1970年9月在出席卢萨卡举行的不结盟国家首脑会议时，李光耀初次与苏哈托会晤，两人谈得很投机，颇有情投意合之感。苏哈托邀请李光耀访问印尼，李欣然同意。1972年年底，新加坡同意划定新加坡海峡的领海界限对当时印尼发生的“米粮危机”表示同情；认真解决新加坡对印尼贸易统计数字问题。与此同时，印尼在东南亚国家联盟中对促进区域合作采取了睦邻政策，纠正了对新加坡的偏见（认为新加坡是中国扩展的一部分，或者说是“第三个中国”；新加坡是印尼人走私的天堂等），两国关系发生了重大的变化。
1973年8月，李光耀以独立的新加坡总理身份对印尼进行国事访问。李认为此行乃是两国关系的重要转折点。翌年9月苏哈托总统回访新加坡，此后两人几乎每年或隔年都要互访一次。正如李光耀自己所说，他和苏哈托“是知己朋友，感情深笃，关系密切”。双方很多会谈是在无第三者在场，两人四目的情况下进行的，因为李光耀能讲流利的印尼语。从这一年开始，新、印尼双方各界人士也有了更多的接触和互访的机会，以往的芥蒂逐步消除，更多的印尼人士承认新加坡是东南亚地区的一个部分，与新加坡保持良好关系可以给印尼带来益处。
经济关系是新加坡与印尼双边关系的一个重要组成部分。除传统的转口和双边贸易外，1969年新加坡通过减免税措施，奖励新加坡企业前往印尼和马来西亚投资。1975年新加坡在印尼投资的企业投资额达1.39亿美元，占外国投资的第六位，为亚洲的第三位。随着新加坡“第二次工业革命”计划的实施，技术密集型企业逐渐取代劳动密集型企业，对外投资更多。1980年7月李光耀亲自访问印尼，与苏哈托商讨合作开发印尼的巴坦岛的有关事宜，该岛原是个无人居住的小岛，位于新加坡的外侧，印尼本来打算在该岛兴建以重化学工业为主的企业，经双方商讨，苏哈托放弃该项计划，改为由新加坡协助建立以外销加工业为主的工业基地，这就为印尼创造了劳动就业机会，也为新加坡在国内失去竞争力的劳动密集型企业找到投资场所。这一互惠互利的经济合作，进一步加强了两国关系。1982年9月，李光耀再次访问印尼，听取苏哈托关于印尼政府计划把巴坦岛建成一个重要工业中心的打算。在1980年至1986年的七年中，新加坡在印尼的总额投资已达2.448亿美元。随着两国经济、贸易的密切合作，1986年新加坡国防部第二部长李显龙与印尼武装部队司令贝尼·穆达尼举行了双边会谈，达成联合进行军队训练的协议。1989年两国签署了《陆军谅解备忘录》，以便作为将来举行联合军事演习和训练的依据。
李光耀与苏哈托是东盟国家中执政时间最长、交往最多的国家领导人。他们通过对国际形势、区域形势以及两国在政治、经济、文化等领域的合作广泛深入地交换意见，相互探讨，彼此有了深入的了解。近年来李光耀不止一次地赞扬苏哈托对印尼经济建设和促进东盟合作所作的贡献。如1986年和1987年，他在澳大利亚全国记者俱乐部集会和东南亚国家联盟首脑会议开幕式上的讲话中，曾提到“没有什么比印尼苏哈托总统的品格和观点对本区域的发展能起更深远的影响。如果苏哈托没有接替苏加诺，那么印尼过去二十年的经济发展和社会进步就不会取得今天的成就”；“他在促进东盟合作方面表现的低调和有远见的领袖风格，使东盟各国领袖能够在共同的论坛上探讨共同的问题，同时他也树立了确保东盟合作的良好榜样，让印尼和其他东盟国家的年轻领袖学习”。“如果在90年代有一个像苏哈托总统这样的品格，能把全部心血贡献给国家和社会发展的继承人，那么东盟在2000年后的进步就会获得保证”。1989年8月李光耀在新加坡国庆群众大会的演说中再次提到：“苏哈托总统是促成整个东南亚地区稳定与发展的最重要因素。他制定基本政策，他的政策强调经济发展，并促进合作关系，使东盟能继续存在。这为本区域带来信心，并增强区域以外的投资者与政府对本区域的信心。”他还指出苏哈托花了很多时间，投入很大精力，把一切政策制度化，其中包括建国五项原则、全国议会制和武装部队的制度，这些制度建立在基本的精神和价值体系上，以确保继任的领袖继续执行现行政策。这些制度化工作若在他退任前顺利完成的话，则东盟国家会继续繁荣下去。”这就是李光耀对苏哈托的评价，也表达了他对苏哈托的崇敬心情，并希望两国新一代领导人也能像老一代那样友好相处。