然而，此时中财委主任陈云正因病在上海、杭州一带疗养，这次会议需要讨论的问题又很多，所以延至5月22日，才由薄一波起草了《会议通知》，并改由政务院总理周恩来亲自负责会议的筹备。
6月9日，周恩来约请高岗、邓小平、饶漱石、彭真、薄一波、习仲勋、李维汉、曾山、贾拓夫、齐燕铭等开会，研究召开全国财经会议的有关事宜。会议议定了财经会议的宗旨、议程和组织领导等问题，确定会议的主要议程是讨论关于五年计划、财政、民族资产阶级三个方面的问题以及财经工作方面的其他具体问题。并决定：
（一）由周恩来、高岗、邓小平、饶漱石、薄一波、邓子恢、彭真、习仲勋、李维汉、曾山、贾拓夫和各中央局、分局书记组成会议领导小组；
（二）由周恩来、高岗、邓小平做会议的总的经常主持人。
会后，向毛泽东并中共中央提出了《关于全国财经会议如何进行的请示报告》。当晚，中共中央书记处扩大会议批准了这个报告。
6月12日，周恩来主持召开了由中央各部门负责同志，各大区、省市委和财委的负责同志参加的预备会议和第一次领导小组会议，由周恩来对会议的方针做了说明。周恩来指出：
这次会议的中心议题是财政问题，准备解决中央提出的以及各地有意见并且能够解决的一些问题。解决的方针是开展批评与自我批评，充分听取各地意见，然后加以集中写成决议。
周恩来强调说：
我们新民主主义的制度是一个过渡的制度，这个社会是一个过渡的社会，这个过渡时期的每时每刻都在增长社会主义成分，走完了这个过渡阶段就到达了社会主义社会。现在，能不能胜利的问题已经解决了，我们已经取得了全国的胜利，而且已经把帝国主义加来的压力打退了。能不能恢复经济的问题亦急需解决了，三年的经验证明，我们能恢复。目前摆在我们面前要解决的问题是能不能在政治上巩固我们已得的胜利，能不能建设新中国，并逐步过渡到社会主义。(2)
这次会议原定半个月左右结束，但在预备会议上，大家提出这次会议应当解决一些问题，建议会议开得时间长一点，最好过了党的生日后再结束。会议领导小组接受了大家的意见，周恩来在预备会上说：
我们接受大家的意见，准备把会开得长一点。但是必须说清楚，在这个会上，经过讨论，把成熟的问题肯定下来，不成熟的问题继续加以研究，我们不能希望经过一次会议把所有的问题都解决了。
不过，会议的进展却同周恩来的设想不一样。
会议不是“开得长一点”，过了7月1日就结束，而是由6月13日一直开到8月13日，足足开了两个月。
2 高岗在会议上“指桑骂槐”
这次财经会议大致分为两个阶段：从6月13日正式开会到7月13日召开扩大的第十五次领导小组会议为第一阶段，之后为第二阶段。
6月13日会议开始后到6月27日，先是按东北、华北、华中、中南、西南、西北六个大区分组，后又按专题分为税制修正、商业、粮食、农业税四个组，讨论财政工作中的问题。6月29日至7月4日，由高岗作《关于编制五年计划几个问题的意见》的报告，李富春作《在苏联商谈我们五年计划问题的几点体会》的报告，并分组进行讨论。7月6日至12日，主要是召开各种专题座谈会。
在会议的第一阶段，大家对新税制的意见较多，批评新税制逐渐成为讨论的中心话题，批评意见也自然集中到了负责新税制实施的中财委和财政部部长薄一波身上。
毛泽东对财经会议的进展情况是极为关注的。据当时任中共中央办公厅主任的杨尚昆回忆：
毛主席很重视这次会议，十分关心会议的进展情况。他要我从始至终出席会议，作记录。他每天起床后的第一件事就是要我去详细汇报头天会议的情况。我的记录记得很详细，谁讲了些什么话都记下了。我汇报完后，再由总理办公室副主任李琦等同志补充。(3)
7月11日，毛泽东在听完周恩来的汇报后，指示召开领导小组扩大会议，让薄一波在会上作公开检讨，以便大家把意见拿到桌面上来说。
12日晚，周恩来写信给薄一波说：
昨夜向主席汇报开会情形，他指示领导小组会议应该扩大举行，使各方面有关同志都能听到你的发言，同时要展开桌面上的斗争，解决问题，不要采取庸俗态度，当面不说背后说，不直说而绕弯子说，不指名说而暗示说，都是不对的。各方面的批评既然集中在财委的领导和你，你应该更深一层进行检讨自己，从思想、政策、组织和作风上说明问题，并把问题提出来，以便公开讨论。此点望你在发言中加以注意。(4)