“利根”舰派出的4号水上侦察机发回的“发现敌航空母舰”的电报令他们振奋不已。他们在揣度着：如果这时，南云立即令第二攻击波起飞，那么他的胜利是绝对有把握的。“大和”舰司令部里的幕僚们，既紧张又兴奋。
有的说：
“好啊！这一定是场漂亮仗。”
还有的说：
“剩下的残兵败将，在等待着我们去收拾。”
经过连日来腹痛的折磨，山本的脸色青黄。他在舰桥上，什么也没有说。
不一会儿，“大和”舰又收到电报说：“‘加贺’、‘苍龙’、‘赤城’舰遭到敌舰基机和陆基机的攻击，已中弹起火。”
幕僚们为这不幸消息大惊失色。这时，山本紧闭双唇，他并没说什么，只是“嗯”了一声。
电报是第8战队司令官阿部弘毅少将从“利根”舰上发来的。阿部是南云舰队的副指挥官。尽管电报内容中并没提到，但它实际上已经暗示出：南云中将安危不明；“赤城”舰已失去通信联络的能力。
这时，联合舰队司令部的一位参谋激愤地向山本建议说：
“他们现在如果立即令携载鱼雷的飞机起飞，还有可能同敌舰进行拼死一战。”
实际上，这时已经为时过晚了。3艘航空母舰的甲板，已经向上卷曲变形，舱内的熊熊烈火，无情地冲到甲板上来。接连不断的引爆，使飞机已经无法起飞。
不管怎样，救援是首要任务。山本所率领的主力舰队将航速增至20节，向中途岛方向疾驰而去。同时，向北方的角田舰队发出了命令，要求其率母舰“龙骧”和“隼鹰”火速南下，与本舰队协同，前往救援。
“赤城”舰被烈火和浓烟包围。司令长官南云、参谋长草鹿和司令部的其他幕僚们，不顾火舌的袭击，奋不顾身地从舰桥的窗子上跳了出来。火势迅速扩大，很快蔓延到全舰。主将将旗被迫迁移到巡洋舰“长良”号上去。
渊田美津雄，就是在这次作战中，从舰桥的窗子往下跳时摔断了腿。
此时，在中途岛海域内，只有“飞龙”号没有受损伤。它是第2航空战队司令官山口多闻的旗舰。舰长加来止男大佐亲自操纵着方向舵。
先后达115架美国飞机袭击该舰。“飞龙”母舰是在巧妙地躲开26枚鱼雷和70颗炸弹的攻击后而幸存下来的。
山口多闻毕竟久经沙场，很有经验。他既能经得起胜利的经验，也能经得住失败的打击，是当时日本海军中公认的杰出将领。据说，战后还有人在说：“当时，我们本以为会让他（山口）担任机动舰队的总指挥呢。”
山口多闻也从海军学校毕业，是山本五十六后八届毕业生，和山本是故交。山口的续妻孝子，曾得到过山本的关照。
孝子出嫁前姓四灶，是山本夫妇的媒人四灶幸辅的侄女。从孝子还是少女的时候，山本就很喜欢她，曾劝勉她到女子大学去进学。
那时的女子大学专事妇女道德教育。当时的日本女子大学名声最高，在同行中名列第一。但山本并没主张让她进这个学校。他说：
“日本女子大学太拥挤了吧，还是到安井先生的女子大学去吧。”
他为孝子推荐了位于西荻洼的东京女子大学。
东京女子大学当时明显具有美国的那种自由主义倾向，而且并不太出名，山本选择它是另有原因的。
四灶幸辅在日本驻暹罗使馆任副武官时，结识了当时在曼谷任暹罗皇后女子学校教导主任的安井哲。从那时起到现在一直在该校国语系任教授的松村绿—《薄田泣堇》一书的作者—同四灶夫妇也很熟。她同？本重治的夫人又是同乡——都是冈山县人—而且还有亲戚关系。松村是东京女子大学的早期毕业生。她对自己的母校比较偏爱。她在既是亲戚又是保证人的本夫人的面前，常提起并夸耀她的母校，山本不止一次从本夫人那里听说，该校校风良好，纪律严明。从四灶那里，山本还得知，安井哲为人正派，人品很好。东京女子大学给山本留下了很好的印象。因此，他才劝勉孝子到这个学校去就读。
据说，临来中途岛前，山口对妻子—孝子只说了一句话：“这回是到敌人的阵地中去打仗，凶多吉少，说不定就回不来了。”
山口忠实海军事业，热爱自己的军事生涯堪称是位海上英豪。他在很多方面同山本极为相似，所不同的只是他酷爱饮酒。