苏轼心里有种不祥的预感，事后追忆，这是朝云死亡的先识。从此以后，苏轼不再听唱这支曲子。23
绍圣三年（1096）春，朝云生日，苏轼特地邀请几家熟人来为她作会称庆，亲自作“王氏生日致语口号”。这种文字，本多用于宫廷大宴，至少也须官式筵宴时才用例上，惠州生活中，不可能有这样大的场面，苏轼所以作此，只是用来表达他对朝云的一份爱意。口号中说：“海上三年，喜花枝之未老。”又说：“天容水色聊同夜，发泽肤光自鉴人。”朝云虽然历尽风霜，依然美丽。
平常日子里，老坡有朋友相与热闹，小坡有课业可作，只有朝云，孤零零的一个人，非常寂寞。她没有好好念过书，本来不大识字，自从开始学佛，为要念经就勤奋自修，几年下来，不但文理清通，且亦粗识佛学的大意了。自来惠州，她又学习写字，苏轼因为朝云在定州时，与李之仪（端叔）的夫人非常交好，所以写信给端叔时，也特别提到“朝云别后学书，颇有楷法”之语。
念经和临池，是她在惠州排忧遣闷的两件大事。
就像老天要增重苏轼的惩罚，便将不幸降到纤弱的朝云身上来了。
绍圣三年六月下旬，在那个落后地区的酷热天气里，朝云不幸染上了时疫。当时的疫势，传染得很厉害，惠州又缺医少药，以致毫无挽救。到七月初五，瘟疫遽然夺走了她三十四岁盛年的生命。朝云弥留之际，神智清明，口诵《金刚经》“六如偈”：
一切有为法，如梦幻泡影。如露亦如电，应作如是观。朝云声息逐渐低微，缓缓而绝。
苏轼老泪纵横，只觉得她前生对他一定有所亏欠，今世已经还得太多，不能再结后生缘了。
依照朝云的遗言，八月初三，将她葬于丰湖栖禅寺东南，湖滨山坡上的松林中。墓地山顶上有大圣塔；巍然矗立在蓝天白云间，墓为坡垄屏蔽，林大翳密，山风吹来，塔上铃语与松吟相应和，令人凄然欲绝。
苏轼为她刻铭祔冢：
东坡先生侍妾曰朝云，字子霞，姓王氏，钱塘人。敏而好义，事先生二十有三年，忠敬若一。绍圣三年七月壬辰卒于惠州，年三十四。八月庚申，葬之丰湖之上，栖禅山寺之东南。生子遯，未期而夭。盖常从比丘尼义冲学佛法，亦粗识大意。且死，诵《金刚经》四句偈以绝，铭曰：浮屠是瞻，伽蓝是依。如汝宿心，惟佛之归。栖禅寺僧筑亭覆墓，榜曰“六如亭”。
营葬毕事，苏轼收拾悲伤，作《悼朝云》诗：
苗而不秀岂其天，不使童乌与我玄。驻景恨无千岁药，赠行惟有小乘禅。伤心一念偿前债，弹指三生断后缘。归卧竹根无远近，夜灯勤礼塔中仙。朝云葬后三日，夜间忽大风雨，翌日传闻栖禅寺东南，发现有巨人脚印五个。24初九，苏轼带了苏过亲往察看。当晚，在寺设供，做佛事追荐，苏轼亲作《荐朝云疏》：
千佛之后，二圣为尊，号曰楼至如来，又曰狮子吼佛。以薄伽梵力，为执金刚身，护化诸方，大济群品。……今兹别院，实在丰湖，像设具严，威灵如在。轼以罪责，迁于炎荒。有侍妾王朝云，一生辛勤，万里随从，遭时之疫，遘病而亡。念其忍死之言，欲托栖禅之下。……而既葬三日，风雨之余，灵迹五踪，道路皆见。是知佛慈之广大，不择众生之细微。敢荐丹诚，躬修法会。伏愿山中一草一木，皆被佛光。今夜少香少花，遍周法界。湖山安吉，坟墓永坚。接引亡魂，早生净土。不论幽显，凡在见闻。俱证无上之菩提，永脱三界之火宅。死者已矣，只有剩下来的活人，随时随地，触目生悲，人间地下，皆是难堪。
朝云死后两个月，节序到了重九，苏轼自往将营新居于此的白鹤峰上，聊应重阳登高的行事，但如惠州这样的蛮貊之邦，一切都不是中原的佳节景象。菊花还没有开，从山上远眺，满眼是一大片的黄茅草，风吹作浪。与邻家喝酒，蜑酒，又酸又甜，简直不是味道，佐酒菜只有蛙蛇，实在难以下咽。今年真是“恶岁”，这孤独的老人心里念念不忘朝云，但也不敢到丰湖墓地去。《丙子重九二首》说：
…………今年吁恶岁，僵仆如乱麻。此会我虽健，狂风卷朝霞。使我如霜月，孤光挂天涯。西湖不欲往，暮树号寒鸦。苏轼作《江月》五首，认为惠州的丰湖甚像从涌金门看出去的杭州西湖。湖上有栖禅寺、罗浮道院、逍遥堂、海会院、泗州塔等，皆是苏轼日常遗闷行游之处，但是现在朝云下葬于此，暮树寒鸦，令人凄断，反而使这孤独的老人，不敢去了。