臣为衰病眼昏，所言机密，又不敢令别人写录，书字不谨，伏望圣慈，特赐宽赦。苏轼的眼病，始于黄州，此后时发时愈，至今年十二月主馆职试时，目昏更甚，至今未愈。而黄州看田沙湖道中，淋了冷雨，左手肿痛的毛病，现已转成慢性的麻痹不仁，终不脱体。
自程颐罢去，洛党解体后，朔派指使言路，一力攻讦苏轼，太后知道苏轼说话，有时不免疏忽和夸张，但却本于谋国的忠诚，从不听纳间言。朔派愤无所泄，就使出别一战略：要斫大树，先去枝叶；要杀鹰隼，先除羽翼。所以这两年来，凡是苏轼所引荐的人，如黄庭坚、欧阳棐、秦观等，都被台谏弹劾过，几乎无一幸免。如元祐元年八月，苏轼荐举王巩，台谏便论巩本奸邪，离间宗室，因能谄事苏轼，所以获荐。苏轼大为愤怒，十一月上章力辩。他说：“如王巩固是奸邪，则司马光生前擢升他为宗正寺丞时，台谏何不论奏？王巩疏论‘疏远宗室，不当称皇叔皇伯’，意在尊君，何名离间？此议当时原有多人并不赞成，独司马光深然其说，所以行下有司，台谏官也无一人说话。只因现在司马光死了，王巩就变成了奸邪，就被戴上了‘离间宗室’的罪名。至于臣与王巩，自幼相知，从我为学，何名‘谄事’？总而言之，台谏要攻击的本来是我，王巩被我连累而已，‘诬罔之渐，惧者甚众’。”反驳虽然激烈，而王巩依然被攻出京，初除西京通判。元祐二年秋间，自西京改调扬州通判，在任不到一年，又被攻了下来。后因苏辙之荐，除知宿州，便掀起绝大风波，未能莅职。王巩则因与苏氏兄弟交好之故，终元祐之世，始终不得抬头，蹭蹬不堪。
苏轼特立独行，非但议论不肯苟与人同，做事也我行我素，绝不迁就别人，所以，在朝一向孤立，很少有政治上声应气求的朋友。真正和他往来密熟，互相关顾者，只有几个门生而已，如被蔡京以蜀党列入党籍碑的，只有王巩、黄庭坚、秦观、晁补之、张耒、陈师道、毕仲游、李之仪、廖正一、李昭玘等十人。除了王巩的遭遇，已如前述，其余诸人，只因出自苏门，便逃不过被“剿治”的命运，没有一人在宦途上得意过。
如黄庭坚至元祐三年（1088）五月，始得除命为著作郎，便被赵挺之攻击得体无完肤，诋为“操行邪秽，罪恶尤大”，降归原职，一度为起居郎，旋又被攻责降。秦观得一秘书省正字的任命，马上遭贾易的严劾，狼狈出京；毕仲游被列为五鬼之一，为刘安世、孔文仲所攻；晁补之、廖正一、李昭玘竟至不能安于馆职，并出为吏；张耒“苜蓿自甘”，在馆八年，一无进展；李之仪在枢密院沉浮下吏；陈师道不保一个地方学官的职位。他们之中，没有一人能够跻身言路，也没有一人能获得有为的地位，尽是冠盖京华里，坐冷板凳的广文先生；而且因为沾上了苏门的色彩，稍一活动，便被痛击。虽然这些人对师门的敬爱依旧，而老师心里的遗憾与痛苦，则更甚于自己之遭遇侮辱与损害。
苏轼对于现实政治的丑恶，几已到了绝望的地步。他的老朋友，权知开封府尹的钱勰（穆父），以奏报狱空不实的罪名，被人检举，出知越州（今浙江绍兴）。苏轼表示非常羡慕，而且劝他千万不要回来。作《送钱穆父出守越州》诗曰：
若耶溪水云门寺，贺监荷花空自开。我恨今犹在泥滓，劝君莫棹酒船回。钱勰出知越州，右正言刘安世还认为罪重责轻，??不已，苏轼与他力争，所以后来两次和穆父诗中，一曰：“年来齿颊生荆棘，习气因君又一言。”一曰：“欲息波澜须引去，吾侪岂独坐多言。”政坛上敌对的形势一经造成，即使能效金人三缄其口，对方也不会放松你一步的。
苏轼实在再也不堪在这泥淖里受罪，至十月十七日，他便以左臂不仁、两目昏暗的理由，上章坚乞一郡。
这次，他决心将自己遭遇的前因后果，统统说个明白，从他还朝以来，怎样与司马光因争役法而结怨台谏；范百禄与韩维争议刑名，韩维又怎样把他牵扯进去，称他们为川党；又将与赵挺之结怨的缘由，坦白陈告，所以如最近草一麻词，用了《诗经》上一句“民亦劳止”的话，便被赵挺之指责比神宗为周厉王，举为诽谤先帝，其心狠毒，甚于李定、舒亶；王觌论胡宗愈，又指他与孙觉为党，说丁骘是他的亲家。他说：“二年之中，四遭口语，发策草麻，皆谓之诽谤。未出省榜，先言其失士。以至臣所荐士，例加诬蔑。”动辄得咎，他已断然不见容于侪辈了。