玛格丽特学习勤奋，一切安排得井井有条，她上课从不迟到，交论文准时，并一直流露出对本专业的兴趣。可是她缺乏天赋，无法在学生当中出类拔萃。但是在第三学年她也的确得到过基可尔笛论文奖，这是她和另一个学化学的同学合作的结果，没有谁会对该学院授予的奖嗤之以鼻的。
就在这一年的期末，学院举行期终考试，在牛津这种考试被称为“过关”，玛格丽特是于一九四六年夏天开始准备这次考试的。最难熬的是“过关”的迫近，许多学生在考试前就躺倒了。玛格丽特并不比人强多少，由于过于紧张而累垮了，只得在疗养院的床上写了第一篇有机化学的考试论文。由于大胆尝试，玛格丽特恢复了平衡并能在考场里写另外两篇论文。那些天她像别的考生一样头戴一顶帽子，身着一身颜色单调的黑白外衣。考试最后一天她手持二级学位证书离开了考场，那时她还不知道该证书对下一学年的影响。化学专业的一级学位还得包括四学年的研究，并在学年结束时交一篇论文。而常常是在年底授予学位，并且还得视第三学年的过关考试成绩而定。
帕金教授发明了牛津大学这种独特的做法。帕金教授和工业界联系密切，他认为化学专业的学生从大学进入工厂最起码要有独立研究工作的经验。这样做对牛津的教师也非常有益，可以为像德劳塞·豪金那样做教研工作的教师提供充足的人手进行研究实验。
玛格丽特选择和德劳塞·豪金一起研究有机化学，化学专业的学生这一个学年里只有她一人攻读这门专业。她和一个研究生一起研究，他名叫吉哈特，吉哈特在化学方面很有天才，以后他又继续攻读哲学博士学位。
他们研究的课题是S短杆菌肽，这是苏联已经分离出来的一种抗菌素。由于苏联和英国的科学家关系战争期间还是不错的，当时在伦敦李斯特预防医学研究所的理查德·辛格（他后来获得这个领域诺贝尔奖）从苏联带回一些这种抗菌素进行研究。当得知德劳塞·豪金在牛津研究盘尼西林时，他就把带回来的抗菌素晶体送给她一些。
玛格丽特和吉哈特要做的是：对抗菌素晶体进行X光透视，找出S短杆菌肽蛋白质的结构和分裂态里的原子排列。他们希望从中排出晶体的化学分子式。
尽管使用上述方法德劳塞·豪金研究盘尼西林时获得成功，但是S短杆菌肽远比盘尼西林复杂。它的真正结构形式直到二、三年前才由约克大学物理学教授米歇尔·沃尔夫逊解决的，并且他使用的不是吉哈特和玛格丽特·罗伯茨曾经研究过的晶体组织，而是数年后发现的另一种晶体派生物。
德劳塞·豪金为玛格丽特感到遗憾，她认为十分可惜她没有去干她有潜力能取得成功的科研工作。玛格丽特本人倒没有过多地考虑这个问题。在牛津的四年里她对政治的热情有增无减，并且清楚地认识到她选了一门错误的专业。通向政治的大道是法律，牛津保守党协会里大多数成员都攻读法律。学化学不是她生活中的目标，只是为一张文凭而已。
在牛津大学，像玛格丽特那样，在保守党协会里消磨自己的大部时间的人是极少见的。只要有事要干，无论何时，玛格丽特都会在那里；她会花上几十个小时去干没人愿意干的事，不久她发现自己就是呆在协会里仍有做不完的日常事务。第三学年，玛格丽特成为牛津保守党协会的主席，在此之前，协会主席一职还从未让一个女性担任过，而在第四学年玛格丽特仍担任该协会主席。毫无疑问，这是一次很大的成功，而且几年的努力工作和献身精神也使她当之无愧；此外，协会里事实上也没有其他人能担当此任。
所有同学中，玛格丽特最钦佩的是协会的前任主席爱德华·鲍艾勒。显然爱德华对她也很赏识，一九八一年他去世前不久曾与同行谈论玛格丽特的优、缺点说：“人们都认为她强硬，心如铁石，其实她不是这样的。”
在担任牛津大学保守党协会主席期间，玛格丽特并没有给别人留下特别的印象。她的优势在于接受力强，学得快，并在一生中多次运用这一特长。一九四六年的玛格丽特并不漂亮，也没有她今天受人爱戴的形象。那时，她有一头棕色头发，脸蛋比现在要胖得多，身材结实，服饰的风格简洁但十分呆板。她讲话流利，可是从来没有让人感到心潮澎湃。她在职的所作所为给人的印象只是她赢得协会主席这一职位。