有人说李光耀生平当众只哭过两次，一次是他母亲逝世时，另一次就是在宣布新马分家时。的确，李光耀是极不情愿让新加坡脱离马来西亚的。1963年以前，他多次唇焦舌烂地说服新加坡人同意他的新马合并主张，费了九牛二虎之力在全马开展政治活动，企图按照他的理想建设一个崭新的马来西亚，谁料才两年的光景，就被一脚踢开了，让他和人民行动党再退缩到那弹丸之地一一新加坡，其委屈悲愤的心情是可想而知的。
1965年8月9日，星期一。拉赫曼和李光耀分别在议会和新加坡市政厅同时宣布新马谈判破裂，正式分家。
当时的《海峡时报》曾生动地描绘了李氏在新加坡宣布这件大事时的表情：“他（指李）带泪宣布……然后停顿下来，简直是不能自持……然后他继续说下去，再次不支，把头埋在双手之间。他说永远记住此一时刻，他说他对此事感到非常愤怒……”
脱离大马后，新加坡于1965年10月加入英联邦。1966年1月在红山区举行议会的第一次补选，人民行动党获得总票数的80%，比1963年1月在该区得到的38.7%猛增了41.3%。到了1967年3月，在汤申区补选中，得票率也从1963年的39％升至80.9%。可以说，人民行动党没有因新马分家而被压垮，相反，它挺过来了。对此，李氏后来说到：“我们是绝不肯爬着乞求回到马来西亚的。”这正代表了李氏及人民行动党在艰难困苦中所具有的不屈不挠的斗争精神和坚强意志。
社会主义阵线同人民行动党相比，颓势日益明显。在1963年9月大选后，社阵有两名当选立法议员没有宣誓就职而转入地下。其他社阵议员也分两批辞去议员职务。第一批于1966年1月辞职，第二批于1966年10月辞职。社阵的本意是以辞职进行抵制，事实上却是把地盘全让给了人民行动党。社阵这种策略铸成大错。1968年3月大选，社阵仍持抵制态度，结果失去了大批群众。到1972年，社阵方面改变政策，参加大选活动，在十个选区竞选议员席位，但由于元气已大伤，结果全军覆没。1976年12月，社阵再次参加竞选五个议席，仍然全部落选。直到今天，社阵虽然还存在，但其力量和影响力都很微弱，它在议会中连一个席位也没有得到过。
一波未平，一波又起。种族暴乱刚刚平息，李光耀及其政府又面临新的危机。那就是英国政府于1968年1月16日宣布，将在1971年3月31日之前，把在苏伊士运河以东的所有英军撤回本土。李光耀深知，此举将对新加坡的经济和政治产生重大影响。英军驻在新加坡，对李氏来说，是一颗定心丸。得到英军的保护，无疑会有安全感，不必担心苏联和越南的“军事威慑”。新加坡社会也可以安定下来，有利于进行经济建设。而且英军驻在新加坡，其开支费用占新加坡国民经济生产总值的20%(1965年时统计），提供三万个就业机会。英军一撤走，财政收入和国民就业两方面就会立刻出现问题。基于以上种种原因，李光耀请求英军延缓撤军，但英国这个日益衰落的帝国，实在已无力经营和兼顾它的众多殖民地了，几经交涉，英方只同意把撤军日期延至1971年12月31日。李氏为度过英军撤退的危机，一方面努力降低英军费用占新加坡国民经济生产总值的百分比（1968年降为11.1%)；另一方面解散国会，于1972年9月重新举行大选。这一次人民行动党包揽了全部六十五个议席，得票率为69%。
以后，人民行动党在1976、1980年的大选中，持续囊括全部议席。1984年大选，只丢失安顺选区和波东巴西选区两个议席；在1988年的大选中只丢失安顺选区一个议席。
李光耀经常喜欢说：“我们是特殊的一代。”“我们这一代领导人，是从剧烈的战斗中磨炼出来的。我们当中那些软弱迟缓或胆小的人最先被淘汰，目前剩下来的是经过达尔文的物竞天择的过程而生存下来的，我们有很强的生命力。”李光耀所说的“特殊的一代”是指他及其同僚们在20年代新加坡这个特殊环境下出生的一代，是在忧患中成长的一代，是在没有现成模式可循，在摸索中前进的一代，是披荆斩棘艰苦创业的一代。的确，他这一代与以吴作栋为首的新加坡第二代很不相同，李说他及其同僚是经过物竞天择而生存下来，这也是事实。从李的政治经历看，他的确是从多次严重考验中闯过来的，正如他经常说的那样，他这一代经历了几次重大的危机：执政后首先面临如何消除所谓“共产党的威胁”问题，而后是种族骚乱、新马分家、英军撤出、世界性经济衰退、石油涨价……