1958年，英国殖民当局核准《新加坡自治方案》，同意新加坡通过1959年大选从半自治状态变为完全自治。但英方保留新加坡的国防、外交、修宪和颁布《紧急状态法令》的权利。
1959年，新加坡的政治形势对人民行动党和李光耀非常有利。当时，由林有福领导的政府已失去威信，那些组织完善的工会都支持人民行动党，包括由共产党领导的工业界工会，各业厂商工联会（一个综合性职工团体），还有政府、市议会和商行方面那些由非共人士领导的工会。但人民行动党也面临重大的抉择。如果竞选获胜，将会面对共产党的全面攻势，共产党必然要求得到更多的“庇保”，要求发展他们的势力。人民行动党能不能驾驭共产党？能否经得起同共产党闹翻呢？因为和共产党闹翻意味着要失去相当多的群众。这的确是大问题。此外，英国也不会痛痛快快地让新加坡完全独立，人民行动党是否有两面作战（一面对付共产党，另一面对付英国殖民当局）的能力呢？
经过深思熟虑，李光耀和他的同僚们认为还是应当争取在1959年上台执政。因为如果再等五年，等到下届大选，政府的情况一定会更糟。与其拖到那时去接管一个烂得不可收拾的摊子，不如现在就接管政权。现在遇到的困难肯定会比五年后少得多。至于和共产党决裂，那是必然的。而现在，人民行动党已与1954年初建时完全不同了，比那个时候力量雄厚得多了，李光耀和他的战友们相信，一定能够击败共产党。
就在这种认定之下，人民行动党派出51名候选人参加全新加坡51个选区的竞选，结果43位当选。同年6月，由该党负责组织政府。当时英国已允许新加坡成为完全独立的自治邦，所以自治政府的首脑称为总理。李光耀以人民行动党秘书长的身份担任总理。时年三十五岁，是世界上少有的年轻总理之一。
李光耀一上台，就释放了在1956年和1957年发生普遍罢工和暴动风潮时被英方逮捕的八名人民行动党人。李光耀深知这些人其实都是共产党员，把他们释放等于放虎归山。但为了争取群众，要表现出他与共产党还是“团结一致”的，而且他为了实践竞选诺言，所以毅然不顾一切地把这些人放了。他不但放人，还把其中的林清祥、方水双、蒂凡那和兀哈尔委任为几个部长的政治秘书，并委任普都查里为工业促进局经理。李光耀后来追述道：“这些人在他们被扣留时，都曾以书面向我保证：以后不再为共产党效劳。”“但是，能够遵守书面保证的，只有蒂凡那一个人。”李又说：“他们留在政府里，表面上为人民行动党工作。经过了两年的时间。不出所料，他们企图逼迫我们采取一些政策，使共产党人更容易夺取政权。我们拒绝这样做，他们就攻击我们。我们进行反击，于是他们就在1961年7月离开我们，成立了社会主义阵线，同我们进行公开的斗争。”
正如李光耀所说，1961年7月，人民行动党和共产党公开决裂了。人民行动党43名立法议员中，有13人转到社会主义阵线旗帜下。不少群众也转而拥护社阵，人民行动党面临严重的危机。李光耀曾描绘当时的处境说“他们（指社阵）的干部在经验和人数方面比我们强得多。”“我们骑上了一只狂野的老虎，可是我们却不能因为恐惧而变成瘫痪无能。”“我们咬紧牙关骑着这只老虎，一直到它精疲力竭被制服为止。”李又追忆说：“回想1961到1963年9月那一段极其严重的危机时，宿将们坚贞不渝的勇气还浮现在我们的脑海里。”
人民行动党同社阵的一次重大较量是关于新加坡是否同马来亚合并的一场争论。李光耀一派从新加坡地小人少、自然资源贫乏、夹在马来亚与印尼两大国之间的现实情况，力主并入马来亚以求得生存。而以林清祥、方水双为代表的社阵则表示反对新马合并。经过艰苦的论战，1962年9月，新加坡就是否同马来亚合并问题举行公民公决，结果71%的票赞成人民行动党关于新加坡和马来亚合并的主张。
1962年12月，文莱人民党在当地发动“叛乱”，李光耀政府以社阵领导人参与文莱“叛乱”为借口，于1963年2月将林清祥，方水双等人逮捕。
由于李光耀与马共以及林清祥有过一段渊源，我们在此对马共和林清祥略作介绍。马共成立于1930年，成员多为华人，此外还有马来人、印尼人、菲律宾人。马共曾长期坚持反对英国殖民主义、争取马来亚独立的斗争。抗日战争时期，又组织抗日游击队在马来亚从林与日本占领军作战。马共荟萃了马来亚以及印尼、菲律宾的许多优秀儿女，在马来亚以至东南亚都有巨大的影响和威望，当时的许多仁人志士以参加马共为荣。50年代的新加坡，马共的势力很大，为广大新加坡人民所信赖和拥护；同时也成为英国殖民当局的眼中钉、肉中刺，非要把马共剿尽杀绝不可。林清祥是马共的一名要员，原籍中国福建省，1933年生于新加坡柔佛，曾在一所华侨中学读书。1951年18岁时因参加“初中会考罢考活动”而被殖民政府逮捕。出狱后转入一所英文学校学习。在此期间，他积极参加工会运动，曾任纺织工联的秘书。由于年轻有为、能言善辩，他逐渐成为一名新加坡工运的杰出领袖。据李光耀说，林清祥在1954年即通过友人与李接触，商谈组织人民行动党事宜。当时林表示他在1951年曾经被捕过，不宜出任人民行动党的发起人，林推荐方水双替代他为该党发起人之一，而林只担任人民行动党的副秘书长。1955年林以人民行动党党员身份竞选立法议员并当选，那时他才二十二岁。1956年他作为新加坡各政党代表团成员赴伦敦参加宪制谈判。当时的新加坡报界形容他是一个“有惊人的魄力、毅力和想像力的人”，“博览群书，知识丰富”，“读了不少屠格涅夫和陀思妥也夫斯基的作品”；又是一位“被公认的大公无私的人”，“政治魅力和吸引力比李光耀强”。李光耀也说过：“林清祥是马共培养出来的公开战线上最主要的领导人。”李在初入政界时需要马共以及林清祥等人的支持，但不能容忍马共和林清祥等人的影响日益扩大，所以一有可以排除林、削弱马共影响的机会，李氏当然不会放过。马共和林本人大概也没有料到李氏会那么快就翻脸，看来也没有作任何应变准备。林清祥被监禁六年，于1969年7月获释。据新加坡报纸登载的消息：林曾于1969年7月21日分别致函李光耀及当时的社会主义阵线主席李绍祖。在给李光耀的信中，林称：“我已达致最后结论，永远放弃政治。”在致李绍祖的信中，林称：“由于不同意党（指社阵）的政策与路线，我决定从今天起辞掉在党内的一切职位，并宣布放弃政治。”信中还说：“对国际共产主义运动，我已完全失去信心。”“共产党所主张的暴力革命在我国是行不通的。”为此，社会主义阵线于1969年7月24日发表声明，说林“已背叛他过去的政治立场和信仰，背弃了党、人民及反帝斗争的基本利益”，宣布把林开除出社阵。也就在同时，林请求会见李光耀，同李会谈后，李即送他到英国学习和疗养。林旅居英国十年，到1980年才重返新加坡。据1986年新加坡报纸透露，林已成为当地一名产业经纪人。至于曾和林清祥齐名的方水双，他也来自柔佛，50年代曾同林一起搞学运工会，后被英国殖民政府逮捕。1959年获释后，被李光耀委任为劳工律政部秘书。1963年同林清祥一起被李光耀逮捕，同林一样于1969年获释。据1986年新闻媒体透露，他已成为柔佛新山一家机械公司的董事和经理，也不再言政了。