在信号兵的号角声中，军舰舰旗徐徐地降了下来。
山口和加来相互推让，执意要对方离舰，但谁也不肯离去。无奈，两个人最后决定，都留在舰上，和军舰同归于尽。
副舰长鹿江以下各级军官，也强烈要求要留在舰上，和军舰同生死，共存亡，但都被拒绝了。
他们就地共同斟饮水桶中的清水，以表诀别之情。因为当初确定进攻中途岛的日期时，就考虑到了利用夜晚的月光问题。这时，虽然舰上的电灯均已熄灭，但正值明月初上，加之甲板上火焰闪烁，舰上宛如白昼。这是多么美丽的夜色呀，然而，却使舰上的情景显得更加凄惨、悲壮。
加来压抑着内心的痛苦凄婉地说：
“司令官，月色多美呀。今天是阴历二十一吧。”
“嗯”，山口不无凄婉地回答说，“实在太美了。让我们边赏月边聊天度过这最后的一夜吧！”
说着，他们向已烧得面目全非的舰桥走去。
“飞龙”上的主会计长浅川正治，这时突然想到：下面舱内保险柜里还有各种重要文件和不少的现金，如果可能的话，应该抢救出来，但不知舰长是否同意。于是，他上前请示舰长说：
“下面的保险柜里还有文件和现金，该如何处理？”
舰长加来诙谐地说：
“因为去黄泉路还需要钱，就让它融化在那里吧。”
看着缓步走向舰桥的司令官山口的背影，首席参谋伊藤清六心如刀绞，遂喊道：
“司令官！有什么可以留下作为纪念的东西吗？”
“噢”，山口像突然意识到什么似的摘下头上涂有夜光涂料的将军帽，转身扔给了伊藤。这顶帽子，现仍在他的遗孀孝子手里保存着。
“全体离舰！”
弃舰的命令下达了。舰上人员按照先是伤员、收容到本舰来的其他舰上人员、司令部的幕僚们、最后是本舰人员的先后顺序开始离舰。这时，天色已泛白。
这一夜里，敌人的B17轰炸机，不停地在“飞龙”的上空盘旋，不时，还扔下几颗炸弹，但一颗也没有命中。副舰长鹿江中佐凝视着空中的敌机，气得咬牙切齿。
副舰长鹿江和首席参谋伊藤分别举着舰旗和少将旗，带着全舰人员撤到“卷云”、“风云”驱逐舰上。他们刚一上舰，驱逐舰队司令长官阿部俊雄就对他们说：
“无论如何也应该让司令官和舰长同撤下来。”
于是，特意从舰上放下去一只小艇去接他们。可是，他们拒绝回来。他们两个在舰桥的窗口频频挥手，像是在说：“不要来接，你们回去吧！”
据说，从“风云”舰上可以清楚地看见山口和加来在“飞龙”上表示拒绝去接的手势。
依照弃舰时山口对伊藤的嘱咐，返航前，“卷云”向“飞龙”发射了两枚鱼雷。一枚从舰底的下面溜过，另一枚命中。良久“飞龙”才逐渐沉入水中。
正在高速向中途岛海域行驶的“大和”舰，突然又收到“‘飞龙’受到致命性攻击”的报告。山本心灰意冷了。他当即下达命令：命参谋们起草撤退命令，停止对中途岛的进攻。
对于山本的这一突然决定，头脑发热心急如焚的参谋们，实在难以接受。作战参谋渡边向山本强调说：
“即使集中‘大和’以下各舰的火力也拿不下中途岛机场的话，那么，也应该接着让陆战队登陆占领，不能放弃进攻中途岛的计划。”
山本解释说：
“你想想看，用舰炮攻击岛上目标，这在海军作战史上，难道不是最愚蠢的战术吗。你是下将棋下得太多了吧。”
首席参谋黑岛流着热泪提醒山本说：
“长官，‘赤城’并未沉没，依然还浮在水上，如果被美国拖去当作战利品展览，岂不是奇耻大辱吗，我们无论如何也应该前去，用我们的鱼雷将它击沉。”
有的甚至干脆直截了当地说：
“就这样撤回去，我们没法向天皇交代。”
这天下午，“加贺”和“苍龙”相继于4时25分和4时30分沉没，但“赤城”和“飞龙”还依然悬浮在海上燃烧。
山本毫不犹豫地说，“我去向天皇请罪。责任都在我一个人身上。”
于是，他命驱逐舰“野分”前往击沉了伴随他多年有着深厚感情的“赤城”母舰。驱逐舰“野分”自下水以来，这是第一次向真正的军舰发射鱼雷。