对于那些在卫国战争开始之际就被不公正地指责为叛徒，并随后被驱赶到苏联东部各地区的伏尔加流域和其他地区的日耳曼人来说，他们的平反问题却尚未解决。他们的处境确有改善——集中营已被解散；他们当中也有人获得平反并准许返回家乡；在处女地和休耕地地区还建起了日耳曼人新村，但是后来直到1964年8月在苏联的整个日耳曼民族才被正式予以恢复名誉；而且即便如此，伏尔加流域日耳曼社会主义自治共和国也并未恢复。克里米亚鞑靼人的境遇就更糟了，数十万人在1945年被驱赶到中亚细亚地区。尽管扣在他们头上的诬蔑不实之词是昭然若揭的，但是先前被取消的克里米亚鞑靼人社会主义自治共和国并未重新建立。1945年在原地建立了一个克里米亚州。后来在1954年，恰逢乌克兰与俄罗斯联盟300周年，尽管克里米亚从未是乌克兰的组成部分，但还是出于某种理由把它从俄罗斯联邦那里“转让”给了乌克兰。
赫鲁晓夫并不想提出由某些个人来承担以往罪责的问题，然而这在某些情况下却无法避免。例如，随着车臣一印古什社会主义自治共和国的重建，又揭露出在1944年驱赶这些民族时，内务人民委员部的部队曾把村民拒绝撤出的一个村庄夷为平地的事实。这一可怕的罪行，其责任落在了新任不几年的内务部长克鲁格洛夫身上。他在罪责尚未查清之前便自杀身亡。这样的调查自然要引起许多党内上层官员的不满，因为他们自身也非无可指责。赫鲁晓夫提议的另一个措施也是如此。准确日期尚不清楚，但显然是在1957年的上半年，又废除了臭名远扬的“津贴袋”制度，以这种形式可以在某些情况下支付给党政高级干部一笔比其名义工资高出一两倍的月薪。所获款项又无需纳税，甚至连党费也无需从中扣除。赫鲁晓夫认为，斯大林时期的这种制度完全背离了二十大所宣布的在党和国家生活中恢复的列宁主义准则，所以决不允许它再继续存在下去。
莫洛托夫、卡冈诺维奇、马林科夫和伏罗希洛夫对上述种种措施大都持反对意见，但是由于自己在党内领导机构中尚居少数，故而没有决定与赫鲁晓夫正面对抗。然而，就在赫鲁晓夫提出要对经济管理结构及特点进行彻底检查之际，形势发生了变化。他特别建议应把大多数国家部委机关砍掉，把指导工业企业的权力交由新组建的地方行政管理机关即所谓地方国民经济委员会掌管。这种扩大地方组织工业管理权限的想法本身并不坏，亦值得探讨和试验，因为这时的经济格局已变得极为错综复杂。1957年年初之际，苏联自夸已拥有20多万个大小企业，还有大约10万个正在建设中的规模各异的企业项目。靠某个单一中心发布指示去管理如此庞大而复杂的经济有机体，显然存在许多困难，也导致不少问题。1953-1956年期间，就曾搞过某些管理权限的分散化，当时有大约15，000个企业，由全联盟一级的部委控制转变为加盟共和国一级部委的直接管理。即便这样，经济计划和管理工作上仍有改进的余地。
赫鲁晓夫提出的解决办法是否明智，中央主席团许多成员都予以怀疑，不过他们还是暂行韬晦之计未加公开反对。他们的疑虑得到充分的证实。赫鲁晓夫建议实施的这种制度并没有进行试验，其中有许多漏洞。它对列宁格勒、莫斯科或斯维尔德洛夫斯克州这样一些大工业中心也许是合适的，但却并不适宜北高加索或哈萨克这样一些州和加盟国。譬如，阿塞拜疆加盟共和国的一个国民经济委员会在管理该地的油井和炼油厂方面，可能要比莫斯科任何一个部门都要好，然而对本共和国内代表着不止一两家企业的各种工业部门，它怎么能应付得过来呢？此外，各地国民经济委员会之间的争执由谁解决？设在不同经济地区的相关企业，对它们的管理又由谁来加以协调呢？赫鲁晓夫及其支持者思想也不成熟，他们还没有找到合适的处方。
主席团成员的保留态度未能阻挡赫鲁晓夫采取行动，他召开了一次中央全会，端出了这个问题。设立地方国民经济委员会的提议并不受国家各部委领导的欢迎；但它对州委书记和各加盟共和国中央委员会的书记来说，却有相当大的吸引力，因为这种组织机构可以为他们所在的州或共和国的工业指导工作提供另外的杠杆。这次中央全会接受了赫鲁晓夫的建议，而且从1957年春天开始，有关地方国民经济委员会结构、内部组织和工作班子组建等方面的计划也已草拟出来。报刊上特意登载了有关新体制各种问题的讨论；虽然所有批评性的材料都未发表，但这场公开讨论的确表明，问题远比中央委员会纲要设想的情况复杂得多。可是这也没能说服赫鲁晓夫改变实行这场改革的时间表。1957年5月初，最高苏维埃举行会议，听取了赫鲁晓夫的报告，随后通过了题为《进一步改善工业和建筑业管理组织》的决议。此时，原先设立的各工业部中，只保留了航空工业部、国防工业部、无线电技术工业部、造船工业部、化学工业部、电工器材工业部、交通建设部和电站部。其他工业部一律撤消，其部门职能移交给各地方国民经济委员会。