10月20日 中共中央在吴起镇先后听取了当地游击队负责人张明科和龚逢春的汇报，了解到西北苏区错误“肃反”的严重形势，立即派王首道等先赴瓦窑堡，向陕甘晋省委传达中央关于刀下留人、停止捕人、一切听候中央来解决的指示。并决定派人接管西北保卫局。
11月3日 中共中央在下寺湾召开常委会议。会议听取了中共陕甘晋省委副书记郭洪涛、西北军委主席聂洪钧关于西北苏区、西北红军、肃反及劳山、榆林桥战役情况的汇报。听完郭洪涛关于“肃反”问题的汇报后，张闻天与毛泽东当即认为陕北的“肃反”搞错了，要纠正。
11月7日 中共中央机关到达瓦窑堡。下午，中央党务委员会即下令释放了刘志丹、高岗、习仲勋等因西北错误“肃反”而被关押的100多人。
11月30日 张闻天主持召开了为刘志丹、高岗等平反的党的活动分子会议。刘志丹、高岗等56人出席。会议公布了《西北中央局审查肃反工作的决定》，宣布刘志丹、高岗等无罪。
12月13日 毛泽东由前线回到瓦窑堡，接见了刘志丹、高岗等蒙冤受屈人员。
1936年 31岁
1月 被派往内蒙古率领只有十几人的陕北骑兵团，不久任中共三边特委蒙古工作委员会主任。
4月14日 红二十八军军长兼北路军总指挥刘志丹在山西中阳县三交镇战斗中牺牲，时年34岁。
9月15—17日 列席中央政治局扩大会议，并在会上介绍绥蒙少数民族地区工作的情况。
1937年 32岁
1月5日 收到张闻天致谢嵩、甘渭汉、博古、高岗电，提请注意“西安事变是逼蒋抗日，抗日反蒋的口号早已取消。党目前的方针是联合抗日派、左派，争取中派、蒋派，打击亲日派”。
5月15日 中国共产党陕甘边区第一次代表大会在延安召开。高岗虽然未能出席大会，但在这次会议上以最高票当选为中共陕甘宁边区委员会执委。
7月 中共中央决定成立少数民族工作委员会，由高岗任书记，赵通儒任秘书长。中央初到陕北时成立的蒙古工作委员会和定边工作委员会随即撤销，改为少数民族工作委员会所属的回民工作部和蒙古工作部。
9月6日 根据国共谈判口头达成的协议，中国共产党将陕甘宁边区革命根据地的苏维埃政府改为陕甘宁边区政府（简称边区政府），林伯渠（主席）、张国焘（副主席）、高岗、秦邦宪、董必武、徐特立、谢觉哉、郭洪涛、马明方为边区政府主席团委员。
9月 中共中央军委决定在延安成立国民革命军第八路军后方留守处和陕甘宁边区保安司令部。八路军后方留守处主任萧劲光，参谋长曹里怀，政治部主任莫文骅；陕甘宁边区保安司令部司令高岗，副司令周兴，参谋长谭希林。
11月16日 毛泽东同张闻天、萧劲光致电高岗，任命高岗为八路军骑兵司令。
12月13日 中共中央决定由林伯渠、张国焘、习仲勋、徐特立、刘景范、马明方、高岗组成边区政府新的主席团，林伯渠任主席，张国焘任副主席。
12月22日 出席中共中央政治局召开的常委扩大会议，讨论陕甘宁边区党委的工作。
1938年 33岁
1月11日 中共中央政治局召开常委会议，决定高岗以八路军代表名义到榆林工作，与傅作义、邓宝珊协商办蒙民干部训练班。
2月19日 出席中共中央政治局常委扩大会议，研究在当前形势下如何建立与巩固党的组织。
4月 中共中央决定高岗任中共陕甘宁边区委员会书记。
5月30日 延安县自卫军3000多人举行军事检阅。陕甘宁边区保安司令高岗和边区政府代主席高自立授旗，高岗作报告。
6月24日 出席中共中央政治局常委会议，讨论陕甘宁边区党委工作。
10月2—7日 出席陕甘宁边区第一次青年救国代表大会并讲话。
12月23日 中共中央书记处发出通知，要求对在延安机关检查工作中发现的有突出成绩的人员给予表扬，并由陈云、李富春、高岗、高自立、谭政、滕代远、萧劲光、姜齐贤组成检查工作总委员会，负责对党、政、军、民、学检查工作的总结和评奖。
12月28日 出席中共中央书记处会议，讨论国民党顽固派对陕甘宁边区制造摩擦的问题。
是年 与杨芝芳离婚。
1939年34岁
1月12日 出席中共中央书记处会议，讨论陕甘宁边区参议会问题。
1月17日—2月4日 出席陕甘宁边区第一届参议会，并当选为参议会议长。