“上面授予我如此高的荣誉，我看不妥。对于这样的荣誉，我实在是受之有愧。”
的确，自开战以来，山本连一艘敌舰和一架敌机也没有亲眼看到。他这样说，恐怕并不是谦虚，确是心里话。
这天，山本在给东京的堀悌吉的信中写道：
……武井来吴市，因感冒发烧，未能来舰队一叙，殊感遗憾。我转托他带去放到次官办公室保险柜里的那个袋子里，其实也并没有什么要紧的：
其一，是1941年1月7日所写的一份备忘录。是我同海相及川交换了意见之后所写的夏威夷作战和联合舰队长官的人选问题。
其二，是早在1939年5月前后，我时刻受到宪兵的跟踪，人身安全受到威胁的情况下所写下的一份东西。
其三，是1941年12月8日我所写的简单的一份东西（里面丝毫也没有谈到关于家庭的事情）。
其四，是放有少许现金的一个信封。
我还再三嘱咐说，必要的时候，请一定要把这个口袋交给堀中将。
今天，东京人事局来人，还特意为我带来了勋章。我感到很惊讶。这样作，让在第一线出生入死作战的官兵们会怎样想呢？真是让我“惭愧之至”。我又不能像高松宫那样，把授勋部门的主管人员叫来，狠狠地训斥他一顿……
山本五十六
4月4日
武井大助，因有公事曾来吴市，但因感冒发烧，没能前来“大和”看望山本。因此，山本令人把前面所说的这个口袋送到吴市，委托武井把他带回东京，放到海军省的保险柜里保管起来。
在给山本堀悌吉的信中，虽然说他托人保管起来的东西中“并没有什么要紧的”。但从他《述志》的那篇文字中就可以看得出来他所写的书简的前半部分，实际上就是遗书。信中所说的“必要的时候”，就是万一他牺牲了的时候。
前面已经部分提到了山本所封存起来的这些东西的详细内容，其余的，放到山本死后，次官泽本赖雄亲手打开保险柜拿出东西，由堀悌吉细心察看的时候，再加以介绍。
两三天之后，参谋渡边从东京返回“大和”。
1942年4月18日，刚过中午时分，东京突然遭到美国轰炸机的轰炸。
“三和”小店的丹羽美智曾请山本为其小店专用火柴的火柴盒题写过商标。本来，丹羽对梅龙千代子早就有看法，她正好借这个机会，当着山本的面说了不少关于梅龙千代子的坏话，刺痛了山本的心。从那以后，他们之间约有两年的时间没有来往。可是，开战以后，丹羽非常挂念山本，时常思念他。而且，每当想起他，她就心神不定，坐立不安。受这种心情的驱使，她又开始往“长门”写信。就这样，山本又恢复了同这位曾为新桥艺妓的丹羽美智书信来往。
山本在回复丹羽3月11日来信的信中写道：
美智：
……很高兴听说你的买卖兴隆，过去的一点小事，不足挂齿，更何况你已经主动地承担了责任呢。我已没什么可说的可写的了。
正如你所说的那样，很多人也是这样想的。这也正是我为之而深感不安的原因：开战已三个多月了，并没有遭到敌人的空袭。为此，人们感到心满意足，更增加了安全感。甚至还有人感谢我，认为这是我的功劳。这是完全错误的。敌人没有前来空袭，与其说是我的功劳，还不如说是敌人本身的错误，应该去感谢美国。可以想象，如果敌人前来轰炸的话，像东京这样的城市是防不胜防的……到敌人前来轰炸的那一天，国民们不把责任完全归咎于海军，也就足矣了。总之，依我看，要多加小心，最好是把人员和财产疏散一半到郊区去。
第一阶段的作战，如同儿童时期的黄金时代一样，很快就过去了。接着，便步入成人时期，道路是坎坷的，不应再打瞌睡了，要振作起来……
威廉·哈尔西中将率领美国特遣舰队，对日本进行了轰炸。山本所担心的事情，果然发生了。该特遣舰队由以下舰只组成：2艘航空母舰—“企业”号和“大黄蜂”号，4艘巡洋舰，8艘驱逐舰。“大黄蜂”号母舰上，载着16架B25轰炸机，指挥官是陆军中校詹姆斯·杜利特尔。
美国陆军的双引擎中型轰炸机B25轰炸机。在“大黄蜂”号这样的航空母舰上起飞，是相当勉强的。起飞后，无法再回到母舰上来。所以，一出发时就决定：飞机离开母舰执行完轰炸任务之后，不返回母舰，直接飞往中国，降落到蒋介石军队控制的机场上去。