这或许是戴高乐在这场战争中遇到的最严重的一次内部危机。米瑟利耶毕竟是总司令，而且公开违抗命令。3月10日，戴高乐想在威斯敏斯特大厦对“自由法国”海军军官讲话，米瑟利耶拒绝让他单独这样做，坚持讲话时自己也要在场，戴高乐给他放20天假让其离开，米瑟利耶拒不离开。戴高乐想方设法才争过来3名高级军官，其余都忠实于米瑟利耶。3月11日，他请求英国政府秘密逮捕米瑟利耶，没有得到答复。
抑郁的情绪又一次笼罩在将军心头。像在米尔斯克比尔和达喀尔事件后一样，他又想放弃自己的事业了。他离开伦敦，呆在家里，在郁闷中静观事件的进展。他甚至交给他最忠实的同事勒内·普莱文·安德烈·迪耶特尔姆和弗朗索瓦·库莱一份秘密政治遗嘱。上面写道：“倘若我必须放弃我从事的工作，那么一定要让法国人民知道其中的原因。”接着讲到英国对米瑟利耶危机的干涉。他最后写道：“法国已经理解了我为她做的每件事的路线和方法。如果我不干了，那是因为我对她的责任使我不能继续干下去，她也会理解的。她会选择其相应的道路。我虽然不在了，但法国将永远长存。”
米瑟利耶的过激行为砸了自己的脚。3月19日，他号召“自由法国”海军罢工。英国害怕了。他们认为这是煽动兵变。海军部匆忙采取行动断绝与兵变者的关系。3月23日，戴高乐获悉英国政府不再坚持让米瑟利耶保留其“自由法国”总司令的职位。米瑟利耶的最后一次，也是决定性的危机过去了。戴高乐胜利了。米瑟利耶停止了与“自由法国”的一切合作，实际上，他站到了戴高乐的对立面。
这次危机够玄了。现在戴高乐再次回来，可以把注意力转向其他方面了。在他认为情况不妙，英国人正发起一场运动赶他下台时，戴高乐写下了他的政治遗嘱，其中强调了“法国”的作用。既然他已经回到卡尔顿花园，危机也已经成为过去，到了考虑在真正的法国（而不是他想像中的法国）发生的事情的时候了。
实际上，戴高乐对1942年在真正的法国发生的事知之甚少，就如同1940年他对真正的英国和后来对真正的美国不甚了解一样。他所受到的教育中也没有讲到当代法国的问题。戴高乐从小到大都生活在一个城市，那就是巴黎。除了童年时在多尔多涅度过假，除了军事行动和住院之外，他也从未涉足过巴黎以南的辽阔的法国。
难怪1942年3月当“法国抵抗组织”的领导人之一克里斯蒂昂·皮诺来到伦敦，在卡尔顿花园访问戴高乐时，戴高乐让他坐下：“给我讲讲法国吧。”听完法国抵抗运动的汇报，戴高乐只是批评盟国对法国的不公平，支援太少。其它他什么也没有和皮诺谈，因为他不了解法国国内的状况。对他来说，斗争发生在帝国。不过他开始学习了。
起初，法国非占领区的生活还可以。贝当仍受欢迎，人们认为他没有“允许”德国人占领整个法国，经济状况也不错。当然也有希望抵抗的人，他们找到了自己并无恶意的表达方式。他们往往以原始的复印形式出版时事通讯、组织小规模游行。这些活动不费力，也没有什么危险。
这一地区的组织逐渐携手联合。到1941年末，已有三个主要组织，各有成员2万到4万人，此外还有一些小组织。最大的一个组织是“战斗”，主要由左翼天主教徒组成，受亨利·弗勒奈（被称为“沙尔韦”）、皮埃尔—亨利·泰特让（即著名的“特里斯坦”）和知治·比多领导的委员会领导。另一个左翼组织叫“解放”，由维格利的埃马纽埃尔·达斯捷领导，他的目的是鼓动无产阶级起来造反，他也是第一个组织纯游击队武装的人。第三个组织是“法国射手和法国游击队员”，由来自巴黎的反教权主义的激进分子，如巴耶、法尔热和历史学家马克·布洛克等领导。这些组织集中南部抵抗运动的中心里昂，各组织之间互相保持联系。
在北部被占领区，从事抵抗活动要冒生命的危险。在那里，抵抗不仅是激发法国同胞的问题，而且是性命攸关的问题，甚至是先折磨后死去的问题。首先，抵抗意味着使占领者生活得不舒服：在地铁里给他们指错方向，汽车司机不在他们想下车的地方停车，商店里故意卖给他们劣质产品。这些做法造成的损失不大，也不很严重，但那里的人们还没有被发动起来，还缺少干大事的气概。