据说，刚开始的时候，霞浦航空队里对山本有一种反感情绪。有人曾这样发牢骚说：“像他那样一个根本没有跟飞机打过交道的人，也突然跑到航空队来当头目。究竟是想干什么呀？真是莫名其妙。”
三和义勇是一位刚刚完成飞行训练教程不久的年轻中尉军官。完成飞行训练后，他一直在航空队里服役。用他自己的话说，他是“血气方刚的青年，不但有强健的体魄和年轻人的活力，而且不论从哪一方面来说，也配当个‘优秀的青年军官’”。不久，内务主任松永少佐推荐他给副队长山本当甲板军官，他执意不从，抱怨说：
“一个快要当飞行教官的人，偏让去当甲板军官，实在难以从命。”
松永进一步说服道：
“如果你执意不肯，那就请你亲自到山本大佐那里去申明理由吧。”
三和毫不畏惧地去找山本，打算在山本面前回绝此事。可是，当他站在山本面前时，却被山本的威严所慑服得满面惧色。连话也说不出来了。最后，不但欣然从命，而且还保证“全力以赴，尽职尽责”。据说，当三和把去见山本的经过报告给松永时，松永笑着说：
“果然不出所料。”
自此，三和每天都与山本接触，可以直接得到山本的训导，观察他是怎样处理问题的。随着时间的推移，三和逐渐改变了对山本的成见。从起初的反感到越来越敬慕，最后，竟建立起了非常亲密的感情。队里的其他军官同山本的感情，虽然没有象三和这样深，但大体上也都经历了同三和一样的过程—从反感到被慑服，直至敬慕。这些飞行军官，大部分已在战时阵亡，只有少数人现还健在。其中有一位名叫桑原虎雄的在谈到山本时说：
“他说话不多，不轻易发表意见，但他对他的下属却有着一种不可思议的魅力。”
桑原也是海军军官学校的毕业生，是山本的下五届的学生。山本任霞浦航空队副队长时，他是该航空队的飞行队长，现为新明和工业公司的顾问。
虽然海军航空队刚刚组建不久，但就当时的日本来说，其技术水平却并不低。例如，高空使用的氧气面罩，就是海军航空队自己研制成功的。连当时著名的登山专家，也不得不来霞浦访问日本，请求展示这一新产品，以满足攀登喜马拉雅山之用。山本原来对飞机知之甚少，自从到航空队工作以后，他加紧学习与航空有关的各方面知识。据桑原说，晚饭后直至10点钟以前，山本总是在军官宿舍里，与年轻的军官们一块儿打板球、下棋或打桥牌。然而，他的心思并没有全放在玩上，而是边玩边留心这些年轻人都谈些什么，想些什么。10点钟以后，其他人都洗完澡睡觉了，可是山本这时便开始研读有关航空的书籍。每个月几乎有一半的时间，他不回家，住在队里。桑原还说：山本房间的灯光，从来没有在午夜之前熄灭过。
一般人可能不知道山本也曾学习过飞机驾驶技术。通常飞行军官到他这种年龄就把操纵杆交给别人，不再上机飞行了。可山本却坚持每天接受几个小时的飞行训练。通过刻苦的训练，他终于达到了能够单独驾驶教练机的程度。
在山本担任霞浦航空队副队长兼教育长后不久，这支年轻的飞行队伍曾进行过一次访问帝都（东京）的飞行，这在当时被人们称之为“壮举”。山本这次曾搭乘编队中的1号机亲自参加了飞行。在另一次两架水陆两用机—“海豹”号和“北欧海盗”号往返桦太的飞行中，山本主动承担了第一段航程，即从霞浦到大凑之间的指挥任务。
当时，霞浦航空队中有一个学发动机出身的大尉分队长，名叫本多伊吉，是海军轮机学校第27届毕业生。说来也巧，他曾三次同山本于同年同月同日受命到同一个单位就任新职。那时，海军飞机机身为木架结构，用布粘住表面，发动机马力很小，螺旋桨也为木质。日本航空队通常都以英国皇家空军的“圣培尔”飞行团为学习楷模。按照他们提供的经验，这种飞机的使用时间为200小时，达到200小时后，即使飞机飞行状态依然良好，也必须退役。但是本多大尉认为：无论从保持战斗力的角度来说也好，还是从国家节省军费开支的角度来说也好，这种经验都不适用，应该改变。于是，他便开始研究如何延长飞机的使用寿命问题。他的研究取得很大成功，这种飞机的使用寿命从200小时延长到400小时、600小时，有时还可达1000小时。按照规定，在这项研究工作中，飞机的寿命每增加100小时，就必须向山本副队长和装备长报告。在一次汇报中，山本鼓励本多伊吉说：