据江南的《蒋经国传》记载：“翻开1950年前半年的《中央日报》，‘匪谍某某等数犯，昨日枪决伏法’的标题，一周出现好几次。以匪嫌名义，送往青岛东路军人监狱、台东绿岛，或用麻袋捆扎，未经司法程序，丢进海里喂鱼的，不计其数。”[63]他继而评论说：“当局如此血腥遍野、肆无忌惮的原因，报复主义为其一，大陆丢了，他们又想腐蚀台湾，把这些人作为发泄情绪的对象。肃清主义为其二，只要行动可疑，经人检举，一概列入危险分子，格不勿论。报销主义为其三，彭孟缉领导的保安司令部保安处游查组，以抓人破案为升官发财的阶梯，持着经国的尚方宝剑，只达目的不择手段。因而宁可错杀三千，决不留情一个，彭孟缉后来坐直升飞机，爬到总参谋长的位置，即种因于此。”[64]
仅1950年上半年，“台湾治安当局处理了‘匪党’地下活动案300多件，牵涉的嫌疑犯有千人以上”。其中重要的有：
（一）陈仪案。陈仪是政学系的重要人物，在国民政府中担任过军政部长、福建省主席、台湾行政长官、浙江省主席等职。他对蒋介石的内战政策深为不满，因而在北平和平解放后，即向李济深派来的联系人表示愿做傅作义第二。1949年1月20日，蒋介石宣布下野，陈仪决定策动视如己出的“义子”汤恩伯起义，希望能免除苏南、上海以及浙江的战火。不想，汤恩伯在关键时刻背叛了曾经不遗余力栽培他的“恩伯”，向蒋介石告发了陈仪。蒋介石立即以周睿取代了陈仪浙江省主席的职务，并假惺惺地让汤恩伯转来一封慰问电：“汤司令转令洽兄，交卸后务请到溪口一谈。”陈仪不屑去见蒋介石，转赴上海，到汤恩伯处散心，随即被捕。以后，陈仪被带往台湾，囚禁于基隆要塞司令部。1950年6月，蒋介石下令审判陈仪。6月18日凌晨1时，陈仪被秘密处决。汤恩伯闻讯，号啕大哭，遭到蒋介石的申斥，并命令不许设立牌位祭奠。
（二）“中共台湾省工委案”。1949年10月，台湾“情治”机构破获蔡孝乾领导的“中共台湾省工委”在成功中学、台湾大学法学院、基隆中学等处的分部。同月31日，又破获台湾省工委、高雄市工委，书记陈泽民被捕。11月5—7日，高雄市工委所属工、农、学运各支部人员谢添火等37人被捕。1950年1月，蔡孝乾本人也遭逮捕。
（三）吴石案。1950年3月1日，“国防部中将副参谋总长”吴石，受“中共台湾省工委案”牵连，被“情治”机关秘密逮捕。吴石的妻子王璧奎、联络人朱谌之、老部下聂曦上校、前第四兵站总监陈宝仓中将等人也因之下狱。1950年6月10日，吴石、朱谌之、聂曦、陈宝仓被特别军事法庭判处死刑。
为强化对人民群众的控制，国民党又把大陆时期搞过的“保甲连坐”制度搬到了台湾。1950年6月13日，颁布《戡乱时期检肃匪谍条例》，规定：“（1）发现匪谍或有匪谍嫌疑者，无论何人均应向当地政府或治安机关告密检举。（2）人民居住处所有无匪谍潜伏，该管保甲长或里邻长应随时严密清查。（3）各机关、部队、学校、工厂或其他团体所有人员，应取具二人以上连保切结，如发现匪谍潜伏，连保人与该管直属主管人员应受严厉处分。”[65]
和“保甲连坐”一起夹带到台湾的还有《戒严令》。1948年5月19日，国民党公布《戒严法》，以适应战争需要。8月19日，蒋介石又颁布了《财政经济紧急处分令》，发行金圆券，强迫人民兑换。12月10日，蒋介石在即将下野前夕，颁布了《全国戒严令》，规定除台湾、新疆、青海、西藏、西康五省外，其余地区一律戒严，台湾等五省军政当局可视情况需要，随时宣布戒严。1949年1月23日，“代总统”李宗仁下令停止实施《全国戒严令》，但遭到各地蒋系军政要员的拒绝。赴台后，蒋介石指使陈诚发布了《台湾地区紧急戒严令》，并颁行30种有关法令、法规和条例，在全台湾实施戒严，从此开始了长达38年之久的戒严时期。《戒严令》宣布实行“非常状态”下的部分军法措施，扩大“台湾省警备司令部”的职权范围，设置山地“管制区”四种119个区城，“海防管制线”为1141公里。规定戒严时期，严禁民众结社、集会、游行、请愿罢工、罢市、罢课；禁止张贴标语，散布“非法”言论；实行宵禁；禁止携带藏匿武器弹药，出外携带身份证，违者军法从处。对出入境实行非常管制。对新闻、出版实行检查制度，报刊不准登载未经审查的消息，违者扣发报刊直至封闭报社，交军法审判。这种戒严体制，成为维护蒋介石统治和镇压台湾人民的工具。