4月2日，作战参谋渡边安次，来到东京到军令部征询意见。探讨联合舰队的关于进攻MI（中途岛）和AL（阿留申群岛）的作战计划。
此计划被军令部再一次坚决反对。作战部一课课长富冈定俊大佐和课员三代辰吉中佐反对得尤为强烈。
战后，三代辰吉化名三代一就，依据战时的工作记录和自己的笔记写了一本题为《关于MI作战计划的争论》的回忆录。据该书所载，他和渡边安次是老同学，同期在海军军校和海军大学就读。他们之间交往密切，关系非常好。他常把渡边戏称为“安兵卫”。但是，由于对MI作战计划的看法不同，他们之间展开了激烈的辩论。双方各自所坚持的观点，书中有详细记载，不多引用，在这里只援引其中的一部分。三代在书中写道：
山本究竟想没想过，以中途岛为基地进行防卫和空中侦察，究竟能有多大效果？恐怕起不了多大作用。然而，维持这一远离本土的孤岛上的必要补给，却是相当困难的。为不得不投入大量的人力和物力，维持我军在该岛上的正常活动，这势必会削弱我军其他方向上的空中力量，给舰队作战也会带来很大负担。山本认真地考虑过这些吗？
书中还提到：
富冈定俊也坚持说：不是我傲慢不逊，我认为，关于中途岛作战计划问题，山本根本就没有战略眼光，没从大的战局上着想。第二阶段的作战，首要的也是最关键的，应该是切断美国与澳大利亚的联系，防止美国把澳大利亚作为前进基地。即使到现在我也坚持这样的观点。
军令部对计划是反对的，然而，他们坚持意见的态度和方式却有所不同。富冈和三代，观点明朗，态度坚决。而军令部次长伊藤整一和作战部长福留繁表现得却不那么明显。这是有其内在原因的。
富冈和三代同山本的个人交往都不多，对他也不那么了解，仅限于一般的工作上的来往。而伊藤和福留同他们却不同。早在1939年山本到旗舰“长门”上任联合舰队司令时，福留繁是“长门”舰舰长。后来又到联合舰队司令部任参谋长，在山本手下长时间工作过。伊藤整一也另有一番经历。山本在日本驻美使馆任武官时，伊藤作为一般工作人员，也在使馆工作。他们相处得非常融洽。山本处处关心他，甚至还耐心地教给他学习方法。他曾在福留退任联合舰队参谋长后，宇垣还没有到任之前，担任过一段联合舰队参谋长职务。
三和义勇和渡边安次完全是因为被山本的人格和为人所折服，而同意山本提出的进击中途岛的作战计划，而伊藤整一和福留繁恐怕是出自人情和交情的考虑以及对山本的信任，才同意他的主张的。
军令部作战课态度强硬反对，而且理由很充分。双方争论不休，相持不下。最后，渡边也似有犹豫地让步说：
“长官下了决心。长官已经认定的方案，不能只因为作战课的反对而收回去。还是应该听听军令部领导的意见。如果上层不发话，我是不能回去的。”
听了渡边这样说之后，作战课决定同他一起到作战部长福留繁的办公室去，向福留汇报，让他来最后裁决。他们来到部长的办公室后，福留首先详细地听取了渡边的说明。接着，福留打断三代表示反对的发言：
“不要那样说吧，这是联合舰队几经研究并渴望实行的方案。我们要尽可能地尊重他们的意见，还是研究一下再决定吧，不好吗？”
以重新“研究”为基础上，4月5日，于军令部作战室，军令部总长永野修身和次长伊藤整一亲自参加，又一次激烈的争论。其间，渡边起身离开作战室，经吴市往“大和”挂电话。在电话中，他向山本汇报了中央研究的情况，在得到山本又一次明确指示后，他回到作战室，向与会者转达了山本的意思。他说：“长官的决心已定，不能再改变了。”
福留繁转向伊藤次长，用请示的口吻说：
“既然是山本长官这样说了，那么，我们就依从他的意见吧？”
伊藤并没作声，只是点了点头，表示默许。见此情景，三代低下头，趴在桌子上哭了。总长永野也没有提出任何异议。
4月4日也就是在召开这次会议的前一天，正是山本五十六虚岁的生日。海军省人事局局员大野，带着授予山本的两枚勋章—一枚是表示一等功勋的“旭日”勋章；另一枚是表示二等功勋的“金至鸟”勋章—来柱岛的“大和”舰拜访山本。据说，山本看着那金光灿灿的“金至鸟”勋章说：