慢慢地，一些小的抵抗组织建立起来了。为了使一名成员被捕时不致株连到许多人，抵抗组织不得不建成小规模的。在盖世太保的严刑拷打下有些人很难坚贞不屈。德国人实行了一套残酷而有效的警察制度，所以被捕的事常常发生。例如，有一个叫“国家公安委员会”的组织，成立于1940年12月，1941年2月被德国人发现，有7名成员被处死。重新组建后两个月又被侦破，又有两名成员蒙难。11月再组织起来，又有6人被枪决，6人被残酷地绞死，其余的人被送到德国。
1941年底，苏联加入了对德战争，法国国内的局势发生了变化，英法两个情报部门不得不做出调整。分散的反抗者组织的抵抗运动逐渐地结成统一战线。共产党作为最团结一致的战斗组织现在可以正式组织起来反对德国人了。他们多年来以推翻资本主义为目的发展起来的地下体系现在把矛头对准了第三帝国。
共产党成立了“民族阵线”，要把一切可以团结的力量团结起来。“民族阵线”的领导人是夏尔·狄戎，来自西南地区的共产党官员。“法国射手”仍为游击队武装。两个组织同时在南部和北部活动。实际上，“民族阵线”在北部由皮埃尔·维永领导，在南部由乔治·马拉纳领导，他们是战争后最有影响的抵抗组织。
即使有共产党加入，抵抗运动组织仍不太协调，而且不是每个人都喜欢共产党人，因为共产党人习惯于渗透到别人创办的组织中去，还把这当作自己的责任。例如，在北方活动，主要由战士和公务员组成的“军民组织”就不与共产党人交往。另一个以工会为基础、由社会党人克里斯蒂昂·皮诺领导的北方组织“北方解放”也同共产党保持距离。
显然，这一混乱局面必须要整顿。看来这件事要由戴高乐来做了。“自由法国”威信很高，因为他们拒绝接受和谈，他们反对德国人也反对维希。此外，“自由法国”由莫里斯·舒曼主持的在英国广播公司做的广播，在法国有广大的听众。那低沉的声音发表的奇怪消息—“蒲公英不喜欢沙丁鱼”或“圣诞老人穿着粉红色衣裳”——不仅对英国特别作战部和法国情报及军事行动中心的情报人员来说是个联络信号，对抵抗组织也是如此。
1941年11月，戴高乐挑选穆兰负责把南方抵抗运动组织统一起来。1942年元旦，穆兰被空降到法国南部的阿尔斯附近，化名“雷克斯”，随身带着一个火柴盒，里面装着将军给他的委任状：“我任命巴黎市政长官，让·穆兰先生作为我的代表……”
穆兰的工作不仅困难重重，而且极有危险。人们不信任戴高乐，也不信任英国，抵抗组织成员之间也彼此不信任。不过，到1942年4月底，穆兰成功地建立了
戴高乐将军在法国的总代表团，”这样戴高乐代表整个抵抗组织就名正言顺了。此外，更有实效的是，成立了三个委员会来协调抵抗组织的活动。它们是“秘密部队”、“情报和新闻局”以及“全面审查委员会”。“秘密部队”是法国解放运动的核心，“法国射手”专门负责游击行动。“情报和新闻局”负责传播和宣传工作。“全面审查委员会”为战后的法国作准备。
穆兰的活动使北方抵抗组织的领导人想与戴高乐接近。1942年3月，克里斯蒂昂·皮诺来见戴高乐，其后皮埃尔·布罗索莱特与安德烈·菲利普也紧随而至。
自由法国”成了法国抵抗组织的依靠。皮诺回到法国，给其战友带来戴高乐的话，表扬他们“为古老的法国的理想：自由、平等和博爱做出了贡献”，这足以使他们加入穆兰的联合计划。这一计划已开始向北方扩展。菲利普到伦敦后，被任命为民族委员会的内务委员，它确定了抵抗组织和“自由法国”之间的新关系。这可不是件容易的事。对共产党人来说就更不容易了。情况在不断地变化，问题也很多，好在“自由法国”总能把握住局势。
地中海风暴
大约在1942年4月中旬，戴高乐突然感到身体严重不适。同事们见状后都惊恐不安，手足无措。医生们一时也没有诊断出病因。慌乱之中，唯一清楚的就是为了“自由法国”的利益，人们对戴高乐的病必须保密。第三次“米瑟利耶事件”之后，他们和英国的关系一度紧张，此外与抵抗组织的沟通正在进行之中。这时让外界得知“自由法国”的旗手病重的消息对事业绝没有好处。