“草鹿君，我完全理解你的意见和心情。但是，我已下定了进击夏威夷的决心，希望你能予以理解。回去后，不要再消极反对。要为实现我的作战决心多做贡献。为此战成功，望你能像去实现你的愿望那样，为进击夏威夷尽心尽力。”
草鹿被山本诚恳的态度和一片发自肺腑之言打动了，他当即表示说：
“我明白了，今后不再持反对意见，要一心为实现长官的意图而努力。”
这和山本早在任霞浦航空队副队长时所遇到的一件事的情形极为相似，只是在性质和程度上有所不同罢了。当时，在霞浦航空队任职的年轻中尉—三和义勇在“实在不愿意当甲板军官”他去晋见山本副队长。可是，当他见到副队长后便马上改变了想法，并表示“我一定努力尽职尽责”。
因袭击珍珠港必然使日本无可避免地被卷入战争，然而，如果袭击珍珠港的奏效，是否有利于日本摆脱战争，选择讲和的道路呢？恐怕也没那么容易。这样看来，现在“粗暴长”大西和硬汉子草鹿的反对意见，也不无道理，甚至还可以说是明智。如果事实证明，草鹿和大西的意见是正确的话，那么，山本的“破例送至舷门”的做法和“我的决心已定”之言，就是错上加错了。令人惊奇的是，具有日本武士性格的山本，竟有如此令人难以想象的说服能力。
几天后，联合舰队司令部又迁回了“长门”舰，并于10月9日开始，在旗舰“长门”上，进行了为期五天的图上演习。
因为这时，各舰队已基本完成了作战准备工作，均集结在内海西部。山本趁此机会，把他下属的各舰队各级指挥官召集到“长门”。他主要有两个目的：一是进一步研究进击珍珠港的作战计划，使之更加完善；二是深入动员其下属，增强执行这项特殊任务的勇气和信心，以便完满实现他的作战意图。他们中，有的到这时才知道进击珍珠港的作战计划。山本坚定地对他的下属们说：
“我知道大家会有不同意见，但只要我当联合舰队司令，就一定要坚持突袭夏威夷。为此，要设法争取上面批准派出全部航空母舰，以满足进击夏威夷机动舰队的作战需要。我的决心已定。”
图上演习刚一结束，首席参谋黑岛就奉山本的指示，到东京去向军令部汇报了山本的决心——“我依然坚持原来的意见，进击夏威夷要出动全部航空母舰，否则，我宁愿辞职。”军令部总长永野修身，听完黑岛的汇报后表示说：“既然山本如此执拗地坚持他原来的意见，那就让他试试看吧！”军令部次长伊藤整一和第一部长福留繁也依从了总长的意见。从此，在军令部里，几乎再没有人反对进击夏威夷。
在这大战即将爆发的前夜，山本非但没有醉心于空袭夏威夷，反而正在为此而感到忧郁和苦闷。这在他10月11日写给堀悌吉的信中可以得到证实。那时，他正在“长门”舰上组织其下属的50多名各舰队的各级指挥官进行图上演习。演习中，他还反复强调了“夏威夷这一仗，无论如何也要打！”而他在给堀悌吉的信中却写道：
一、我的家事就请你多关照了。
二、很明显，人们对时局的发展得出了一致的结论：已恶化到无以复加的程度了。这既不能归咎于我“山梨”也不能怨天尤人。那么，应归罪于谁呢？现在又不是评论谁是谁非的时候。
在这社稷危难关头，就是听从圣上，但同样也无法摆脱国内将会出现的困难局面。
三、我的处境是何等的不可理解。我下决心违背自己的意愿，没别的选择，只得沿此道路走下去。有什么能比违背自己的意愿而为之更难以忍受呢！难道说这也是命中注定的吗？
四、自年初以来，由于无谓的失策，重大事故频频发生，令人对未来不寒而栗。值此多事之秋，万望自重，自爱，多多保重。
山本的肺腑之言“我下了和我自己的意愿完全相反的决心”这句话，是绝不会同任何人讲的，只有同堀悌吉他才吐露了真情。可以想象，他的内心是多么痛苦，多么“难以忍受”啊！在某种意义上说，最反对进击夏威夷的，不是别人，正是山本本人。
在此之前的9月12日，山本在东京又一次秘密拜见了首相近卫文。两人就商讨了谋求实现日美在檀香山举行政府最高首脑级的谈判问题。他们认为，当时有实现这一谈判的可能和条件，想通过美国总统罗斯福和日本首相近卫文在檀香山的会晤和谈判，打破日美间的僵局，缓和两国间紧张的关系。并打算由山本陪同近卫前往谈判。尽管这一谈判最终并未实现，但对当时的日本来说，还是很有必要的争取。