会议结束后，赫鲁晓夫、马林科夫和伏罗希洛夫以及其他人驱车离开了克里姆林宫，但他们为铲除贝利亚及其权势影响而合谋的计划仍在雷厉风行的实施之中。为达到既定目的，有两个步骤是至关紧要、决定成功与否的。其一是促使内务部直属部队的中立，其二是搜捕贝利亚的盟友。前者没有任何延误迅即被完成了。一营海军边防警卫部队被紧急召至莫斯科，负责守卫克里姆林宫。保护中央主席团成员和政府高级官员的卫兵迅速进行了大换班，内务部所属的办公楼被重兵包围严加封锁。第二个步骤也得到同样迅捷有效的执行。在未上贝利亚贼船的内务部副部长伊·亚·谢罗夫的统摄下，四处都在搜寻和逮捕贝利亚的党羽。内务部的其他高级官员和内务部直辖各师的指挥官，共有几十人被捕入狱。几乎所有的搜捕对象都马上屈服，传言说，只有极少数抗拒不服的人被当场击毙。
根据莫斯科下达的命令，加盟共和国一级内务部机构的几乎所有头目也都被抓落网。如此大规模的行动实施起来既小心谨慎又迅猛异常，因而当贝利亚的大小党羽在自己的郊外别墅、市内公寓乃至医院病房里被押走时，莫斯科的普通市民居然浑然不知毫无觉察。当中央委员会在克里姆林宫召开全体会议时，内务部已不复为那种凌驾于党和政府之上的强大组织了。虽然赫鲁晓夫一直得到布尔加宁、马林科夫和朱可夫的协助，也正是在这几个人的监管下苏联军队第一次在政治权力最高层的危机中发挥了举足轻重的作用，但这一困难而又危险的任务最终完成理应归功于赫鲁晓夫。
内务部的新任部长是谢·涅·克鲁格洛夫，但赫鲁晓夫对他并不完全信赖，不敢掉以轻心。因为克鲁格洛夫一直是内务部的高级官员；几年前在内务部与国家安全部尚未合并时，他也曾出任内务部部长。因而他的一切活动均置于党和政府机关的严格监查之下。还有其他一些与贝利亚没有直接联系的内务部高级官员也被允许保留原职。而内务部最高层的领导班子却全部更换，但这几个人只不过是九牛之一毛罢了。内务部和“古拉格”硕大无朋的体系，连同其数以千计的劳改营以及几百万囚徒的问题都暂时没有触及。此时此刻，任何人都不愿意在这个庞大的组织内部发起急剧的变革。
即便如此，到这一年的初夏时节，斯大林的大名在苏联报刊电台出现的频率越来越少；即使是谈到这位前领袖，也不再对他进行近似吹捧的歌功颂德了。《共产党人》杂志还发表了一系列批判“个人崇拜”的文章，尽管这些文章不仅以马克思列宁的语录为依据；而且还以摘自斯大林著述的只言片语为凭依，但其锋芒所指，尽人皆知。7月底党中央委员会发表一系列庆祝建党50周年的专论，其中一篇也煞费苦心地对“个人崇拜的惟心主义理论”进行了批判。
这一年，开始替极小部分斯大林恐怖的受害者平反昭雪，不过被平反者都经过了认真筛选。第一个得到释放与平反的人也许就是莫洛托夫的妻子波利娜、谢苗诺夫娜。她是在1949年被冠以充当美国——以色列间谍的虚构罪名遭到逮捕的。死后得以平反昭雪的有拉·莫·卡冈诺维奇的兄弟——米·莫·卡冈诺维奇，当初他被指控为与纳粹德国相勾结，在面临着必不可免的逮捕之际，他选择了开枪自杀。其他许多党员、部长或高级官员也都一帆风顺地使自己的亲朋好友脱出囚笼重见天日。赫鲁晓夫自己也安排了对其儿媳的平反，她是在赫鲁晓夫的长子阵亡后不久被关进监狱的。到1953年年底，约有1000人已被恢复了名誉，所有这些人都与党和国家的达官显贵有着某种方式的联系，因而他们对自己在接受犯罪调查时所遭受的严刑逼供的回忆及其对监牢和劳改营惨无人道生活的描述，在领导集团对斯大林及其独裁统治时期之态度发生转变的过程中起到了推波助澜的作用。
贝利亚的被捕意味着第一届“三头执政同盟”的终结。苏联的领导大权未费周折地转到了由马林科夫、布尔加宁和赫鲁晓夫组成的第二届“三头执政同盟”手中。作为部长会议的首脑人物，马林科夫自然处在权重位高的位置上。但随着以往无所不能的内务部一国家安全部领导集团的解体，权力的重心已经转移。马林科夫现在不得不向已经具有最高权威的党中央主席团和书记处汇报自己的活动。他还对有关贝利亚审判案的正式调查感到万分苦恼，因为贝利亚毫不踌躇地反咬了马林科夫一口，向这个一向视为盟友的人身上栽赃。而布尔加宁名义上权力不小，但没多少实权。结果，赫鲁晓夫便成为第二届“三头执政同盟”中的主要人物和最为积极的活动家。在1953年9月中央委员会全会选举他担任党中央第一书记之后，这种情况则更加突出。赫鲁晓夫的当选极大巩固了他在党内领导集团中的地位。从这时起，党的中央委员会不仅全面控制了内务部的活动，而且还严格监控着其他所有苏维埃政府机构包括部长会议在内的工作；所有的改革和创新都是由党中央委员会、中央主席团和书记处发起的，至少可以说，未经中央委员会的同意，任何改革和创新都丧失了合法性。