“变更纳税环节的毛病在什么地方？毛病在于批发营业税移到工厂缴纳，给批发商免了税，这样他就可以打击国营商业。为什么？因为他的进价和国营商业的进价一样，但是在卖价上他可以低于国营商业，现在他不怕营业额多，营业额越多，资金周转得越快，赚钱就越多。这样私营商业就会得到很大的发展，对国营商业打击很大。同时，也打击内地工业，如重庆、西安这些地区的工业，本来是纳两道税，即货物税和出厂营业税，很多商品是直接到工厂去买，并不需要纳批发营业税，现在加了一道批发营业税，这就给内地工业造成很大困难，并会刺激上海、天津这些沿海城市工业的盲目发展。上半年发生的‘大鱼吃小鱼’的现象，就是这样来的，这是不合乎国家政策的。”
陈云最后作结论说：
我们是以工人阶级、国营经济为领导的国家。在我们这样的国家，上面所说的修正税制的错误是带原则性的错误。(10)
如何看待这场新税制风波，当事人有自己的认识，学者们尚在探讨，读者也会有，自己的看法。但不管今天的人们如何评价，当时的毛泽东对新税制的不满是溢于言表的。他不但对新税制的实行进行了严厉的批评，而且把批评的矛头指向了周恩来负责的政务院，认为政务院犯了“分散主义”的错误，并且在组织上对中央政府进行了重大改组。
1953年3月10日，根据毛泽东的提议，中共中央作出了《关于加强中央人民政府系统各部门向中央请示报告制度及加强中央对于政府工作领导的决定（草案）》。
这项决定的开篇就说：
为了使政府工作避免脱离党中央领导的危险，今后政府工作中一切主要和重要的方针、政策、计划和重大事项，必须经过党中央的讨论和决定或批准。为此，特作如下决定，以加强中央人民政府系统各部门向党中央的请示报告制度和党中央对政府工作的直接领导。
这项决定的内容主要有四个方面：
一、今后政府工作中一切主要的和重要的方针、政策、计划和重大事项，均须事先请示中央，并经过中央讨论和决定或批准以后，始得执行。政府各部门对于决议和指示的执行情况及工作中的问题，均须定期地和及时地向中央报告和请示，以便能取得中央经常的、直接的领导。
二、为了加强中央对于政府工作的领导，以及便于政府各部门中的党的领导人员能够有组织地、统一地领导其所在部门的党员，贯彻中央的各项政策、决议和指示的执行，今后政府各部门的党组工作必须加强，并应直接接受中央的领导。因此，现在的中央人民政府党组干事会已无存在的必要，应即撤销。但根据中央人民政府现在的组织情况，并使同一系统的各个部门便于联系起见，政务院各委的党组组织，暂时仍应存在，直接受中央领导。
三、今后政务院各委和不属于各委的其他政府部门一切主要的和重要的工作均应分别向中央直接请示报告，如属于两个部门以上而又不同隶属于一委的事项，则经由政务院负责同志向中央请示报告。如希主席直接办的事项，应直接向主席请示报告。
四、今后应将政府各部门工作有计划地提请中央讨论，以便加强中央对于政府工作的领导。如应向中央请示报告的事项而竟未向中央提出，则最后经手的政府负责同志应负主要的责任。
这一决定还对中央政府的领导工作重新做了如下分工：
国家计划工作，由高岗负责；
政法工作（包括公安、检察和法院工作），由董必武、彭真、罗瑞卿负责；
财经工作，由陈云、薄一波、邓子恢、李富春、曾山、贾拓夫、叶季壮负责；
文教工作，由习仲勋负责；
对外工作（包括对外贸易、对外经济、文化联络和侨务工作），由周恩来负责；
其他不属于前述五个范围的工作（包括监察、民族、人事工作等），由邓小平负责。
根据中共中央的决定，政务院又在5月15日发出了《关于中央人民政府所属各财政经济部门的工作领导的通知》，对中央人民政府所属的财政经济部门的工作领导重新做了分工，其中一项重要内容就是把政务院20个部中的八个部，即重工业部、一机部、二机部、燃料工业部、建筑工程部、地质部、轻工业部和纺织工业部，划归国家计委主席高岗领导。
新中国成立以来，政府工作一直是由政务院总理兼中央人民政府党组干事会书记周恩来负责的。显然，中央的决定和政府工作的重新分工是对周恩来工作的批评和对他工作范围的削弱，而高岗却进一步受到信任和重用，权力得到了极大的加强。