1938年11月，慕尼黑会议两个月之后，曾对考贝尔常常约见反对党领导人而感到不快的南斯拉夫首相，要求把考贝尔召回布拉格。布拉格的法西斯报纸抨击考贝尔是贝奈斯的人’不久，捷克斯洛伐克的新政府，纳粹的傀儡政权让纳粹的同情者们取代了考贝尔和其他人在外交部的职位。
贝奈斯1938年10月5日辞去了总统的职务。1939年春季和冬季，他在伦敦和美国抗议毁灭捷克斯洛伐克行为。在巴黎，他的支持者们和工作人员列出了一份48位身处险境人员名单，包括不同背景和不同级别的人员。由于他们在政府中所担任过的职务和宗教信仰，他们的生命安全都处于威胁中。其目的是建立一个成员核心，这些人将组成一个流亡政府。这一名单将全部送交友好的政府机构，希望他们能给名单上的人们发签证。在这危险人员名单上，考贝尔被列为“部长级参赞”。
考贝尔一回到布拉格，就知道，由于两条罪状，使他的生命处于危在旦夕之中。第一条，他是贝奈斯的人。第二条，他是犹太人。如果他想保护他家人的生命，必须逃离这个国家。根据曼杜拉考贝尔的回忆，考贝尔想利用他在南斯拉夫的关系，在南斯拉夫一家报社得到一份常驻伦敦的记者工作。这样，不但全家可以逃出捷克斯洛伐克，他也可以不远离贝奈斯和筹划中的流亡政府中的政治人物。他先去了法国和伦敦，与捷克斯洛伐克流亡抵抗运动的主要人物取得联系，在1939年3月，德国军队占领整个捷克斯洛伐克的前几天，他回到了布拉格。
在德国占领之后不可能立即离开捷克斯洛伐克，“布拉格一片混乱，”曼杜拉考贝尔后来写道，“通讯暂时中断，银行关闭，很多朋友都被捕了。我们从可靠消息来源打听到，约瑟夫的名字也在被捕人员名单之列。”
逃跑危险重重。很难搞到签证，去西方国家的大门已封锁，考贝尔想先去贝尔格莱德。为安全起见，“我首先想到去南斯拉夫，”他在他的《铁托的共产主义》一书中写道。他熟悉那个国家，他在南斯拉夫有很多的朋友们，在这种情形下，他不会孤立无援。他的想法必须秘密进行。他清楚，如果他不尽快逃出去，他将永远也出不去了——这种情况已发生在很多捷克斯洛伐克犹太人的身上了。
情况十分紧急。约瑟夫和曼杜拉把蹒跚学步的玛德琳卡，送到距布拉格40英里的小城镇波杰布拉迪，和她的外祖父和外祖母在一起。考贝尔夫妇也搬出了他们居住的公寓。在逃亡前，他们天天在布拉格的大街小巷转来转去，以防在拿到逃跑的必要证件之前，被发现。他们时常到咖啡厅或饭店休息一下，一直待在公共场所，因为在这些地方，被捕的可能性小一些。晚上，当盖世太保在这时抓人时，他们就躲藏在城里各处房子里。“凭着所有的、可行的和不可行的计划，凭着一些好朋友们的帮助，凭着运气和一些贿赂，最后一个计划终于成功了。”曼杜拉写道。
1939年3月25日，在希特勒攻占他们的祖国10天以后，考贝尔一家拿到了伪造的外交文件。这份文件是用捷克语写的，很正式。上面写着允许他们离开捷克斯洛伐克。当时大约下午5点，就在当晚8点，他们就带着小玛德琳卡踏上了去贝尔格莱德的火车。随身只带了急急忙忙塞了些衣物的两个小手提箱。曼杜拉后来写道：“那时我们最后一次看到我们的父母。”
对于约瑟夫和曼杜拉考贝尔来说，和他亲爱的父母拥抱、告别是非常痛苦的。毫无疑问，他们当时心里都在想，这也许是他们的最后一面。这种亲人离散极度的痛苦，给人们内心留下了永远无法愈合的创伤。对于他们，分别即是生离死别，因为捷克和西方国家的所有联络都已中断，像这种悲剧式的告别场面在整个欧洲不断家庭中重复上演。当考贝尔一家到达贝尔格莱德时，他们需要先找住的地方。他们先去找他的老朋友们里布尼卡一家，请求得到他们的帮助。在考贝尔担任大使馆新闻官的时候，他们的关系处得很好，但由于当时南斯拉夫政府已站在德国人的一边，老朋友的来往也都很谨慎。自从考贝尔被从贝尔格莱德召回的4个月里，欧洲的局势险象丛生，里布尼卡一家和考贝尔的来往也感到担惊受怕。逃亡的计划在绝对秘密的情景下运作着，只告诉需要了解细节的人。“当时的环境已非常危险，没有人告诉你任何情况。”佳拉里布尼卡说，“我只知道我丈夫帮助了他们，但我不知道他都做了些什么。要想了解实情非常困难，那时没有人提问题。不管怎样，我知道我丈夫帮助他们了，他曾对我说过。”这就是她所了解的所有情况，她并不知晓有关考贝尔的逃跑路线。