南亚地区的安全就没有保证。1983年8月菲律宾反对党领袖阿基诺在马尼拉机场遭暗杀后，李光耀非常关注菲局势的发展。1986年2月当菲局势发生急剧变化时，他写了一封私函给当时任菲国防部长的胡安·恩里来，赞扬他在协助科拉松·阿基诺成为菲律宾总统过程中表现出的爱国主义精神和勇气，表示对菲局势的这一转变感到宽慰。同年7月他为了解菲新政府的政策动向及它如何解决旧政府遗留下的问题而访问了菲律宾。在菲总统科拉松为他举行的国宴上，他赞扬科拉松的毅力和大无畏精神使自己的国家免受暴力革命的浩劫。希望科拉松能妙手回春，使菲律宾恢复健康，重新担负起加强本区域经济发展的角色，再次积极参与东南亚国家联盟事务。同时还劝说菲政府保留美国在菲的军事基地，借以增加东盟国家的安全感。在与副总统劳雷尔的会谈中，他中肯地提出：“保持政治稳定是菲律宾引进国外投资的一个重要前提条件。”在会见菲宗教领袖海梅·辛大主教时，谈到菲旧政权的欺诈及今后的清廉等问题。他还与四位菲工商界领袖（菲蚬壳公司总裁布纳温达拉、马卡迪商业俱乐部总裁罗美济、阿耶拉企业公司主席海梅·阿耶拉及菲研究与通讯中心高级副总裁维勒加）会面，向他们了解菲工商界对经济的展望。当他结束访问离开马尼拉时对记者表示，他了解了菲政府的目标和解决困难的办法，认为菲现政权是得到人民拥护的。他的这次访问，不仅代表新加坡政府也代表东盟伙伴国对科拉松政府表示支持。因为他是东盟成员国首脑中第一个访问菲新政府的。是年9月科拉松总统进行了执政后的第一次出国访问，首站到了新加坡，两位领导人进行了深入交谈，使他进一步了解了菲律宾的国情。他认为科拉松是一位政治上有勇气，为官清廉的领导人，但却面临着巨大的经济困难，应该及时给予帮助。1987年7月当美国提出一项多边缓菲计划时，他积极响应，并要求美国在科拉松执政期间尽快实施，主张除美国外，日本、西欧及东盟国家都应参与这一计划，帮助菲尽快恢复经济。如错过时机，菲可能重返马科斯时代，这对菲律宾、对东盟都非常不利。他还表示，新加坡可以从航空、交通运输等方面向菲提供专家和技术援助。1989年7月当在东京举行的多国援菲计划会议达成给予菲律宾35亿美元援助协议后，李光耀表示欣慰，同时也提出希望菲律宾政府善于利用这笔巨额援助，减少繁文缛节，简化行政程序，及早使用，让人民受惠；这样菲经济可望取得稳健的复苏。他从保持大国在亚洲太平洋地区均势这一战略考虑出发，提出新加坡愿让美军使用新加坡军事设施来促进美、菲达成协议，使美军可以延长使用其在菲律宾的海空军基地。