从那时起到开战的两年零三个月的时间里，虽然山本曾多次因公从舰队来东京，但这却是他最后在此居住和工作的时刻了。
山本算了算，自己已经五十六岁了，和明治17年（1884年）父亲贞吉生他时的年龄刚好一样。
时节正逢八月底，午间，骄阳似火，山本坐在望车的沙发上，望着洒满阳光的有乐街，新桥附近的整齐的街道，不禁心潮起伏，思绪万千。
欧洲所发生的动乱，并没有给联合舰队带来丝毫影响。
刚刚成立的阿部内阁，于9月4日也发表了声明：
值此欧洲战争爆发之际，帝国将依然采取不介入政策，要竭尽全力解决支那事变问题。
舰队的日常工作虽然和往常一样，但对山本来说，却和任次官时截然不同了。他的工作比那时轻松多了。
如果联合舰队连战术演习也不搞，那么山本就会更加轻闲了。他常常说：
“喂，怎么样，下一盘吧！”
来舰队后，山本每有闲暇，不是和幕僚们一块下棋，就是在他个人的房间里写信，或应约为别人赶写题词。
越后人的饭量本来就大，加上海风的影响，山本的食欲大增。
司令部的食堂里有高级厨师，盐烤家鲫鱼、蒸鸡蛋羹、生鱼片等都是他们的拿手好菜。据当时规定，海军军官的伙食费自付，但那些坐在末席的地位卑微、薪水微薄的司令部里的年轻的密码长们，只拿出他们薪水的适当部分就可以了。
军官们的午饭和晚饭，原则上是大家一块吃，但是，中心席长官的位置还是要空着的。为节省空间，长官的会议室兼作餐厅。就餐时，长方形的会议桌上铺上白布就成了餐桌。
“长门”号军舰的司令部会议室是用栗色的木板组装成的，内部装饰很像是老式客船的头等舱，颇具古雅色彩，就是到世界上任何一个港口，接待任何贵客也不失大雅。
餐桌正面的中央是长官席，对面是参谋长席，山本刚任联合舰队司令长官时的舰队参谋长是高桥伊望少将。
其次，就是首席参谋、各位幕僚、副官、密码长、气象长、舰队轮机长、舰队会计长、法务长等。“长门”舰的舰长也经常和大家一块进餐。
山本虽然不太爱讲话，但待人和气，总是笑容满面。他在饮食方面也是个很内行的人。
前任联合舰队司令长官吉田善吾，连鱼干都很少吃，可山本却正相反，他不但喜欢吃鲜鱼（润目鱼），尤其喜欢吃土佐产的，说这种鱼很香。因此，舰队一进宿毛湾，他就让人买来许多，放在舰上，不但他自己吃，还动员别人也吃。吃起来是那么津津有味，连尾巴也不放过，一吃就是好几条。
吉田是个细心简直到了神经质的程度的人。他最反感做事没有条理的人。他不会饮酒，只要有空就去过问琐事。对什么事都不放心，就连幕僚们起草的文件，他都要逐字逐句地修改，连电文中所用的助词也要一一改正，经常为一点小事儿厉声地斥责身边的参谋们，以致使他的下属怀疑他“是不是有点神经不正常”。
一个寒冬季节，舰队驻泊在别府。大家都希望能饱餐一顿河豚。但吉田对此很不放心，还特意去问军医“是否可食？”，这与其说是征求军医的意见，还不如说是他由于不必要的担心而表示反对。最终，大家还是没能吃成。
当时，联合舰队的炮术参谋藤田良中佐、川井严中佐与吉田的副官藤田元成都是同届同学，他们经常讽刺藤田原成说：
“你小子是不是尽拍长官的马屁了？只有你这个家伙和吉田长官合得来。”
和吉田长官相反，参谋长高桥少将喜欢饮酒，而且酒量也非常大，为了饮酒，就是葱白儿他也视为下酒的好菜。他常常命厨师为他搞葱白儿和豆瓣酱来下酒。出港时，连望台上都是酒味冲天。尽管吉田和高桥两个人素日不睦，但在表面上并看不出来。
吉田善吾离开舰队时，把自己的单人照片分送给大家作纪念，但大家并不都会领他的情。据说，山本取代吉田任联合舰队司令，最高兴的是参谋长高桥伊望少将。
据藤田副官的侧面观察和体会：山本是一个非常刚毅的人，也是个乐天派。出生在福冈（县）的藤田暗自思忖道：“他们（指山本和吉田）可大不一样啊！也许当长官的风格不一吧！
从白浜温泉回来不久山本便决定：联合舰队出和歌之浦港，恢复曾一度中止了的联合演习。
整个联合舰队出港是一件非常严肃和隆重的事情。