苏轼引用汉宣帝杀盖宽饶，唐太宗杀刘洎为例，说明谗言积毁的可怕，请求太皇太后体谅他的处境，给他一个“不争之地”。
上了这个陈情乞郡札后，即便告了病假，在家静候朝廷发落。
这次病假，拖延竟达一月之久，太皇太后只是三日两头地遣使问疾，赐药赐膳，督促苏轼定个朝参的日子，最后才将他的乞郡札，朱批下来，依然不准。
苏轼无奈，只得销假复值玉堂。十一月一日锁院，宫中又赐出官烛、法酒，苏轼不能不为之感动，书呈同院诗：
微霰疏疏点玉堂，词头夜下揽衣忙。分光御烛星辰烂，拜赐宫壶雨露香。醉眼有花书字大，老人无睡漏声长。何时却逐桑榆暖，社酒寒灯乐未央。吕公著辞相后，前时罢废在外的熙丰旧臣，分别对执政和台谏两方面，积极活动起来。朝廷确也渐启藩篱，不太能够坚持原则如初，如李宪乞于近地居住，王安礼抗拒恩诏，蔡确请求放还其弟，等等，这些不该准的逾分要求，都批准了。崔台符、王孝先、杨汲之流，都已进用了。熙丰罪魁吕惠卿冷眼旁观，看出朝廷日趋软弱，才敢乞居苏州。适于此时，苏轼前所举荐的郓州州学教授周穜，竟然上疏乞以故相王安石配享神宗皇帝。苏轼认为周穜草芥微臣，何敢创此重议，背后一定有人策动，目的在于试探朝廷，渐进邪说。此人是他荐举的，他应该负责，立即两上章自劾，并说：此事关系国家治乱之本，不可“薄臣之责而宽穜之罪”，否则是“私臣之身而废天下之法，臣之愧耻，若挞于市”。像这样严正是非的精神，充分表现元祐大臣的风裁。
有一天，在迩英阁进读“宝训”，讲到太宗听说各州牧监所养的马，被人克扣刍秣，多病且死，便命取十数槽来，置于殿庭下，亲自照顾，以资示范。苏轼从这个马的故事，联想到老百姓下情不能上达的痛苦，上札言：
民之于马，轻重不同，若官吏不得其人，人虽能言，上下隔绝，不能自诉，无异于马。举一个实例：去年西夏犯边，杀掠至万余人，而边将奏曰：“野无所掠。”朝廷派提刑司勘查，提刑孙路复奏：“被杀者只有十余人，乞朝廷先行免究，然后考查实数。”苏轼论曰：“既行蒙蔽，又乞放罪。”实是侮弄朝廷。马不能言，小民亦不能言，四海之众，无法置之殿庭，亲自照顾，所以，朝廷除广任忠贤以为耳目外，老百姓的疾苦，根本无法上达天听。
元祐四年（1089）二月，司空、同平章军国事吕公著病逝。太皇太后震悼异常，一见到辅臣们，她就哭道：
“邦国不幸，司马相国既亡，吕司空复逝！”
太后与皇帝亲临吕家奠唁，赠太师、申国公，予谥“正献”。
苏轼病假一月后，虽然勉强回到翰林院去工作，但因讲述马的故事，说及边将隐匿败亡、提刑查报不实一节，又开罪了掌握政坛的“巨室”，劾奏不断地飞送进宫，并在酝酿发动一次致命的打击，非把他斗垮不可。苏轼又连上三状求放越州，明白说出：“朝廷若再留他，是非永远不解。”太皇太后终于明白她既没办法控制言官，只得准了苏轼的请求。诰下：“苏轼罢翰林学士兼侍读，除龙图阁学士充两浙西路兵马钤辖、知杭州军州事。”
在此以前，台谏们攻击苏轼的章疏，源源不绝，真已到了“谤书盈箧”的地步，太皇太后一律留中不发，苏轼本人只听到朝列中有人在那样传说，内中说些什么，茫然不知。他是个光明磊落的人，当然不愿如此不明白地一走了之，因此，上疏乞将台谏官章疏降付有司根治。太皇太后认为只要她不相信就是了，何必增加是非，还是“不报”。
苏轼为结束公私事务，继续留在京师一个多月，而在此期间，朝廷却在热烈争论如何窜逐已谪安州的前相蔡确。
原因是蔡确去夏游车盖亭，作诗十章，落入他的仇家知汉阳军的吴处厚手上，吴就一一加以笺注，向朝廷检举。如“何处机心惊白马，谁人怒剑逐青蝇”是讥讪朝政；“叶底出巢黄口闹，波间逐队小鱼忙”是嘲笑新进用事之臣。其中一首用了唐朝郝处俊典故的，被“笺注”为把太皇太后比作武则天。67
诗进于朝，太后并未生气，但说：“执政们自去商量办理。”他们议定，将原诗寄与蔡确，令其自为辨析。然而右正言刘安世说：“蔡确罪状著明，何待具析，此乃大臣曲为之地而已！”其意所指是范纯仁。于是贬蔡确为光禄卿分司南京。但是台谏们仍然议论纷纷，以为太轻。谏议大夫范祖禹说：“蔡确的罪恶，天下皆知。尚以列卿分务留京，未厌众论。”因此，执政议置蔡确于法，范纯仁、王存以为不可；文彦博很生气，主张将蔡确远贬岭南，纯仁听到这个消息，就赶去跟吕大防说：“此路自乾兴以来，荆棘已七十年。吾辈开之，将来恐自不免。”大防就不敢说了。