中共中央进驻延安，为高岗离开定边创造了条件。1937年3月，高岗虽然还担任蒙古工作委员会主任，但奉命全家搬到了党中央所在地——延安。
为了明确中国共产党在抗日时期的任务，争取千百万群众进入抗日民族统一战线，1937年5月2日至14日，中国共产党在延安召开了全国代表会议（当时称为苏区代表会议）。毛泽东在会上做了《中国共产党在抗日时期的任务》的报告和《为争取千百万群众进入抗日民族统一战线而斗争》的结论。毛泽东在报告中论述了中日矛盾已经成为主要的矛盾，提出了中国共产党在当前的总任务是“为抗日民族统一战线和统一的民主共和国而斗争”，并阐述了红军和抗日根据地的具体任务。在结论中，毛泽东还专门论述了干部问题，重申了斯大林提出的“干部决定一切”的重要观点，认为“我们党的组织要向全国发展，要自觉地造就成万数的干部，要有几百个最好的群众领袖”。
党的全国代表会议刚刚结束，5月15日，中国共产党陕甘边区第一次代表大会（当时叫苏区党代表大会）即在延安召开。这是党中央来到陕北后在陕甘宁边区召开的首届代表大会。时任中共三边特委蒙古工作委员会主任的高岗是西北革命根据地的创始人之一，理应参加这次党的重要会议。然而，十分可惜，高岗并没有能够成为会议代表出席这次会议。但是，不是会议代表的高岗竟然在这次会议上以最高票当选为中共陕甘宁边区委员会执委。
5月16日，苏区党代表大会秘书处公布了陕甘宁边区党委选举结果：
高岗：83票；林伯渠：82票；吴亮平：78票；马明方：78票；李富春：71票；周兴：69票；李坚贞：68票；郭洪涛：64票；王达成：61票；习仲勋：60票；白治民：59票；刘长胜：57票；崔田民：49票；张秀山：48票；刘景范：48票；崔田夫：46票；李维汉：43票。
以上17人当选为边区党委正式执委。
罗锌铭、蔡畅、马锡五、王世泰、张邦英、马丕勋六人当选为边区党委候补执委。
17日，第一次执委会议进行了书记和各部部长的选举，确定由郭洪涛任书记，王达成任组织部长，吴亮平任宣传部长，李坚贞任妇女部长。
陕甘宁边区委员会成立后，中共陕北、陕甘两省委逐步撤销，党在陕甘边地区的领导机构又逐步归于统一。
中共陕甘边第一次代表大会后，高岗虽然当选为中共陕甘宁边区委员会执委，但他的工作并没有什么变动，仍然担任蒙古工作委员会主任。不过，高岗在没有参加会议的情况下仍然以最高票数当选，确实说明了他在陕北人民心中有较高的威信，自然引起了党中央的关注。两个月后，中共中央决定成立少数民族工作委员会，并任命高岗为书记。中央初到陕北时成立的蒙古工作委员会和定边工作委员会随即撤销，改为少数民族工作委员会所属的蒙古工作部和回民工作部。
虽然担任少数民族工作委员会书记的职务也难说是重用，但这是一个重要的信号，不但表明高岗在蒙古工作委员会的工作确有业绩，也意味着高岗已经进入了毛泽东的选拔视野，非常有可能成为“几百个最好的群众领袖”之一了。
在党的组织进一步完善的同时，边区政府的建立也在紧锣密鼓地进行。
由1937年7月7日卢沟桥事变引发的全国抗战爆发后，抗日民族统一战线的建立步伐加快。9月6日，根据国共谈判口头达成的协议，中国共产党将陕甘宁边区革命根据地的苏维埃政府正式改为陕甘宁边区政府，由林伯渠任主席，张国焘任副主席，高岗与秦邦宪、董必武、徐特立、谢觉哉、郭洪涛、马明方等为边区政府主席团委员。边区政府首府设在延安，下辖陕西、宁夏、甘肃的23个县（市），面积13万平方公里，人口约150万。
边区政府成立后，下设机构逐步建立。秘书长为伍修权，民政厅厅长为马明方，财政厅厅长由林伯渠兼任，教育厅厅长为徐特立，建设厅厅长为刘景范，贸易局局长为叶季壮，保安司令为高岗。
虽然高岗在三边时也被称为“司令”，但那时的十几人的“司令”与此时的“高司令”是不能同日而语的。虽然这时的保安部队也只是由原来的游击队、警卫队等地方武装改编而成，主要任务是动员与组织民众、镇压汉奸、清剿土匪、维持边区的治安等活动。但此时的高岗在陕甘宁边区的地位已经开始上升。在党内，他是少数民族工作委员会书记；在政府，已经升任保安司令，并且很快又将成为八路军骑兵司令。