但是在另一些地方，事态的发展出现了不和谐的波澜。二十大对斯大林个人崇拜问题的揭露，在某些人民民主国家内引发了严重的政治危机。在保加利亚，问题迅速得以解决。保加利亚共产党领导人伏·契尔文科夫被撤销主要职务。以托多尔·日夫科夫为首的新领导撤消了以前对特莱乔·科斯托夫的非法审判案，并为所有因此案遭受诬陷而身死的共产党人平反昭雪。所有活着的政治犯全部获释。在波兰，事态的发展却有所不同。尽管波兰统一工人党以前的领导人哥穆尔卡已获释出狱，但其党内的领导职位还没有得到恢复。（斯大林在波兰的代理人贝鲁特死于1956年春天，而后奥哈布当选为中央第一书记）。在匈牙利，则出现了更为困难的局面。那个曾在1949-1952年期间参与大规模镇压和公开审判的原班人马依然大权在握，匈牙利国内尚未获释和平反的政治犯多达15万人之众。
为了理解赫鲁晓夫对待1956年秋天波匈事件的态度，就必须记住这样的事实：这一年，在中央委员会主席团和其他地方，赫鲁晓夫的反对派在利用他每一个失误和失败的过程中已开始形成。有许多问题是赫鲁晓夫仅靠单枪匹马所根本无力解决的；而且他也不能忽视更为保守的党内领导成员正在向自己施加日益增长的压力，他们把波匈政治危机同他在二十大上的秘密报告连在了一起。他们认为，世界共产主义运动的挫折和苏联在社会主义大家庭中地位的下降，根源都在于这个秘密报告。（这种观点在中国领导人当中得到日益增长的支持）从战略上考虑，削弱苏联在波兰和匈牙利的影响都是决不能允许的，对此中央主席团所有人都持这种观点；但关键问题却在于，东欧事态向着令人头痛的方向发展下去还会导致赫鲁晓夫本人的地位不保。他意识到这些威胁自己的危险，并于1956年秋天采取了相应的措施。
波兰统一工人党中央在华沙举行全会，哥穆尔卡被增选入中央委员会，并正在积极参与全会的工作。消息一传到莫斯科，赫鲁晓夫立即就意识到这表明哥穆尔卡已在波兰东山再起。当时，波兰工人游行罢工、集体农庄纷纷解体，哥穆尔卡的复出对这种事态发展意味着什么呢？这对苏联关系又会带来什么影响？赫鲁晓夫立即安排苏联党政代表团准备出访波兰。为适应谈判需要，中央主席团任命赫鲁晓夫、米高扬、莫洛托夫和卡冈诺维奇等人组团前往。主席团早就不情愿把这么一个使命只交给赫鲁晓夫一人完成。这次安排工作匆忙而就，结果莫斯科和华沙双方都未能及时发出对各自边防部队的通报，当苏联飞机飞越苏波边境上空时，曾有几架波军飞机起飞拦截，并向苏机发出应做说明否则不得继续入内的警告。
波兰方面出席这次会谈的人当中有哥穆尔卡、盖莱克、奥哈布和罗科索夫斯基等人，后者是波兰国防部长。波兰领导人力图使苏联代表团坚信，波兰统一工人党内迅速做出人事变动，并且对要求创建工人理事会的工人和要求解散以前仓促建立的集体农庄的农民做出大幅度的让步，只有如此才能使党重新获得对整个局面总的控制。扩大言论、出版、集会和游行的自由也是不可缺少的。苏联方面不得不同意他们波兰同事的意见。不管怎么说，经过说服工作，他们相信在哥穆尔卡领导下，波兰将仍然是苏联一个坚定的盟友，第二天苏联代表团便启程返回莫斯科。
匈牙利危机却变得非常复杂和棘手。当地党的领导机构干脆四分五裂，完全丧失了人民的信任。军事指挥部则失掉了对部队的控制，国家保安机构的领导已停止工作。纳吉·伊姆雷领导一个政府上台掌权，不久前他刚被恢复党籍，但仍然反对党以前的政策和领导。所有政治犯均已获释。就这一事件的目标和动力而言，它首先是一场民族民主革命，然而它很快又演变成一场要求切断匈苏之间所有联系的运动。在布达佩斯和其他城市，一切表现出匈牙利依靠苏联的标志物都被破坏殆尽。纳吉政府的构成发生了变化，其中包括了某些再次迅速恢复活动的非共产主义政党的代表。成千上万的政治难民开始返回布达佩斯，当时的边界实际上已大门敞开。保安人员和党的干部遭到杀害。党的各种机构被捣毁。在保卫布达佩斯市党委的房屋设施时，许多共产党人付出了生命的代价。纳吉政府以第二次世界大战后最初几年匈苏两国缔结的和平条约中某些条款的名义，要求苏联驻军从布达佩斯撤走。