就到同年秋天，他的任期就将满两年了。那时，即使他离开联合舰队，也不一定能够如愿以偿回到他的故乡长冈隐居，因为他还可能要担任海军大臣（海相）这个职务，这一点，山本并非没有想过。
如果要使避免同美国交战的意见进一步得到“上下呼应”的话，那么，在军政系统中，比“次官井上”更适合任海军大臣的人选，就只有山本了。但山本在他给古贺峰一的信中，对这一问题却只字未提。
在东京的上层中，以堀悌吉为中心的冈田启介、米内光政、山梨胜之进等有影响的人物已开始私下活动，要把山本调回中央。这在同年秋天，第三次近卫内阁解散，由东条组阁的时候，几乎已达到公开的程度。但由于东条内阁海相岛田繁太郎怕威胁自己海相地位，以“目前，联合舰队司令长官除山本之外别无他人胜任”为理由横加阻拦，最终，山本还是没能回到中央。
就在这个时候，作为山本本人来说，也丝毫没有要当内阁大臣或担任中央其他要职的表示。山本的这种不追求高位、名利的“清风”（廉正）精神，堪称东洋作人的典范。然而，从后事看来，却又实为可惜，甚至可以说是日本国家的憾事。
后来，武井大助说，如果到1941年秋，山本能回到中央任职的话，那么，至少也会推迟12月份的开战时间。那时，尽管山本会蒙受“胆小”、“亲英、美”等不白之冤，但在争取时间的过程中，德国的颓势会更加明显地显现出来，日本能在世界动乱中找到救亡图存的有利道路。
山本给古贺的信中虽然写有“值此4月改组之际”等关于人事变动的意见，但依照及川的意图，福留繁还是被从联合舰队参谋长晋升为海军军令部一部部长，伏见恭亲王也辞去了海军军令部总长职务，隐退江湖。以上人事安排，根本没有采纳山本关于为避免战争而应如何安排人选的建议，山本对此甚为失望。
不但伏见宫辞去了军令部总长职务，米内也没有被重新任用。相反，永野修身却担任了军令部总长的重要职务。
“永野本不是天才，可他却自认为他是天才。他任总长，不会太受欢迎。”山本的这番话就是这个时候讲的。
就在这前一年，内阁大臣吉川古志郎曾用商量的口气询问井上说：
“喂，听说宫先生（伏见宫）要辞去总长的职务，你怎么看呢？”
井上毫无隐讳地回答说：
“据我看，他辞去总长职务没什么不好。他本来就没有太大才干，至多也不过是对下面呈送上来的各种报告、提案毫不加分析地点头同意罢了。在这样的非常时期里，这样做是会误事的。所以说，他的辞退，无论是对海军还是对他本人都是有好处的。”
当接着提到后来继任海军军令部总长职务的永野修身时，井上说：“但是，即使永野修身任此职务，弄不好，不到两三个月也得被解职。”
在山本给古贺丰一的信中写道，考虑到有爆发战争的危险，为适应即将到来的战争的需要，山本已开始认真研究如何加强舰队建设的措施。他打算宁愿自己降职去充任第一舰队司令的职务，也要让米内光政重返军界，出任联合舰队司令长官。
从乡下来访“长门”舰的远山运平曾问山本说，如果爆发日美战争，还能打出日本海大海战那样的漂亮战？山本的回答是肯定的。他带着浓重的长冈乡音说：“如果敌人肯倾力而出向我大举进攻，那是求之不得的。我们同样有办法一举将其全歼。但是，我们的对手美国是决不会这样干的。所以，也就无法与之决战，当然也就谈不到那样的辉煌战果了。”
下面，山本对小熊信一郎的这番话也是这个时候讲的：“这次战争一旦爆发，所要打的海战绝不是一般的舰队所能应付并能取得胜利的常规海战。作为指挥这场特殊战争的联合舰队司令来说，他不仅要加强濑户内海一带地区的防卫，而且还要从战争的全局着眼，这是我所不能胜任的。让米内来担任联合舰队司令，万一需要的话，我还可以到第一线去冲锋陷阵。”
1941年2月，山本还把上述想法告诉给了前来“长门”舰观看舰基飞机航空演习的航空本部部长井上成美。他说：“前不久，丰田来舰队的时候，我就舰队建设问题同他谈了许多。我总觉得米内光政是个能胜任起海军次官一类重要职务的人才（意思是说，如果米内不能就任海相的次官，那么至少也可以担任联合舰队长官的职务）。这也许是多余的闲话，但我一直是这样认为的，不知井上先生意下如何？”