“像我这样的人，最终，不是被押上断头台，就是被流放到圣赫勒拿岛上去，还能干什么。”
此后的10月26日，井上被正式任命为海军军官学校校长。他接到命令后，便立即前往江田岛就任。来到学校后，他发现：学校的教育过分死板，学习和生活安排得也过于紧张。学生们没有一点儿余地发展自己特长。由于过度紧张，学生们像中邪一样，连眼神都木木的。因此，他强调说：“这些学生冷眼看去，个个都像个犯人，这怎么能行。不能进行像现在这样死板的教育，更不能向他们灌输飞黄腾达，出人头地的思想。”他明确规定：禁止任何从前线回来的教官向学生们讲述关于战争的事情。
学校陈列室中陈列着历代海军大将的大幅照片，他说：“我认为其中有一半以上的人都是国贼，不能让学生们敬仰他们。”在他的建议下，这些照片被全部拿掉。
除上述几件事之外，井上中将任海军军校校长期间，还有很多对学校来说有比较大的震动事情。
当时，在日本全国范围内，风靡反对学习敌国语言，尤其反对学习英语。在陆军的一些部队里，甚至连“咖喱饭”都不让说，只能把“咖喱饭”称作“加辣汁饭”。这对现在的青年人来说难以想象。教育界也毫不例外，很多学校减少了教授英语的课时，有的干脆停开了这门外语课。这股风潮遍及全国，江田岛当然也不例外。在学校全体教官的会议上，曾就是否停开英语课和把英语从入学考试的科目中去掉的问题进行过讨论。
有的教官在发言中说：陆军军官学校因为早已取消了英语课，使学生腾出了精力，其他学科的学习成绩明显上升；在招考新生的问题上也是一样，因为海军加试英语，那些英语不太好的学生便避开海军，转而投考陆军学校。这样，和兵器、资材的分配一样，优秀人才也会逐渐流入陆军。从这些实际问题上看，也有取消英语课的必要。
会上，众说纷纭，讨论的结果，依然是无法统一。主持会议的计划课课长小田切政德中佐，最后不得不采取举手表决的办法。表决的结果，大多数教官同意废止英语课。
见此情景，小田切中佐转身请示校长井上说：
“校长，结果您都看到了。您看如何？”
“不能取消！”一直在沉默不言的井上站起身来，面带非常严肃的表情说：“现在我来谈谈不能取消的理由。道理很简单，在当今世界上，有哪一个国家的海军将校级军官不懂一到两种外国语呢，尤其是英语。不会一到两种外语，那绝对不够格称为世界水平的海军军官。这不是你个人喜欢不喜欢的问题，而是绝对的需要。英语是世界上国与国之间，组织与组织之间进行交往的工具，是世界通用的语言，而且今后依然要用，这是人所共知的事实。我们必须承认事实。我们是培养海军军官的学校。如果仅仅考虑作战战术和技术的需要，那么，我们只办炮术、鱼雷等专业学校就可以了，用不着再办海军军官学校，现在的军校也应该撤销。海军军校的目的不是培养只掌握某一门军事技术的普通军官。培养毕业后能胜任某项军事实务的学徒式的军官，不是我们学校教育的着眼点。海军军官学校的教育目的，就是要培养有见识，有教养，具有修养，能登大雅，不论何时何地都不会有失体面的将校级军官。至少也是为这样的军官的成长而铺平道路，奠定基础。换言之，就像培养成材的参天大树一样，我们是为之浇水、施肥、创造茁壮成长的条件的。至于说由于海军要求加试英语而使优秀的学生流入了陆军军校的问题，我认为，优秀的人才流入陆军，不仅不是坏事，而是一件好事。况且，没有勇气学或干脆学不好一门外语的学生，根本就不是优秀人才，更不是我们海军所需要的。近期，有人提出：一定要反对崇洋媚外，而且形成了一种舆论，波及全国。我认为，这并不是坏事，而是好事。然而，当你用冷静的眼光观察一下即可发现：那些叫嚷声最高的人多是闭关锁国的老夫子。这是自命不凡，孤芳自赏，愚昧无知的盲目的排外思想的表现。诸位教官，切不可被貌似爱国而实则有负于民族的轻浮言行所迷惑。不但我校不能放弃外语，而且，我认为，一般的学校也应该把学习外语作为一门主课。尽管在座的多数人主张废止英语课，但我还是要坚持：只要我在本校任职，就不能放弃开设英语课。希望诸位能予理解。”