宇垣的《战藻录》中，6月22日这天这样记载着：
看得出，近期来，长官心情郁闷，忧心忡忡。
虽然山本身在特鲁克，但他想的却是作战的前线和战争的未来。美国效能极高的雷达的出现，更使他深感不安。白发悄悄地爬上他的头顶，他满头花白了，看上去苍老了很多。
新发田步兵第16联队（团）的大部分官兵来自山本的家乡长冈。他们在瓜岛战场上几乎全军覆没，正在作拼死的挣扎。这对山本刺激很大。他在给他的同乡好友反町荣一的信中这样写道：
10月28日的来信，已收悉，对于你的鼓励，我深表感谢。每逢我想到家乡父老的那么多子弟在瓜岛上的苦难，实在是痛苦不堪，深感有愧于诸位父老兄弟（以上仅限你知，不必外讲）。
他在10月2日写给堀悌吉的信中也曾写道：
这里诸事相当棘手，非短期所能奏效的，美国已付出了相当的牺牲，断不能就此息鼓收兵。近已拉开寸步不让之势，可见其决心已定，誓决雌雄。形势的发展，正如我们当初之所料。事已至此，我方也只得针锋相对，破釜沉舟，背水一战了。回顾当初，我已进言再三，陈述意见，无奈，那些盲目乐观的人，执意不从。但愿他们是幸运的……
到12月8日，开战已整一周年。据统计，仅海军阵亡官兵就达14802人。
12月12日，天皇亲自去伊势神宫祈祷参拜。虽知当时天皇的心境究竟如何，但大体可知：他深为当初未能制止住战争，因而招致今日的灾祸而悔恨。
这年年末，山本在发往各处的信中曾多次提到：
惊闻圣上亲往祈祷伊势神宫，身为臣下，不胜惶恐。满头乌发，一夜皆白。有负于君，乃臣下之耻。愿竭尽身心，扭转战局，以慰圣虑。
然而，在写给新桥女流们的信中山本却说得很婉转。他并没把自己的这些想法直接告诉给他们。在同年12月给丹羽美智的信中，山本写道：
……到这里来的人，都说我脸色红润，体魄健康。果真如此吗？当然，如果总理大臣、大藏大臣、海军大臣和工商大臣等都脸色红润，体魄健康的话，那我为什么又是个例外呢……
当时的总理大臣、大藏大臣、海军大臣和工商大臣，分别是东条英机、贺屋兴宣、岛田繁太郎和岸信介。
一载春秋变迁，这腥风血雨的一年就这样过去了。
山本是在特鲁克的“大和”舰上度过了1943年的新年。由于天气暖和，年宴上吃的年糕已经有些发霉了。山本边擦着脸上的汗水，边吃着带有霉味儿的年糕。也许是不吉祥的预兆吧，不知是因为炊事兵的过失，还是因勤务兵的疏忽，上年宴的主菜—全鱼时，把头尾倒置了。山本是很忌讳这一类事情的。见此情景，他面带不悦地讽刺道：
“嗬！年头变了，鱼的方向也变了。”
“大和”舰上联合舰队司令部里的勤务兵长近江到现在，每提起中途岛出征前和这次新年的放错鱼的方向的两件事儿，还感到悔恨不已。
到1943年元月，山本任联合舰队司令长官已三年零四个月了。在日本海军的历史上，从日俄战争前开始设舰队司令长官以来的38位历届司令长官中，山本是破例的一届，任期最长。尽管如此，到这时，依然没有要更换他的意思。山本很厌倦了，他深感已经力不从心。但他并没有让幕僚们看出他的心思，山本这时，的确已经想到了死的问题，但他觉得还有很多没有做完的事情，对尘世还有些留恋，特别是还留恋并想回到千代子所居住的东京。
山本这一时期的境况和心思写在了书信中。
他在1943年1月28日寄给堀悌吉的信中写道：
……开战以来，阵亡将士已近15000人，实在令人悲痛叹息。痛定思痛，我写下这样两句诗文，以抒郁怀：
兵戈声声一年去，
阵亡将士若云消。
如果把这两句诗文拿给武井大人看的话，他在怜悯慨叹之余，还会略赞诗句本身。
在同年1月6日寄给转任为横须贺镇守府司令长官的古贺峰一的信中，山本写道：
不论是世界的形势还是我方的战局，都在走向不利，我们所最担心的局面终于出现了，实在令人遗憾。目前，我军所处的处境非常困难，欲摆脱这种局面，还需付出巨大的努力和相当的牺牲。事到如今，发牢骚没有什么用。追其深刻的原因，概出于当初“选择盟友失慎”。
信中所说的“选择盟友失慎”，自然是指战前缔结德意日三国同盟条约而言的。